PCR簡(jiǎn)介
聚合酶鏈反應(yīng)(polymerase chain reaction,PCR)是利用一段DNA為模板,在DNA聚合酶和核苷酸底物共同參與下,將該段DNA擴(kuò)增至足夠數(shù)量,以便進(jìn)行結(jié)構(gòu)和功能分析的一種反應(yīng)。
PCR擴(kuò)增原理
核酸降解是DNA/RNA分子中的堿基和戊糖間的氮糖苷鍵,或磷酸二酯鍵在物理因素、化學(xué)因素和生物因素等作用下發(fā)生水解,使DNA/RNA鏈發(fā)生斷裂。
▲ 圖一:PCR原理反應(yīng)示意圖
▲ 圖二:PCR反應(yīng)過(guò)程中溫度變化圖
實(shí)時(shí)熒光定量PCR原理
通過(guò)熒光染料或熒光標(biāo)記的特異性探針,對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行標(biāo)記跟蹤,實(shí)時(shí)監(jiān)控反應(yīng)過(guò)程,結(jié)合相應(yīng)軟件可以對(duì)結(jié)果進(jìn)行分析,通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)曲線對(duì)未知模板進(jìn)行定量分析,計(jì)算待測(cè)樣本的初始模板濃度。
▶ 初始DNA濃度越高,熒光達(dá)到某一值(閾值)時(shí)所需要的循環(huán)數(shù)越少(Cq值)。
▶ Log濃度與循環(huán)數(shù)成線性關(guān)系,根據(jù)樣品擴(kuò)增到閾值的循環(huán)數(shù)與已知起始拷貝數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)品作出的標(biāo)準(zhǔn)曲線對(duì)比就可以計(jì)算出該樣品的起始拷貝數(shù)。
影響PCR擴(kuò)增的因素
▶ 模板間的交叉污染。
▶ PCR試劑的污染。
▶ PCR產(chǎn)物的污染。
防止污染的預(yù)防操作
❶ 永遠(yuǎn)要設(shè)置NTC(No Template Control)對(duì)照,一個(gè)不含有模板DNA但含有PCR體系中所有其他成分的對(duì)照。如果不能在污染的第一時(shí)間發(fā)現(xiàn),會(huì)導(dǎo)致后續(xù)一系列的數(shù)據(jù)無(wú)法使用。
❷ 準(zhǔn)備PCR體系的移液器要專(zhuān)用,千萬(wàn)不能用吸取過(guò)PCR產(chǎn)物的移液器去準(zhǔn)備PCR體系。
❸ 打開(kāi)離心管前先離心,開(kāi)管動(dòng)作要輕,以防管內(nèi)液體濺出。
❹ 最好在加完其他反應(yīng)成分再加入模板。
❺ 實(shí)驗(yàn)結(jié)束后及時(shí)清理臺(tái)面。
出現(xiàn)污染后的解決辦法
❶ 更換試劑:更換新的試劑和水,用確保無(wú)污染的移液器分裝備用。
❷ 清潔所有可能的污染源:實(shí)驗(yàn)臺(tái)面,離心機(jī),門(mén)把手等。
❸ 實(shí)驗(yàn)過(guò)程更加小心,采用前面提到的各種防止污染的方法。
CieloTM實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng)
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