包含34基因的癌癥診斷技術(shù)計(jì)劃于2015年在Ion Torrent平臺(tái)上運(yùn)行

Quest Diagnostics公司本周宣布推出基于二代測(cè)序技術(shù)的包含34個(gè)基因的檢測(cè)板，命名為OncoVantage，并計(jì)劃與Memorial Sloan-Kettering Cancer Center（斯隆-凱特琳癌癥中心, MSKCC）聯(lián)合進(jìn)行臨床檢驗(yàn)的注釋工作。此外，Quest還將與Memorial Sloan-Kettering Cancer Center合作研發(fā)更大的檢測(cè)panel，進(jìn)而涵蓋數(shù)以百計(jì)的癌癥相關(guān)基因。

OncoVantage檢驗(yàn)技術(shù)，使用了內(nèi)部研發(fā)的擴(kuò)增子富集策略，能夠從34個(gè)靶標(biāo)基因上生成超過(guò)200個(gè)擴(kuò)增子。據(jù)Quest醫(yī)學(xué)、科學(xué)與創(chuàng)新方向的高級(jí)副總裁Jay Wohlgemuth稱，此panel的定價(jià)在2400美元至2800美元，投資回報(bào)期為10至14周。Clinical Sequencing News（臨床測(cè)序新聞）該項(xiàng)檢驗(yàn)?zāi)軌驒z測(cè)等位基因頻率低至5%的變異，堿基至少被超過(guò)300個(gè)讀段覆蓋才可能被識(shí)別為一個(gè)突變。

從今夏開(kāi)始，提供給訂貨醫(yī)師的臨床報(bào)告將囊括來(lái)自Memorial Sloan-Kettering團(tuán)隊(duì)的專(zhuān)業(yè)技術(shù)。Wohlgemuth稱，盡管Quest與所有主要的買(mǎi)家合作進(jìn)行第二代測(cè)序方面的應(yīng)用已經(jīng)數(shù)年，對(duì)該技術(shù)已經(jīng)擁有相當(dāng)豐富的使用經(jīng)驗(yàn)，但與MSKCC合作進(jìn)行的詮釋和注解工作仍將為此產(chǎn)品注入必要的臨床專(zhuān)業(yè)技術(shù)。

“（盡管）現(xiàn)在已有大量公共領(lǐng)域的信息來(lái)源，但MSKCC擁有的專(zhuān)家和數(shù)據(jù)庫(kù)能夠幫助我們獲得關(guān)于突變靶向藥物，或臨床實(shí)驗(yàn)的最新注釋信息，從而幫助我們利用這些藥物和實(shí)驗(yàn)來(lái)治療我們所發(fā)現(xiàn)的癌癥突變，因此與MSKCC合作對(duì)我們具有難以估量的價(jià)值�！盬ohlgemuth說(shuō)。作為回報(bào)，Quest會(huì)將OncoVantage測(cè)試中收集到的未鑒別數(shù)據(jù)提供給MSKCC的數(shù)據(jù)庫(kù)。

針對(duì)處于起始階段的癌癥檢測(cè)技術(shù)，Wohlgemuth稱Quest希望專(zhuān)注于那些具有臨床可操作性的基因和突變，包括那些國(guó)家綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)指南中所提及的，以及具有臨床實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)表明其具有可操作性的基因和突變。Wohlgemuth稱，并無(wú)將此產(chǎn)品通過(guò)美國(guó)FDA（Food and Drug Administration，美國(guó)食品與藥品管理署）認(rèn)證的計(jì)劃。

在2015年的上半年，Quest計(jì)劃推出一款更大的panel，定價(jià)約在4000美元左右。Quest將從MSKCC召集該款產(chǎn)品的研發(fā)專(zhuān)家團(tuán)隊(duì)。MSKCC已經(jīng)提供了一款涵蓋 341個(gè)癌癥相關(guān)基因的檢測(cè)板， 用于一部分患者的實(shí)體瘤檢測(cè)，MSKCC病理部的研究人員Michael Berger如是說(shuō) CSN（臨床測(cè)序新聞）。

Berger稱MSKCC將幫助Quest研發(fā)更大規(guī)模的基因panel，屆時(shí)Quest的panel將很可能囊括MSKCCpanel相同的基因內(nèi)容，但Quest不會(huì)從MSKCC實(shí)驗(yàn)室簡(jiǎn)單照搬檢測(cè)技術(shù)，Berger說(shuō)。

“我們將獨(dú)立研發(fā)檢測(cè)基因的基礎(chǔ)技術(shù)，不過(guò)我們確實(shí)計(jì)劃聯(lián)合使用MSKCC的視野及內(nèi)容來(lái)確定我們未來(lái)將測(cè)序的基因和外顯子，”Wohlgemuth說(shuō)。拓展的檢測(cè)技術(shù)將于2015年的上半年推出。

Quest提供了集中化和更為廣泛的測(cè)試技術(shù)，力求為社區(qū)腫瘤學(xué)研究市場(chǎng)、癌癥中心、藥物公司及其他擁有更多基因組學(xué)專(zhuān)家的更大研究機(jī)構(gòu)服務(wù)。

“例如，在社區(qū)腫瘤學(xué)產(chǎn)品的相關(guān)設(shè)置中提供300個(gè)基因的panel，進(jìn)而可能為腫瘤學(xué)專(zhuān)家提供更多期待或感興趣的有用信息，”Wohlgemuth說(shuō)，并稱OncoVantage測(cè)試將主要面向社區(qū)腫瘤學(xué)專(zhuān)家們開(kāi)放。此外，臨床報(bào)告是社區(qū)腫瘤學(xué)領(lǐng)域中至關(guān)重要的組成部分，MSKCC將幫助Quest進(jìn)行此領(lǐng)域內(nèi)的研發(fā)工作�！拔覀冋�試圖將MSK在癌癥檢測(cè)結(jié)果闡釋方面所做的貢獻(xiàn)帶給社區(qū)腫瘤學(xué)專(zhuān)家，”Wohlgemuth說(shuō)�！巴ㄟ^(guò)生成清晰的臨床指南、闡釋結(jié)果和增強(qiáng)型報(bào)告，我們預(yù)期廣譜的基因組檢測(cè)（broad genomic testing）將越來(lái)越為社區(qū)腫瘤學(xué)專(zhuān)家們所接受�！� 盡管如此，領(lǐng)域內(nèi)對(duì)更大規(guī)模的panel仍有實(shí)實(shí)在在的需求，這些需求方包括癌癥中心、藥物公司以及其他“對(duì)擁有更廣泛信息具有更高接受度和利用效率”的市場(chǎng)，Wohlgemuth說(shuō)。

當(dāng)Quest推出擴(kuò)展panel時(shí)，將很可能與的Foundation Medicine公司的FoundationOne檢測(cè)產(chǎn)品發(fā)生競(jìng)爭(zhēng)，后者目前涵蓋了超過(guò)200個(gè)基因的檢測(cè)項(xiàng)，并將在今年擴(kuò)展至超過(guò)300個(gè)基因和30個(gè)融合基因的檢測(cè)技術(shù)。Foundation尚未公布本項(xiàng)檢測(cè)的定價(jià)，不過(guò)已有關(guān)于每次測(cè)試3400美元平均報(bào)銷(xiāo)額度的相關(guān)報(bào)道。在2014年的第一季度，F(xiàn)oundation Medicine報(bào)道獲得了4702例檢測(cè)訂單，該公司聲稱其檢測(cè)訂單處于持續(xù)增長(zhǎng)期。不過(guò)，Wohlgemuth稱他相信Quest在市場(chǎng)中占據(jù)了有利地位，特別是在獲得了MSKCC的支持之后。

“我們與如此之多希望使用本基因組學(xué)技術(shù)進(jìn)行癌癥檢測(cè)的醫(yī)師建立了聯(lián)系，”他說(shuō)。此外，他還聲稱與MSKCC的合作將使Quest獲得臨床腫瘤學(xué)專(zhuān)家、臨床注釋和可操作信息的訪問(wèn)入口，進(jìn)而幫助公司占據(jù)領(lǐng)域的最前沿。“特別是在社區(qū)腫瘤學(xué)實(shí)踐中，以及研究中心內(nèi)部的市場(chǎng)開(kāi)始轉(zhuǎn)向此類(lèi)技術(shù)更為普遍的應(yīng)用時(shí)，我們未看到Foundation Medicine擁有超過(guò)Quest的任何持續(xù)性競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)，”他說(shuō)。

Wohlgemuth未提供擴(kuò)展panel未來(lái)運(yùn)行平臺(tái)的有關(guān)信息。Quest已經(jīng)投入了所有的主流測(cè)序平臺(tái)，并已同時(shí)擁Life Tech與Illumina的許可，來(lái)使用他們各自的測(cè)序技術(shù)進(jìn)行臨床檢測(cè)。他說(shuō)，在OncoVantagepanel運(yùn)行于Life Tech平臺(tái)的同時(shí)，后續(xù)的測(cè)試還將在不同的平臺(tái)上進(jìn)行�！拔覀儑L試著基于正在推出的特定檢測(cè)項(xiàng)目，來(lái)評(píng)估不同平臺(tái)之間的性能,”Wohlgemuth說(shuō)。

目前Quest在大量的不同領(lǐng)域中都擁有專(zhuān)門(mén)的第二代測(cè)序檢測(cè)技術(shù)。OncoVantage能夠?qū)��?shí)體瘤中的體細(xì)胞突變進(jìn)行評(píng)估，同時(shí)能夠進(jìn)行BRCA的檢測(cè)用于生殖細(xì)胞突變的分析，并包含一個(gè)HIV的定向檢測(cè)，我們還在神經(jīng)病學(xué)和轉(zhuǎn)染疾病領(lǐng)域進(jìn)行著檢測(cè)項(xiàng)目的研發(fā)工作，Wohlgemuth說(shuō)。

對(duì)于研究者所關(guān)心的不同基因組區(qū)域，不同的測(cè)序技術(shù)在讀長(zhǎng)、錯(cuò)誤率和性能方面各自存在著有強(qiáng)項(xiàng)和弱點(diǎn)上的差異，他說(shuō)。此外，“系統(tǒng)所附帶的軟件也是一個(gè)非常重要的方面，其靈活性決定了我們是否能夠按照我們的報(bào)告需求生成數(shù)據(jù)，”他說(shuō)。當(dāng)涉及到軟件、軟件工具及其靈活性的層面，每一系統(tǒng)之間都存在著差異，Wohlgemuth說(shuō)，軟件的組成也與特定的檢測(cè)項(xiàng)目密切相關(guān)。