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miRNA的芯片及定量PCR數(shù)據(jù)應(yīng)用于診斷超急性期腦梗死的新穎標(biāo)志物循環(huán)血miR-16

瀏覽次數(shù):2802 發(fā)布日期:2016-12-13  來(lái)源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)
研究背景

全世界范圍內(nèi),卒中嚴(yán)重降低其患病者的生存質(zhì)量。而缺血性卒中占整個(gè)卒中的70-85%?焖僭\斷對(duì)超急性期腦梗死的臨床決策非常重要。人們逐漸把尋找生物標(biāo)志物的方向投向循環(huán)血的miRNA。但腦梗死病因復(fù)雜,分類(lèi)繁多,使尋找特異性和敏感性高的循環(huán)血miRNA標(biāo)志物困難重重。本研究使用miRNA的芯片及定量PCR數(shù)據(jù)來(lái)判定miRNA對(duì)超急性期腦梗死(HACI)的診斷價(jià)值,以TOAST及OCSP分型來(lái)探討血漿的miRNA與腦梗死分型的關(guān)系,以MRS評(píng)分來(lái)摸索血漿的miRNA與腦梗死預(yù)后的關(guān)系。

研究思路 

 

 
研究結(jié)果

1、 HACI與健康對(duì)照組(HVT)之間的芯片差異譜

以改變倍數(shù)大于2,p小于0.05的miRNA作為差異基因。11個(gè)miRNA是上調(diào)的 (miR-140,miR-106b,miR-130a,miR-16,miR-223,miR-93,miR-484,miR-25,miR-130b ,miR-107,andmiR-151),一個(gè)miRNA是下調(diào)的(miR-4454)。在芯片的聚類(lèi)熱圖中本研究選送的4個(gè)對(duì)照標(biāo)本自動(dòng)聚攏為一個(gè)組,說(shuō)明選送標(biāo)本代表性良好。該研究中Agilent Human miRNA (8_60K) V19.0 array服務(wù)由伯豪生物提供。


2、以定量PCR驗(yàn)證芯片差異表達(dá)譜

研究者從芯片差異表達(dá)譜的12個(gè)miRNA中挑選標(biāo)準(zhǔn)化信號(hào)值較高的7個(gè)進(jìn)行定量PCR驗(yàn)證。7個(gè)miRNA在定量PCR中的變化趨勢(shì)有6個(gè)與芯片變化趨勢(shì)相同,一個(gè)與芯片相反,說(shuō)明二者較好的一致性。比較7個(gè)miRNA的定量PCR結(jié)果僅miR-16有統(tǒng)計(jì)差異。

3、基于miR-16的預(yù)測(cè)靶基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析

差異最顯著的GO類(lèi)別(生物學(xué)進(jìn)程)主要包括細(xì)胞分化,細(xì)胞死亡,發(fā)育過(guò)程,凋亡,細(xì)胞增殖,細(xì)胞周期等。KEGG類(lèi)別包含的主要經(jīng)典信號(hào)通路有:p53,T細(xì)胞受體,ErbB,Toll-樣受體(TLR),NOD-樣受體,MAPK。

4、miR-16診斷HACI的靈敏度和特異度

本研究以ROC曲線來(lái)判斷miR-16診斷HACI整體 的準(zhǔn)確性。曲線下面積 (AUC)是0.775(95%CI 0.653±0.897,P=0.001)。當(dāng)miR-16的表達(dá)水平在最佳截?cái)帱c(diǎn)處(1.8333),其靈敏度和特異度分別是 69.7%和87%。以大動(dòng)脈粥樣硬化型(LAAS)腦梗死來(lái)繪制ROC曲線,AUC是0.952(95%CI 0.879±1.024),其靈敏度和特異度分別是 100%和91.3%。以完全前循環(huán)型腦梗死(TACI)來(lái)繪制ROC曲線,AUC是0.978(95%CI 0.925±1.031),其靈敏度和特異度分別是 100%和91.3%。以部分前循環(huán)型腦梗死(PACI)來(lái)繪制ROC曲線,AUC是0.795(95%CI 0.642±0.948),其靈敏度和特異度分別是 70.6%和87%。

5、血漿miR-16與HACI分型相關(guān)

本研究發(fā)現(xiàn) LAAS型腦梗死患者的血漿miR-16表達(dá)水平比對(duì)照組顯著增高,TACI型和PACI型腦梗死患者的血漿miR-16表達(dá)水平也比對(duì)照組顯著增高。其余TOAST分型和OCSP分型的腦梗死患者的血漿miR-16表達(dá)水平與對(duì)照組無(wú)明顯差別。

6、血漿miR-16與HACI預(yù)后相關(guān)

研究者按MRS評(píng)分將HACI患者分為預(yù)后良好組(mRS=0-2)和預(yù)后不佳組(mRS=3-6)。預(yù)后不佳組的血漿miR-16水平比預(yù)后良好組明顯增高。

 
小結(jié)
 

本研究第一次通過(guò)臨床證據(jù)證明循環(huán)血miR-16可以作為HACI的生物標(biāo)志物。血漿miR-16診斷HACI靈敏度、特異度高。生物信息學(xué)分析顯示miR-16調(diào)節(jié)的靶基因與HACI后的眾多生物學(xué)進(jìn)程和信號(hào)通路相關(guān)。血漿miR-16濃度與HACI的TOAST分型相關(guān),與OCSP分型相關(guān),且與其預(yù)后相關(guān)。本研究對(duì)血漿miR-16與HACI的關(guān)系提供了令人著迷的新觀點(diǎn),為HACI進(jìn)一步的機(jī)制研究提供了新的思路。

原文出處:Tian C, Li Z, Yang Z, Huang Q, Liu J, Hong B. Plasma MicroRNA-16 Is a Biomarker for Diagnosis, Stratification, and Prognosis of Hyperacute Cerebral Infarction. PLoS One. 2016;11(11):e0166688.

來(lái)源:上海伯豪生物技術(shù)有限公司
聯(lián)系電話:021-58955370
E-mail:market@shbio.com

標(biāo)簽: miRNA芯片
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