如今蛋白組學(xué)研究方法在近年來(lái)受到了越來(lái)越廣泛的應(yīng)用，各種不同的蛋白組學(xué)研究方法也在不斷的推陳出新，檢測(cè)精度，靈敏度，以及廣度都在不斷的提升。對(duì)于蛋白質(zhì)組學(xué)研究來(lái)說(shuō)，出發(fā)點(diǎn)多是大規(guī)模研究多個(gè)蛋白的表達(dá)特性來(lái)達(dá)到鑒定新的標(biāo)志物的目的。由此以來(lái)，shotgun proteomics作為大規(guī)模分析的蛋白組學(xué)研究手段在研究蛋白組學(xué)初期很適用。但是shotgun proteomics雖然涉獵廣，但是鑒定的精度卻相對(duì)較低。相反，靶向研究組學(xué)勝在精準(zhǔn)度，鑒定的蛋白數(shù)量卻會(huì)打些折扣。因此，研究者們一直想要尋找結(jié)合精度和廣度兩個(gè)特征的蛋白組學(xué)研究方法。SWATH正好能夠滿足這兩個(gè)特征。

這期跟大家分享一篇關(guān)于SWATH在不同實(shí)驗(yàn)室間可重復(fù)性的研究，文章于今年四月份發(fā)表在Nature Communication雜志。

SWATH-MS數(shù)據(jù)可重復(fù)性研究－百泰派克生物

SWATH是一項(xiàng)真正意義上的全景質(zhì)譜檢測(cè)手段，能夠檢測(cè)復(fù)雜樣品中幾乎所有分子。SWATH的原理是通過(guò)將MS質(zhì)譜分成多個(gè)小窗口，再對(duì)每個(gè)窗口的每個(gè)離子進(jìn)行MS/MS檢測(cè)，從而達(dá)到對(duì)所有分子的深度檢測(cè)。同時(shí)SWATH的檢測(cè)精度與MRM靶向蛋白組學(xué)鑒定處于相當(dāng)水平。集合了檢測(cè)廣度和精度兩大優(yōu)勢(shì)，SWATH是研究者們研究蛋白組學(xué)的理想手段。

但是在此之前，SWATH的研究數(shù)據(jù)的重復(fù)度只在實(shí)驗(yàn)室內(nèi)部得到很好的驗(yàn)證，而對(duì)于不同的實(shí)驗(yàn)室之間SWATH數(shù)據(jù)重復(fù)度還沒(méi)有得到驗(yàn)證。由于復(fù)雜的樣品往往受到的影響因素較多，數(shù)據(jù)的重復(fù)度相對(duì)較低。因此，這篇文章主要研究了SWATH在世界上不同的實(shí)驗(yàn)室之間的數(shù)據(jù)鑒定重復(fù)度的問(wèn)題。這個(gè)研究統(tǒng)計(jì)了全世界11個(gè)不同的實(shí)驗(yàn)室中使用SWATH鑒定的數(shù)據(jù)重復(fù)度情況。

實(shí)驗(yàn)結(jié)果

1. 作者把30個(gè)肽段標(biāo)準(zhǔn)品分為5組，每組6個(gè)標(biāo)準(zhǔn)品按照5個(gè)稀釋梯度混入HEK293T細(xì)胞裂解液中，再在選定的6個(gè)國(guó)家中的11個(gè)實(shí)驗(yàn)室中使用SWATH方法對(duì)以上樣品進(jìn)行分析。分析一共獲得229個(gè)SWATH－MS文件，接下來(lái)再對(duì)數(shù)據(jù)的現(xiàn)行動(dòng)態(tài)范圍等數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。

2. 結(jié)果表明在11個(gè)實(shí)驗(yàn)室中鑒定的蛋白總數(shù)大體是一致的，基本都位于4000左右的范圍。

3. 作者進(jìn)一步分析了同一實(shí)驗(yàn)室和不同實(shí)驗(yàn)室間變異系數(shù)的范圍，結(jié)果表明標(biāo)準(zhǔn)品和HEK293蛋白的變異系數(shù)均在20%左右。

4. 另外，對(duì)標(biāo)準(zhǔn)品和樣品的動(dòng)態(tài)范圍分析也都呈現(xiàn)良好的線性結(jié)果

5. 作者對(duì)11個(gè)實(shí)驗(yàn)室鑒定的蛋白進(jìn)行聚類(lèi)和相關(guān)性分析，數(shù)據(jù)呈現(xiàn)出高度的對(duì)稱(chēng)性，表明SWATH－MS鑒定和數(shù)據(jù)分析在不同的實(shí)驗(yàn)室間能夠有高度的重現(xiàn)性。

實(shí)驗(yàn)結(jié)論
綜上，結(jié)果表明在這11個(gè)實(shí)驗(yàn)室使用SWATH能夠在HEK293T細(xì)胞中重復(fù)地鑒定至少4000個(gè)蛋白。并且，蛋白鑒定的變異系數(shù)低，蛋白鑒定均呈現(xiàn)相似的線性動(dòng)態(tài)，并且蛋白聚類(lèi)和相關(guān)性分析也都一致。因此，結(jié)論就是SWATH不僅在實(shí)驗(yàn)室內(nèi)部有著高重復(fù)度，在實(shí)驗(yàn)室間的數(shù)據(jù)重現(xiàn)行也是極高的，這也再次驗(yàn)證SWATH鑒定的可靠性。