KEGG Pathway 功能繪制通路圖

瀏覽次數(shù)：630　發(fā)布日期：2023-3-6　來源：百泰派克生物科技-原創(chuàng)

KEGG全稱為Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，它是日本京都 Kanehisa Laboratories閱讀文獻手工整理的一個龐大的數(shù)據(jù)庫，始建于1995年。其中包括文獻報道過的信號通路、基因、疾病、藥物等信息，是國際上常用的生物信息學數(shù)據(jù)庫之一，以"理解生物系統(tǒng)的高級功能和實用程序資源庫"著稱。

在分子實驗過程中，KEGG Pathway的分析是其中的研究重點，那么繪制一張跟實驗相關(guān)的核心通路圖就成為很多研究者頭疼的事情了，今天小編就帶大家使用KEGG Pathway功能繪制通路圖。

為了幫助大家更好的理解操作過程，小編在在這里以cell apoptosis為例來制作相關(guān)的信號通路圖。假設(shè)研究人員通過western blot或者質(zhì)譜的檢測手段，發(fā)現(xiàn)在某種處理情況下，幾個與cell apoptosis密切相關(guān)的蛋白質(zhì)的表達水平發(fā)生了明顯的變化，因此研究人員想要進一步繪制這幾個蛋白質(zhì)在apoptosis信號通路中具體上下游關(guān)系圖，便可以使用KEGG Pathway功能來操作。

１.首先打開KEGG主頁：http://www.kegg.jp/，點擊下圖框中的KEGG PATHWAY鏈接。

KEGG是日本京都 Kanehisa Laboratories閱讀文獻手工整理的一個龐大的數(shù)據(jù)庫，始建于1995年。其中包括文獻報道過的信號通路、基因、疾病、藥物等信息，是國際上常用的生物信息學數(shù)據(jù)庫之一。

KEGG Pathway 功能繪制通路圖－百泰派克生物

2. 在搜索框內(nèi)輸入關(guān)鍵詞cell apoptosis，對KEGG整理的cell apoptosis信號通路相關(guān)內(nèi)容進行查詢。

KEGG Pathway 功能繪制通路圖－百泰派克生物

3. 在KEGG查詢結(jié)果中，選擇cell apoptosis 相近的選項，即apoptosis。點擊apoptosis對應(yīng)的Entry－map04210

4. 結(jié)果顯示了所有與apoptosis相關(guān)的研究內(nèi)容，包括對apoptosis的描述，參與apoptosis代謝通路的蛋白質(zhì)，以及與apoptosis相關(guān)的疾病等。

5. 點擊上圖代謝通路下面的ortholog table，可以進一步獲得所有代謝通路中描繪的蛋白質(zhì)的信息，結(jié)果如下。其中包括了TNFSF10，TNFRSF0，TNF等蛋白，除此之外，每個蛋白質(zhì)都有對應(yīng)的K打頭的編號，這些編號都是KEGG對每個蛋白質(zhì)的特定編號。例如蛋白BID對應(yīng)的編號是K04726，BAX對應(yīng)的編號是K02159。我們可以根據(jù)這些編號可以一一查找對應(yīng)各個蛋白，并對蛋白進行編輯。這些編號在接下來的工作中也會再次用到。

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6. 回到圖4的通路圖，點擊map04210，會出現(xiàn)相應(yīng)的信號通路機制圖。這個機制圖標注apoptsis相關(guān)的蛋白質(zhì)，以及蛋白質(zhì)之間的上下游調(diào)控關(guān)系，我們可以根據(jù)之前western blot或質(zhì)譜檢測的蛋白質(zhì)水平結(jié)果，在這幅圖上用不同的顏色對相應(yīng)蛋白進行標注。

首先, 點擊下圖方框中的User data mapping，在出現(xiàn)的新窗口中，按照指示輸入蛋白編號加上添加的顏色，例如，輸入BID blue指令，可以把信號通路中所有的BID標記成藍色（在這里藍色代表蛋白水平下降）。當然，也可以使用紅色代表蛋白水平上調(diào)，或者其他顏色來代表不同種類的蛋白翻譯后修飾等。