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應(yīng)用SNP芯片測基因組知起源地

瀏覽次數(shù):3342 發(fā)布日期:2009-2-4  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負

 

歐洲的歷史上充滿著戰(zhàn)爭、入侵和移民,這些因素似乎可以徹底地將不同人種混合在一起。然而,美國和荷蘭科學(xué)家獨立進行的兩項最新研究表明,一個歐洲人的基因組信息足以表明他的地理起源,歐洲人的基因地圖和地理地圖間存在著一種映射關(guān)系。相關(guān)論文分別發(fā)表在《自然》和《當代生物學(xué)》雜志上。
 
領(lǐng)導(dǎo)其中一項研究的是美國加州大學(xué)洛杉磯分校的人類群體遺傳學(xué)家John Novembre,他說,“這一結(jié)果說明地理位置確實有影響。”不論語言、移民和通婚,歐洲人的遺傳差異幾乎完全與出生地相關(guān)。不過,這并不意味著歐洲各個民族和國家間的遺傳差異性很大。領(lǐng)導(dǎo)另一項研究的荷蘭鹿特丹大學(xué)的Manfred Kayser表示,“歐洲的遺傳多樣性真的不多!
 
盡管是兩項獨立研究工作,但它們所用的方法基本相同,都是通過分析數(shù)千位歐洲人基因組中的微小差異——單核苷酸多態(tài)性(SNPs)。同時,這兩項研究中的一些DNA樣本也是相同的,它們由GlaxoSmithKline制藥公司搜集,用于調(diào)查與藥物副作用相關(guān)的基因。
 
對每份個體基因組而言,研究人員都破譯了數(shù)十萬個SNP。利用新一代基因芯片,可以一次測定基因組中的50萬個堿基組成。然而,為了對兩套基因組的差異進行全面的評估,他們利用一種數(shù)學(xué)手段,將數(shù)十萬計的SNP轉(zhuǎn)化成兩個坐標,每個人的基因組就用一個點來代表。兩個點間的距離越大,表明他們基因組的差異也越大。
 
當兩支研究小組在單一圖表上標出代表數(shù)千個個體基因組的點后,一張明顯的歐洲地圖出現(xiàn)了。西班牙和葡萄牙人的基因組“點”聚集在法國人的西南面,而代表意大利人基因組的“點”則在瑞士人的東南部尤為突出。
 
這張地圖的精確性令人驚訝。當Novembre小組將一張地理政治學(xué)地圖放在遺傳地圖上后,半數(shù)的基因組“點”落在研究對象自稱的出生地192公里的范圍內(nèi),而落在434公里范圍內(nèi)的達到了90%(父母來自不同國家的個體不包括在此分析內(nèi))。
 
兩組研究人員同時發(fā)現(xiàn),南部歐洲的遺傳多樣性比北歐、英國和愛爾蘭更為豐富。Kayser認為,這與3.5萬年前、2萬年前和1萬年前幾次較大規(guī)模的遷入歐洲事件十分吻合。每次都是南方的人群向北入侵。美國密歇根大學(xué)的遺傳學(xué)家Noah Rosenberg表示,“基因反映地理學(xué)的模式本質(zhì)上可以從人們緩慢移動和主要與近鄰聯(lián)姻上預(yù)期出來!
 
由于目前的基因芯片只探測常見基因變異可能發(fā)生的位點,因此,Novembre認為,隨著基因鑒定技術(shù)的不斷發(fā)展,將有像單個村莊中才有的基因變異被整合入芯片中,而科學(xué)家也有可能得到精確得多的歐洲人地理起源。


(《自然》(Nature),doi:10.1038/nature07331,John Novembre, Carlos D. Bustamante)
 
(《當代生物學(xué)》(Current Biology),Vol 18, 1241-1248, 26 August 2008,Oscar Lao, Manfred Kayser)

來源:上海伯豪生物技術(shù)有限公司
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