顯微鏡長期以來一直在生物科學(xué)研究中占據(jù)重要位置，可追溯到第一次觀察
活細(xì)胞包括使用LED的技術(shù)已經(jīng)開發(fā) - 并且將繼續(xù) - 以滿足研究人員新的和不斷變化的需求。

生物科學(xué)顯微鏡
生物科學(xué)微拷貝中使用的技術(shù)可分為兩個主要陣營：

• 透射光，明視場顯微鏡，用于可視化染色的組織學(xué)樣本或采用對比度方法，如相位對比度，微分干涉對比度和浮雕對比度;
• 反射光熒光顯微鏡

圖1a，1b。明場顯微鏡圖像描繪了染色載玻片（a）和遷移室（b）中細(xì)胞的相襯圖像。
為了篩選染色組織（圖1a）或?qū)Ρ燃夹g(shù)，如相（圖1b）或DIC，典型的研究實驗室將使用配備12 V白熾鎢鹵燈（100 W）的顯微鏡設(shè)置為9 V，色溫約為3200 K.雖然這是一種廉價而有效的設(shè)置，但LED光源正成為主要顯微鏡制造商的默認(rèn)透射光源。LED具有與日光濾光器類似的顯色指數(shù)，可提供出色的靈活性并集成到硬件和軟件中。
LED照明已經(jīng)成為明場顯微鏡的一種選擇，但它在熒光顯微鏡領(lǐng)域卻是如此
已經(jīng)產(chǎn)生了最大的影響。直到最近十年，高壓汞蒸氣電弧放電燈才是氙氣標(biāo)準(zhǔn)配置工作的替代品。大約在這個時候，LED成為熒光顯微鏡的一個選擇。LED克服了很多
與弧光燈相關(guān)的問題，包括燈泡的重復(fù)更換和隨后的對準(zhǔn)，重啟時間，啟動后強度的波動以及隨時間的強度下降。
克服汞和氙系統(tǒng)失效的能力并非如此
最初由LED制造商實現(xiàn)。對于需要單色或雙色系統(tǒng)的研究人員而言，LED立即適用。然而，主流市場需要的是適合標(biāo)準(zhǔn)范圍的熒光團(tuán)（DAPI，F(xiàn)ITC，TRITC，Cy5）的光源，以及使用Cy5.5，Cy7，CFP，YFP等的靈活性。終端LED系統(tǒng)有四個“固定”通道，確實找到了自己的位置，但沒有達(dá)到預(yù)期的效果。
一般光源的作用由金屬鹵化物光源填充。鹵化物燈泡持續(xù)了2000小時，重要的是它們比四通道LED裝置提供更大的靈活性。鹵化物源也有一些缺點。燈泡在顯微鏡開啟的持續(xù)時間內(nèi)點亮，而LED僅在短暫的采集期間點亮。一些鹵化物光源的波動系數(shù)可以達(dá)到10%。 圖2a，2b。與汞或鹵化物光源相比，基于LED的光源的強度具有更好的壽命和強度穩(wěn)定性（a）。光譜范圍涵蓋大多數(shù)技術(shù)中使用的大多數(shù)熒光團(tuán)的峰值激發(fā)
鹵化物光源本質(zhì)上將UV和IR投射到光導(dǎo)上。由于UV和IR的降解，鹵化物系統(tǒng)中的光導(dǎo)管需要在一段時間后更換。但LED對光導(dǎo)的危害較小，消除了任何退化。
為了產(chǎn)生影響，LED制造商需要一種能夠在365到700納米及更長時間內(nèi)提供光譜照射的系統(tǒng)。通過組合多個波長生產(chǎn)有效的白光源，可直接替代用戶現(xiàn)有的顯微鏡系統(tǒng)和濾光片立方體。這些還提供了額外的優(yōu)勢
0到100％的強度調(diào)整，隨時間穩(wěn)定的強度（圖2a和2b），即時開/關(guān)和集成到軟件中的機(jī)會。
白光LED照明系統(tǒng)應(yīng)被視為金屬鹵化物和汞的經(jīng)濟(jì)有效替代品。
如上所述，主要制造商最初為更高級的例程構(gòu)建了四色LED光源，包括多色，延時成像。與傳統(tǒng)光源相比，它們具有許多優(yōu)點，例如強度穩(wěn)定性和速度。
在帶有內(nèi)部快門的標(biāo)準(zhǔn)延時顯微鏡系統(tǒng)中，快門將被打開，相機(jī)曝光被接合，然后每張照片的快門關(guān)閉。這仍然會使樣品暴露在來自弧光燈的光下，使相機(jī)獲取時間增加一倍，并可能導(dǎo)致光毒性和實驗失敗。
在實驗中，始終建議從樣本中的多個站點拍攝圖像。這確保了圖像作為整體代表樣本。在某些情況下，很難訪問統(tǒng)計所需的點數(shù)
實驗方案中循環(huán)時間內(nèi)的顯著性。即使在簡單的情況下，研究人員使用電動顯微鏡并自動更換旋轉(zhuǎn)木馬中的過濾器，顏色之間的切換時間可以在500到800毫秒之間，慢快門時間為200毫秒。為克服這一缺陷，一些顯微鏡制造商采用先進(jìn)的弧光照明系統(tǒng)
快速內(nèi)部快門（1 ms），以及相鄰位置之間50 ms延遲的快速濾光輪和衰減器。但是，連續(xù)激活這些組件仍會增加時間開銷并導(dǎo)致圖像捕獲速度變慢。為了加快成像速度，一些公司采用實時控制器來并行更換組件;這些系統(tǒng)增加的復(fù)雜性和成本使它們超出了標(biāo)準(zhǔn)研究實驗室的范圍。最初的四通道LED單元獲得了成功
發(fā)光二極管 平面是幾微米，使得這樣小的焦平面易受焦點漂移的影響，這通常是由熱膨脹和收縮引起的。
為了克服熱漂移的挑戰(zhàn)，有兩種常見的方法：基于軟件的算法和基于硬件的z校正。只要細(xì)胞被限制在相似的圖像平面，軟件程序就可以充分地保持焦點，但是可以被自由浮動的非粘附細(xì)胞混淆。在硬件漂移校正系統(tǒng)中，光沿物鏡向后反射到檢測器，實時監(jiān)測并傳遞到顯微鏡Z驅(qū)動器中。無論細(xì)胞環(huán)境如何，這都將保持所需的焦點位置，并且對于諸如粘著斑形成或新的超分辨率技術(shù)（即PALM，STORM和GSD）的許多研究項目而言是至關(guān)重要的。

使用LED照明的先進(jìn)技術(shù)
有一系列新興技術(shù)傳統(tǒng)上采用激光照射樣品，但現(xiàn)在轉(zhuǎn)向LED。一個例子是結(jié)構(gòu)照明顯微鏡（SIM），一種寬視場技術(shù)，可以將衍射極限以外的橫向分辨率提高一倍。這是通過將一系列圖案順序投影到樣品上并捕獲圖像，然后進(jìn)行后處理來實現(xiàn)的。用于產(chǎn)生圖案的快速LED顏色切換和DMD（可變形鏡裝置）意味著與傳統(tǒng)的結(jié)構(gòu)化圖案生成的機(jī)械方法相比可以實現(xiàn)高速。
直到最近，旋轉(zhuǎn)盤共焦顯微鏡系統(tǒng)的特點是激光器

  光遺傳學(xué)
在神經(jīng)科學(xué)中，長期以來一直希望選擇性地靶向一種細(xì)胞類型進(jìn)行研究而不影響樣品中的其他細(xì)胞（圖4）。部分地，這是在15年前通過使用Cre-Lox方法標(biāo)記細(xì)胞來實現(xiàn)的，所述細(xì)胞瞬時表達(dá)已知對該細(xì)胞類型具有選擇性的基因（圖5）。然而，即使可以標(biāo)記細(xì)胞類型，從單個細(xì)胞記錄的方法在技術(shù)上具有挑戰(zhàn)性或可能對組織有害，因此并不總是合適的。
隨著2005年光遺傳學(xué)的發(fā)展，克服了其中一些挑戰(zhàn)。光遺傳學(xué)將動作電位的光學(xué)調(diào)制與選擇性靶標(biāo)的遺傳方法結(jié)合起來。
在異質(zhì)群體中的單細(xì)胞類型，例如在腦組織中。它基于細(xì)菌視蛋白的修飾，細(xì)胞視蛋白是單個單元，光活化離子泵，其通過病毒載體選擇性地遞送到靶細(xì)胞中。根據(jù)所表達(dá)的離子通道，將聚焦光照射到細(xì)胞上將選擇性地激活或抑制。
直到過去幾年，激光仍然被認(rèn)為是光學(xué)刺激，因為它們的光譜線寬窄，組織中的分散度低于非相干光源。然而，LED的FWHM較窄，最近功率/光輸出增加（光纖末端100 mW / mm2，近似LED總功率的1％和LED的快速時間切換，“就光遺傳學(xué)應(yīng)用而言，LED在幾乎所有方面都超過了激光器，”OpenOptogenet-ics表示（http://openoptogenetics.org/). 隨著光遺傳學(xué)協(xié)議變得更加標(biāo)準(zhǔn)化，并且在新研究實驗室的能力范圍內(nèi)，LED光源也是如此對研究組來說越來越有吸引力的選擇。
LED始終具有需要一個或兩個波長的位置，其中不需要超過四種顏色的靈活性，或者速度是關(guān)鍵因素。然而，隨著最近推出全光譜照明裝置和更先進(jìn)的系統(tǒng)，具有多達(dá)16個波長和快速觸發(fā)，LED照明已成為新的標(biāo)準(zhǔn)。