羅氏454測(cè)序用于美洲奶牛種�；蚪M測(cè)序項(xiàng)目

瀏覽次數(shù)：2356　發(fā)布日期：2012-7-6　來源：本站　本站原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處

一只名為 Pawnee Farm Arlinda Chief 的種牛和它的兒子 Walkway Chief Mark 大約有60000個(gè)后代，其后代是牛奶生產(chǎn)的主力。最近一項(xiàng)研究中¹，科學(xué)家通過454全基因組測(cè)序，掌握了他們的基因組中控制重要性狀的基因，包括抗病能力、牛奶產(chǎn)量，這些性狀已通過北美的當(dāng)代荷蘭奶牛育種活動(dòng)傳播到大量用于牛奶生產(chǎn)的奶�；蚪M中。

兩只公�；蚪M分別利用進(jìn)行測(cè)序，分別獲得了7.3倍和13.5倍基因組覆蓋度的數(shù)據(jù)，約20.5G和37.9G的測(cè)序序列，然后用Newbler將超過30G的堿基序列與參照基因組進(jìn)行比對(duì)，最終超過86%的參考基因組有超過1x的覆蓋。

科學(xué)家應(yīng)用一種稱為haplotracking的技術(shù)，確定了染色體中控制者重要的性狀的區(qū)域，這些區(qū)域在群體進(jìn)化中受到較大的選擇性壓力。這項(xiàng)研究揭示了奶�；蚪M進(jìn)化的過程，顯示外在因素對(duì)這些重要基因的選擇作用，例如一些影響奶牛對(duì)傳染病抵抗能力的基因。

這兩只種牛的基因組約占目前北美荷蘭奶牛群體基因組的7%左右。研究人員從這兩只公�；蚪M中，發(fā)現(xiàn)超過130萬(wàn)個(gè)SNP，并利用這些SNP對(duì)其后代進(jìn)行了單倍體型分型。研究人員發(fā)現(xiàn)了與繁殖、牛奶產(chǎn)量、抗病毒能力有關(guān)的一系列基因，這些基因控制的性狀都有可能影響到奶牛經(jīng)濟(jì)價(jià)值和奶廠的效益。

奶牛作為經(jīng)濟(jì)動(dòng)物，長(zhǎng)期以來受到很大的選擇壓力，如牛奶產(chǎn)量、奶脂含量，已經(jīng)有超過50年的人工養(yǎng)殖歷史，因此也積聚了大量的遺傳學(xué)信息，可以在后代的基因組中跟蹤，其后代也能重組這些單倍體型，這些信息可用于認(rèn)識(shí)復(fù)雜性狀的遺傳學(xué)機(jī)制。

1. Denis M. Larkin, Hans D. Daetwyler, Alvaro G. Hernandez, Chris L. Wright, Lorie A. Hetrick, Lisa Boucek, Sharon L. Bachman, Mark R. Band, Tatsiana V. Akraiko, Miri Cohen-Zinder, Jyothi Thimmapuram, Iona M. Macleod, Timothy T. Harkins, Jennifer E. McCague, Michael E. Goddard, Ben J. Hayes, and Harris A. Lewin. Whole-genome resequencing of two elite sires for the detection of haplotypes under selection in dairy cattle. PNAS 2012 109: 7693-7698.

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