454用于人類微生物菌落項目中微生物16S rRNA測序

瀏覽次數(shù)：3874　發(fā)布日期：2012-7-17　來源：本站　本站原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載請注明出處

454用于人類微生物菌落項目（Human Microbiome Project）中微生物16S rRNA測序

最近在Nature¹及其他刊物中發(fā)表了多篇與人類微生物菌落項目（Human Microbiome Project）有關(guān)的文獻(xiàn)，該項目已歷時5年旨在發(fā)現(xiàn)人體不同部位的微生物菌落特征。而最近的這些文獻(xiàn)的發(fā)表只是該項目大量數(shù)據(jù)的初步分析結(jié)果，隨之而來的將是從更多分析方法角度帶來的新的思路和起始。微生物16S rRNA測序

數(shù)據(jù)中最主要是16S rRNA基因的序列。從美國的兩個城市挑選的數(shù)百名男女，通過身體檢查，最終選擇了129名健康男性和113名健康女性，然后分別在男性的15個身體部位和女性的18個身體部位采集微生物樣本，利用454的進(jìn)行16S rRNA擴(kuò)增子測序，測序區(qū)域覆蓋16S rRNA的V3-V5區(qū)域，部分樣本增加了V1-V3區(qū)域的測序。測序結(jié)果用三種不同的方法進(jìn)行微生物系統(tǒng)分類，并對人類微生物菌落進(jìn)行了比較。同時，利用短讀長平臺獲得了部分樣本中的完整微生物基因序列。

分析結(jié)果表現(xiàn)了從研究對象采集的微生物群體中占重要成分的微生物，以及其各種組合方式。共發(fā)現(xiàn)10，000種微生物，800萬個微生物基因，占微生物屬及酶家族總體的81%-99%。

總體而言，身體不同部位的微生物菌落存在差異，不同個體間也存在差異，而相對而言，同一個體、同一身體部位的菌落隨時間變化不大。不同個體的同一個身體部位雖然其微生物菌落存在差異，但是從微生物基因組成來看微生物代謝卻有相似性。比如說，舌頭上的微生物的代謝途徑比較相似，主要是分解各種能量如糖分。

同時，在Nature上也有一篇關(guān)于這個國際性合作項目標(biāo)準(zhǔn)的實驗方法的介紹，包括樣本采集、測序數(shù)據(jù)生成分析以及宏基因組數(shù)據(jù)解讀各個方面。²具體描述了在項目中454測序儀用于16S rRNA測序的方法以及數(shù)據(jù)分析。對于這樣大量樣本的處理和成功系統(tǒng)分類，說明了454的長讀長測序是16S rRNA測序宏基因組研究的成熟平臺。

另外，還有許多與這個項目相關(guān)的其他文獻(xiàn)發(fā)表在其他雜志上，對實驗方法、數(shù)據(jù)分析結(jié)果進(jìn)行了討論。這個項目目的在于了解健康人身體的微生物菌落分布情況，掌握微生物菌落的動態(tài)情況，以及外界因素對其的影響及互動。研究人員希望通過與其他此類研究結(jié)果比較，認(rèn)識更多微生物菌落對人體健康的作用和影響。

1. A framework for human microbiome research. The Human Microbiome Project Consortium. (2012) Nature. Volume: 486, 215–221. doi:10.1038/nature11209

2. Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. The Human Microbiome Project Consortium. (2012) Nature. Volume: 486,207–214. doi:10.1038/nature11234

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