羅氏NimbleGen序列捕獲技術(shù)用于遺傳性耳聾研究
瀏覽次數(shù):2057 發(fā)布日期:2012-2-1
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羅氏NimbleGen序列捕獲技術(shù)用于遺傳性耳聾研究
遺傳性耳聾是人類聽力系統(tǒng)最常見的疾病之一,其中有一部分與X染色體相關(guān)。在American Journal of Human Genetics發(fā)表的一篇文章中1,德國研究人員利用一系列研究方法,包括NimbleGen定制型385K芯片進(jìn)行序列捕獲,從一個(gè)西班牙患病家族及一群德國患者的樣本中發(fā)現(xiàn)了X染色體上一個(gè)疾病相關(guān)的突變。
研究人員利用定向富集技術(shù),從兩個(gè)男性患者的DNA樣本中捕獲相關(guān)區(qū)域的序列,隨后的測序分析分別發(fā)現(xiàn)了3858及3443個(gè)X染色體上的突變。進(jìn)一步分析確定了一個(gè)X染色體上的小肌肉蛋白基因(small muscle protein, X-linked (SMPX))的無義突變有重大意義。這個(gè)無義突變是一個(gè)點(diǎn)突變,但這個(gè)突變導(dǎo)致了一個(gè)終止密碼子(stop codon)的形成,可能提前終斷了該基因編碼產(chǎn)物的轉(zhuǎn)錄,或者可能在轉(zhuǎn)錄的mRNA中形成一個(gè)無義編碼子,從而導(dǎo)致一個(gè)不完整的、無用的蛋白質(zhì)產(chǎn)物。根據(jù)他們研究的結(jié)果,內(nèi)耳細(xì)胞長期接受機(jī)械性壓力,而其正常狀態(tài)和功能的維護(hù)有賴于 SMPX。
NimbleGen序列捕獲技術(shù)是可以在一次實(shí)驗(yàn)中平行富集大量感興趣的基因組片段,代替通過上百個(gè)傳統(tǒng)PCR反應(yīng)進(jìn)行目標(biāo)區(qū)域擴(kuò)增的方法。 這種高效的平行富集方法,既節(jié)省費(fèi)用又節(jié)約時(shí)間,可以很好地同二代測序技術(shù)銜接。
(1) Huebner et al., American Journal of Human Genetics, Vol. 88: 621-627, May 13, 2011