賽默飛Ion半導(dǎo)體測(cè)序系統(tǒng)在抗擊埃博拉病毒的第一線
瀏覽次數(shù):1879 發(fā)布日期:2015-5-22
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2015年5月22日,上海——2014年年初以來,在利比里亞、塞拉利昂和幾內(nèi)亞等西非國(guó)家,埃博拉病毒殺死了超過10000人,造成近25000人受感染 。中國(guó)積極響應(yīng)WHO(World Health Organization,世界衛(wèi)生組織)呼吁,援助西非抗擊埃博拉疫情,派出公共衛(wèi)生專家組前往疫區(qū)。
病原微生物生物安全國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室童貽剛教授及其團(tuán)隊(duì)在西非塞拉利昂抗擊埃博拉病毒的第一線,利用賽默飛Ion半導(dǎo)體測(cè)序系統(tǒng)對(duì)埃博拉病毒進(jìn)行深度測(cè)序。測(cè)序工作具有非常重要的意義,通過測(cè)序可以確認(rèn)流行的病毒株系,用以進(jìn)行溯源分析和了解傳播路徑;由于現(xiàn)有實(shí)驗(yàn)室診斷方法(定量PCR)、治療藥物與疫苗研發(fā)都與埃博拉病毒基因組序列密切相關(guān),病毒基因突變可能導(dǎo)致定量PCR檢測(cè)時(shí)引物不匹配從而發(fā)生漏檢,也可能因?yàn)橥蛔兾稽c(diǎn)涉及藥物或者疫苗作用靶點(diǎn)而產(chǎn)生耐藥或者導(dǎo)致疫苗無效,因此通過測(cè)序了解病毒的變異對(duì)于病毒檢測(cè)及疫苗、藥物的研發(fā)都具有重要意義。
此次測(cè)序?qū)娜ツ暌咔楦叻迤?月至11月間收集的175個(gè)埃博拉病毒樣本進(jìn)行全基因組序列測(cè)定。基于此次測(cè)序數(shù)據(jù),確定目前在塞拉利昂流行的埃博拉病毒主要株系是由早前發(fā)表于《Science》文章中提出的三個(gè)主要的流行株中的第三分支進(jìn)一步演變而產(chǎn)生。此外,此次測(cè)序也確認(rèn)埃博拉病毒的突變速度并沒有加快。與之前《Science》測(cè)序數(shù)據(jù)相比,此次測(cè)序數(shù)據(jù)取樣時(shí)間跨度更長(zhǎng),樣本量更大,因此結(jié)果更為翔實(shí)可靠。
針對(duì)此次測(cè)序工作,童貽剛教授肯定了賽默飛Ion半導(dǎo)體測(cè)序平臺(tái)的測(cè)序速度具有非常明顯的優(yōu)勢(shì),能夠在24小時(shí)內(nèi)完成從核酸提取到獲得測(cè)序結(jié)果的整個(gè)過程;教授同時(shí)贊賞半導(dǎo)體試劑具有非常好的性價(jià)比,測(cè)序芯片多樣化,可適用于不同的應(yīng)用需求。童貽剛教授及其團(tuán)隊(duì)在抗擊埃博拉病毒的第一線,通過半導(dǎo)體測(cè)序平臺(tái)所完成的埃博拉病毒深度測(cè)序的研究成果“Genetic diversity and evolutionary dynamics of Ebola virus in Sierra Leone”已于5月13日在《Nature》雜志在線發(fā)表)。
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