研究背景

原發(fā)性干燥綜合征（pSS）是一種由于外分泌腺紊亂引起的自身免疫性疾病，最典型的臨床表現(xiàn)為口眼由于唾液腺和淚腺原因而導(dǎo)致的異常干燥。LncRNA是目前轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的熱點，但是，lncRNA是否與pSS的發(fā)病有關(guān)，目前還沒有相關(guān)報道，來自上海第九人民醫(yī)院的研究人員，通過唾液腺中l(wèi)ncRNA的表達(dá)模式研究，闡述了lncRNA在干燥綜合征中的作用。

研究結(jié)果

1. pSS特異性差異表達(dá)lncRNA篩選

為了篩選和pSS疾病相關(guān)的lncRNA，研究人員用4個病人的唾液腺樣本和正常配對樣本進(jìn)行l(wèi)ncRNA表達(dá)譜芯片篩選（SBC human lncRNA V5 array，伯豪提供），共篩選到1243個差異lncRNA和1457個差異mRNA。其中，有890個lncRNA和1141個mRNA表達(dá)上調(diào)，353個lncRNA和316個mRNA表達(dá)下調(diào)。因此，在pSS病人中，在轉(zhuǎn)錄組層面，確實有大量的lncRNA和mRNA表達(dá)異常。

為驗證芯片結(jié)果可靠性，研究人員對其中的9個lncRNA，在額外的30個pSS病人和16個正常人的唾液腺樣本進(jìn)行了qRT-PCR驗證。結(jié)果顯示，除了n341833外，其他lncRNA差異都與芯片結(jié)果吻合。該結(jié)果很好地證明了從芯片篩選到的差異lncRNA的可靠性。

2. 差異lncRNA與臨床指標(biāo)關(guān)聯(lián)分析

通過對上訴驗證出來的差異lncRNA與臨床指標(biāo)關(guān)聯(lián)分析，研究人員發(fā)現(xiàn)如微球蛋白，紅細(xì)胞沉降率，RF，IgA, IgM等指標(biāo)與相應(yīng)的lncRNA表達(dá)存在關(guān)聯(lián)。該結(jié)果表明，對于這些差異lncRNA，他們的表達(dá)可以作為潛在的臨床診斷指標(biāo)。

3. 差異mRNA功能預(yù)測

為理解pSS病人中差異表達(dá)mRNA的生物學(xué)功能，研究人員進(jìn)行了GO和pathway富集分析。結(jié)果顯示，上調(diào)的mRNA與質(zhì)膜，突觸免疫，MHC class II蛋白復(fù)合體相關(guān)，主要參與免疫反饋，炎癥反饋等生物學(xué)功能，涉及到的通路包括graft-versus-host disease, cytokine-cytokine receptor interactions，cell adhesion molecules等。該結(jié)果很好地說明了在pSS病人唾液腺中相關(guān)免疫炎癥相關(guān)的基因表達(dá)變化。

4. lncRNA與mRNA關(guān)聯(lián)分析

為了進(jìn)一步理解pSS中的差異表達(dá)lncRNA的生物學(xué)功能，研究人員把差異lncRNA和mRNA進(jìn)行共表達(dá)分析，共篩選到28個與8個lncRNA相關(guān)的mRNA。這些基因包括與chemokine signaling pathways, the nuclear factor-kappa B (NF-Κb) signaling pathway, TNF signaling pathway等相關(guān)的ICAM1，TLR9，TRAF1，CCL20和CD19等基因。該結(jié)果表明，在pSS病人中，這些lncRNA可能是通過影響這些免疫相關(guān)的生物學(xué)通路發(fā)揮作用。

研究結(jié)論

該研究首先通過病人與正常人唾液腺樣本，篩選了pSS疾病相關(guān)的差異lncRNA和mRNA。通過大量樣本驗證和臨床指標(biāo)關(guān)聯(lián)分析，將lncRNA與臨床診斷結(jié)合在了一起。運用共表達(dá)分析和功能預(yù)測，為pSS唾液腺中的差異lncRNA的生物學(xué)功能理解提供了依據(jù)。可以看到，在目前如火如荼的lncRNA研究時代，只要你能充分利用高通量篩選數(shù)據(jù)，4分左右的文章是能非常容易搞定的。

原文出處：
Shi H, Cao N, Pu Y, Xie L, Zheng L, Yu C. Long non-coding RNA expression profile in minor salivary gland of primary Sjögren's syndrome. Arthritis Res Ther.2016.