繼新一代測序技術（454, Solexa和SOLiD）在表達譜分析分析上展示出強大應用前景后，美國西雅圖一家生物公司（NanoString）的新技術再次引起廣泛關注，為本來已經火熱的表達譜分析市場再掀波瀾。

nCounter Analysis運用了直接對基因表達進行多重計數(shù)的全新數(shù)字技術，表現(xiàn)出極高的靈敏度（500 attomolar）和精確度。該技術使用分子“條形碼”和單分子成像來檢測和統(tǒng)計每一個反應體系中特定轉錄本。整個系統(tǒng)包括全自動的樣品處理工作站，數(shù)字化分析儀，CodeSet（分子條形碼）和其他一些試劑，可以幫助研究人員用少量的實驗材料進行特定基因表達特征研究，或者研究一組基因的表達情況。今年3月份的Nature Technology以封面文章形式刊登了這一技術。目前該系統(tǒng)已經在Balyor醫(yī)學院用于caBIG™（cancer Biomedical Informatics Grid™） 項目的研究。

由于從技術上無需使用酶，也不需要做PCR擴增，從而減少誤差的產生，因此nCounter在表達譜分析領域非常具有優(yōu)勢。其單分子計數(shù)理念，也迎合了科學界對于研究基因表達的終極追求。在通量上，它可以進行1－576重計數(shù)，也很適合進行中小規(guī)模的基因表達分析。而其采用的特異型探針雜交融合了類似Taqman的原理，保證了實驗的特異性。這些無疑都為該技術提供了很好的賣點和市場潛力。

但從其市場前景而言，仍存在諸多挑戰(zhàn)。首先該技術出現(xiàn)的時機正是real time PCR和芯片方興未艾，新一代測序技術來勢洶洶之時，如何突出重圍，讓市場快速接受對于這一新的技術而言是項嚴峻的考驗。其次盡管NanoString以數(shù)字化表達譜分析（Digital Expression Profiling）作為賣點，nCounter卻并沒有實現(xiàn)真正意義上的數(shù)字化表達譜分析，而基于測序原理的表達譜分析方法似乎更能體現(xiàn)數(shù)字化表達譜分析的理念。當然目前新一代測序技術仍需要進行PCR擴增，這對于要求嚴謹?shù)目茖W研究人員而言仍然有所疑慮。但以Helicos和Pacificbio為代表的“單分子測序技術”的興起，無疑會給nCounter推廣帶來不少壓力（注：Helicos在今年4月的Science發(fā)表了用其單分子測序技術進行病毒測序的文章，并已對外宣布將于2009年推出商業(yè)化的測序儀）。

表達譜分析市場競爭非常激烈，在real time PCR方面，就有ABI, Qiagen，Roche等公司；在芯片方面，有Affymetrix, Agilent，Illumina，博奧，上海芯片中心等國內外公司；在測序領域，有Roche，Illumina和ABI，以及很快會推出市場的Helicos和Pacificbio；而NanoString的新技術無疑讓本已火熱的市場再度升溫。
nCounter技術原理：

1．NanoString技術基于不同顏色編碼的“條形碼”(barcode)，并采用兩條長度為50bp的探針對mRNA進行雜交。報告探針(reporter probe)帶有信號；捕獲探針(capture probe)用于雜交后的復合物固定，以供數(shù)據(jù)采集。

2．雜交后，樣品被轉移到樣品制備站，在那里過量的探針被洗掉而探針和目的mRNA的復合物則被固定到nCounter的樣品夾上。

3．樣品夾放置到數(shù)據(jù)分析儀上進行數(shù)據(jù)采集。樣品加上不同的顏色編碼數(shù)將被計算出來，并代表每一種目的分子的數(shù)量。

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