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交大Scientific Reports發(fā)文構(gòu)建世界首個(gè)蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)庫(kù)

瀏覽次數(shù):4860 發(fā)布日期:2016-3-11  來(lái)源:本站 本站原創(chuàng),轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處

博翀生物戰(zhàn)略合作單位上海交通大學(xué)系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)研究院陶生策老師等構(gòu)建了世界上首個(gè)蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)庫(kù),該數(shù)據(jù)庫(kù)針對(duì)蛋白質(zhì)芯片的特點(diǎn),設(shè)計(jì)了一套蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)儲(chǔ)存標(biāo)準(zhǔn),以及提供了在線“一鍵式”蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)分析工具。2016年1月27日,該研究成果發(fā)表在Nature子刊《Scientific Reports》。

蛋白質(zhì)芯片是一項(xiàng)強(qiáng)大的蛋白質(zhì)組學(xué)研究技術(shù),該技術(shù)已被廣泛地用于基礎(chǔ)研究和臨床研究。到目前為止已累計(jì)了大量的原始芯片實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù),但仍缺乏一個(gè)專門(mén)為蛋白質(zhì)芯片量身打造的數(shù)據(jù)庫(kù), 不能有效地共享以進(jìn)一步發(fā)揮數(shù)據(jù)的價(jià)值。對(duì)此,本研究構(gòu)建了一個(gè)蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)庫(kù)PMD(www.proteinmicroarray.cn),作為專門(mén)儲(chǔ)存和分享蛋白質(zhì)芯片原始數(shù)據(jù)的公共數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)。

目前,PMD已經(jīng)收錄了多種不同類型的蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù),如蛋白質(zhì)組芯片、抗體芯片和凝集素芯片等。另外,為了方便那些對(duì)蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)感興趣的用戶挖掘數(shù)據(jù)信息,PMD還整合了多個(gè)關(guān)鍵的生物芯片和蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析工具,提供了一個(gè)自動(dòng)化的數(shù)據(jù)分析接口,用戶提交后原始數(shù)據(jù)后,PMD將自動(dòng)完成分析并生產(chǎn)完整的分析報(bào)告待用戶下載。完整的分析報(bào)告包括數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化結(jié)果、差異信號(hào)點(diǎn)篩選結(jié)果、聚類和注釋結(jié)果等。

PMD是首個(gè)專門(mén)儲(chǔ)存和分享蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)的公共平臺(tái)。在該數(shù)據(jù)庫(kù)中,用戶可“一站式”獲取蛋白質(zhì)芯片實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)和相關(guān)信息,具體包括原始芯片數(shù)據(jù)、芯片信息和芯片文章信息等。與此同時(shí),用戶還可利用數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)嵌的“一鍵式”數(shù)據(jù)分析工具來(lái)進(jìn)行蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)的分析和深度挖掘。該數(shù)據(jù)庫(kù)的成功建立必將為推動(dòng)蛋白芯片技術(shù)的廣泛應(yīng)用、蛋白組學(xué)研究的飛速發(fā)展起到至關(guān)重要的作用。PMD數(shù)據(jù)庫(kù)也必將成為中國(guó)人類蛋白質(zhì)組計(jì)劃(CNHPP)推進(jìn)過(guò)程中一個(gè)極其重要的科學(xué)成果。

廣州博翀生物科技有限公司專注于蛋白質(zhì)芯片研究領(lǐng)域,提供最專業(yè)的蛋白質(zhì)芯片產(chǎn)品、服務(wù)和平臺(tái),推動(dòng)基于蛋白質(zhì)芯片的蛋白質(zhì)組學(xué)發(fā)展和蛋白質(zhì)芯片的臨床應(yīng)用。陶生策研究員作為廣州博翀生物科技有限公司戰(zhàn)略指導(dǎo)專家,對(duì)我司芯片產(chǎn)品的研發(fā)、生產(chǎn)以及技術(shù)服務(wù)等給予了許多支持與幫助。

文章鏈接:http://www.nature.com/articles/srep19956

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