羅氏RNA序列捕獲最新出爐文獻盤點（下）

瀏覽次數(shù)：2255　發(fā)布日期：2015-4-7　來源：本站　本站原創(chuàng)，轉載請注明出處

上周我們一起回顧了3篇關于RNA序列捕獲的研究文章，這周我們再來看3篇近期發(fā)表的文獻：

1. Nat Biotechnol. 2014 Sep;32(9):903-14. doi: 10.1038/nbt.2957. Epub 2014 Aug 24. A comprehensive assessment of RNA-seq accuracy, reproducibility and information content by the Sequencing Quality Control Consortium. SEQC/MAQC-III Consortium.

由FDA牽頭的旨在評估RNA-seq準確性、可重復性及信息量的測序質量控制項目（SEQC/MAQC-III）初步結果發(fā)表，為評估RNA-seq數(shù)據(jù)分析提供了寶貴的資源，同時也讓人們看到了RNA-seq的短板：對于低表達量的基因，測序結果可重復性低，想要測到這些基因，只能增大測序深度；原本被人們認為是RNA-seq檢測優(yōu)勢的可變剪切的檢測，由于覆蓋junction的Reads太少而變得更具隨機性；對于新剪切位點的發(fā)現(xiàn)，評估結果顯示測得越多，發(fā)現(xiàn)的越多，測到1.2Tb reads時仍舊沒有盡頭。NimbleGen于2015年推出RNA系列捕獲產(chǎn)品，通過對探針的設計可以準確捕獲所需區(qū)域RNA序列，配合control序列僅需RNA-Seq 1/20的測序量即可實現(xiàn)對轉錄本的準確定量，正是希望能夠幫助科學家們解決這樣的瓶頸問題。

2. Genome Res. 2015 Feb;25(2):290-303. doi: 10.1101/gr.182899.114. Epub 2015 Jan 5. Genome-wide discovery of human splicing branchpoints. Mercer TR1, Clark MB2, Andersen SB3, Brunck ME3, Haerty W4, Crawford J5, Taft RJ6, Nielsen LK3, Dinger ME1, Mattick JS7.

研究人員利用SeqCap全外顯子組捕獲產(chǎn)品對人的全轉錄本進行了檢測，在10000多個基因中鑒定出59,359個高可信人源剪切分支位點，繪制出第一張人類基因組剪切位點圖。相比200多篇已發(fā)表的RNA-Seq文獻，NimbleGen能產(chǎn)生更多有價值的數(shù)據(jù)來確定剪切分支位點，較之于傳統(tǒng)的RNA-seq或其他方法，SepCap產(chǎn)生的結果包含較多剪切分支位點的測序數(shù)據(jù)。該項研究展示了利用靶向序列捕獲的優(yōu)勢——在100x 富集情況下，剪切分支位點序列的富集提高了10倍。

3. Nat Methods. 2015 Mar 9. doi: 10.1038/nmeth.3321. Quantitative gene profiling of long noncoding RNAs with targeted RNA sequencing. Clark MB1, Mercer TR2, Bussotti G3, Leonardi T3, Haynes KR4, Crawford J5, Brunck ME6, Cao KA7, Thomas GP4, Chen WY2, Taft RJ8, Nielsen LK6, Enright AJ3, Mattick JS2, Dinger ME2.

該研究比較了RNA捕獲測序(CaptureSeq)，定量RT-PCR和RNA-seq技術在20個人體組織中的組裝和量化lncRNA和新穎編碼外顯子的能力。RNA捕獲測序對低表達基因定量檢測水平，幾乎沒有任何技術差異而且能精確地測量表達差異。另外，RNA捕獲測序還可以通過檢測特定疾病基因的表達，快速診斷疾病。診斷血液腫瘤時，RNA捕獲測序可以通過檢測“融合基因”的存在，提高疾病的診斷效率，定制化的RNA捕獲可以一次完成對200個已知融合基因的檢測，節(jié)省了大量的時間和金錢。

諸多的文獻案例驗證了RNA捕獲測序方法的好處，還在做RNA-seq的您是不是也有些蠢蠢欲動啦，如果對SeqCap RNA捕獲測序產(chǎn)品有興趣也可以登陸查看我們的網(wǎng)絡課堂上關于該產(chǎn)品的介紹：http://webinar.b.bioon.com.cn/live-info/webinar_roche7.html。

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