羅氏454測序用于野生雙峰駝基因組圖譜繪制

瀏覽次數(shù)：2748　發(fā)布日期：2012-11-22　來源：本站　本站原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載請注明出處

羅氏454測序用于野生雙峰駝基因組圖譜繪制

中國及中亞細(xì)亞溫帶荒漠地區(qū)的駱駝均為雙峰駱駝(Bactrian camel)，中國的雙峰駝集中分布于內(nèi)蒙古西部、寧夏、新疆、甘肅的溫帶荒漠和荒漠草原區(qū)，占全國總駝數(shù)的95%。且中國尚有數(shù)量比大熊貓還少的世界珍稀瀕危動物—野生雙峰駝存在。內(nèi)蒙古阿拉善盟是中國駱駝最多的地區(qū)，擁有雙峰駝10萬峰以上，約占全國駱駝總數(shù)的33%、世界駱駝總數(shù)的25%，素有“駝鄉(xiāng)”之稱。這里出產(chǎn)的阿拉善雙峰駝以其體型大、絨質(zhì)好等特點(diǎn)被確定為國家優(yōu)良畜種，它具有耐粗飼、耐饑渴、耐高溫、耐嚴(yán)寒、耐負(fù)重、抗干旱、抗風(fēng)沙、抗疾病等特殊能力。

最近國內(nèi)大學(xué)研究者們攜手國內(nèi)生物信息學(xué)專家們在Nature Communication上發(fā)表文章¹，報(bào)道完成了野生雙峰駝2.01Gb的基因組草圖，并揭示了野生雙峰駝能在極其嚴(yán)酷的環(huán)境下生存的秘密。利用及短平臺進(jìn)行了混合拼接，得到了120,352條scaffold，其中13,544條scaffold超過1 kb，3,453條scaffold超過10 kb，大于1kb的scaffold N50達(dá)到了2 Mb。預(yù)測編碼基因20821個，平均含8個外顯子，平均編碼區(qū)長1322 bp，編碼區(qū)GC含量達(dá)52%，顯著高于全基因組GC含量41%。

通過對編碼基因的考察，研究人員們發(fā)現(xiàn)雙峰駝的代謝通路調(diào)節(jié)方面的基因快速進(jìn)化，因此在食物消化后的吸收與常規(guī)反芻動物完全不同。另外，雙峰駝可承受大量血糖也與部分基因改變有關(guān)，而這些基因正是與人類II型糖尿病相關(guān)的基因。對這些基因進(jìn)一步的研究可能幫忙解開人體中胰島素調(diào)節(jié)以及糖尿病發(fā)生機(jī)制。在人體中中CYP2J基因控制高血壓，然而雙峰駝體內(nèi)含有多個該基因的拷貝，使其即使在吃了大量鹽的情況下仍能保持較低的血壓。

1. Jirimutu. et al. Genome sequences of wild and domestic bactrian camels. Nat. Commun. 3:1202 doi: 10.1038/ncomms2192 (2012).

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