病理學(xué)檢查在臨床醫(yī)學(xué)中占據(jù)著舉足輕重的地位,是許多疾病診斷的核心依據(jù),被譽(yù)為診斷的金標(biāo)準(zhǔn)。傳統(tǒng)的病理學(xué)檢查流程存在明顯弊端,醫(yī)生的診斷過(guò)程具有較強(qiáng)的主觀性,其判斷結(jié)果易受個(gè)人訓(xùn)練水平、工作經(jīng)驗(yàn)以及現(xiàn)場(chǎng)狀態(tài)等多種因素影響。
隨著信息技術(shù)的飛速發(fā)展,數(shù)字病理系統(tǒng)應(yīng)運(yùn)而生,旨在克服傳統(tǒng)病理學(xué)檢查的局限性。該系統(tǒng)具備三項(xiàng)核心功能:病理樣本數(shù)字化、病變特征數(shù)字化和人工智能輔助診斷。
偏振成像作為光學(xué)成像領(lǐng)域的新興技術(shù),正迅速發(fā)展并展現(xiàn)出獨(dú)特優(yōu)勢(shì)。全偏振成像利用4個(gè)分量的全偏振光照明和檢測(cè),可獲得包含豐富信息的全偏振圖像,其繆勒矩陣能完備描述樣本偏振特征,涵蓋散射顆粒和間質(zhì)的多種光學(xué)參數(shù)及幾何特征信息,信息量遠(yuǎn)超普通非偏振圖像,且在單像素和圖像層次隱藏樣本特征,有助于提升對(duì)生物組織物理特征的表征和評(píng)估能力。此外,全偏振成像不依賴(lài)染色、無(wú)損傷,適用于各類(lèi)樣本,在數(shù)字病理技術(shù)中展現(xiàn)出獨(dú)特優(yōu)勢(shì)和應(yīng)用潛力。
清華大學(xué)深圳國(guó)際研究生院姚悅團(tuán)隊(duì)發(fā)表綜述文章,介紹了全偏振顯微成像技術(shù),并結(jié)合臨床應(yīng)用總結(jié)了現(xiàn)有偏振特征提取方法和最新進(jìn)展,包括基于監(jiān)督學(xué)習(xí)的偏振像素與圖像特征提取方法、基于無(wú)監(jiān)督學(xué)習(xí)的偏振像素聚類(lèi),以及偏振超像素和偏振特征模板擴(kuò)展標(biāo)注方法。
全偏振顯微成像技術(shù)
一、繆勒成像基礎(chǔ)知識(shí)
偏振是光的基本屬性之一。任意光的偏振態(tài)可用斯托克斯矢量表達(dá),其由總光強(qiáng)、水平和垂直線偏振分量強(qiáng)度差、方向線偏振分量強(qiáng)度差以及右旋和左旋圓偏分量強(qiáng)度差四個(gè)光強(qiáng)量組成。
在繆勒顯微成像中,常用斯托克斯矢量-繆勒矩陣表示法描述光的偏振態(tài)及其變化,其中斯托克斯矢量描述光的偏振態(tài),繆勒矩陣描述介質(zhì)的偏振光學(xué)特性,通過(guò)計(jì)算與樣本作用后的出射光偏振態(tài)。
二、繆勒顯微鏡多種繆勒顯微鏡已被研發(fā),如Oldenbourg引入電控液晶相位延遲器的裝置、Gribble使用雙光彈搭建的裝置、Arteaga設(shè)計(jì)的全偏振繆勒矩陣顯微成像裝置,本團(tuán)隊(duì)也基于國(guó)產(chǎn)商業(yè)顯微鏡發(fā)展了系列模塊化繆勒顯微鏡,包括透射正置、透射倒置和背反式,可用于不同類(lèi)型樣本。
基于雙旋轉(zhuǎn)波片的繆勒顯微鏡通過(guò)記錄30個(gè)偏振分量圖像計(jì)算繆勒矩陣陣元,基于雙線偏振相機(jī)的繆勒顯微鏡可實(shí)現(xiàn)全偏振態(tài)實(shí)時(shí)測(cè)量與快速成像,成像速度可達(dá)1frame/s且有望提升,針對(duì)標(biāo)準(zhǔn)樣本繆勒陣元誤差小,對(duì)病理切片樣本成像信噪比高。
三、偏振參數(shù)及其圖像部分偏振參數(shù)對(duì)樣本旋轉(zhuǎn)角不敏感,眾多偏振參數(shù)可形成偏振圖像,清晰凸顯微觀結(jié)構(gòu)空間分布特征。例如,退偏相關(guān)參數(shù)可凸顯乳腺癌組織細(xì)胞核結(jié)構(gòu),相位延遲相關(guān)參數(shù)可凸顯纖維結(jié)構(gòu)。偏振成像能獲取超分辨尺度結(jié)構(gòu)信息,對(duì)組織微觀結(jié)構(gòu)和生物動(dòng)態(tài)過(guò)程研究意義重大,且這些信息難用現(xiàn)有臨床病理成像方法獲取,偏振成像可用于生物組織特征表征和細(xì)分。
偏振特征提取方法
一、基于監(jiān)督學(xué)習(xí)的方法
全偏振顯微圖像含豐富病理組織微觀結(jié)構(gòu)信息,但從16維繆勒矩陣數(shù)據(jù)提取偏振特征并識(shí)別組織結(jié)構(gòu)特征是偏振技術(shù)應(yīng)用于病理診斷的關(guān)鍵挑戰(zhàn)。近年來(lái),許多課題組探索偏振數(shù)字病理在臨床診斷中的應(yīng)用,通過(guò)機(jī)器學(xué)習(xí)提取病變組織偏振特征,輔助醫(yī)生提升診斷和預(yù)后評(píng)估準(zhǔn)確率與效率。
該方法從像素或圖像角度出發(fā),利用多種監(jiān)督學(xué)習(xí)方法(如隨機(jī)森林、多層感知機(jī)、主成分分析、邏輯回歸、線性判別模型等)對(duì)醫(yī)生標(biāo)記病變區(qū)域內(nèi)偏振像素分類(lèi)或提取偏振圖像特征。例如,Luu等用機(jī)器學(xué)習(xí)分類(lèi)器對(duì)皮膚癌組織繆勒陣元像素分類(lèi),準(zhǔn)確率達(dá)93%;Ivanov等用主成分分析等對(duì)結(jié)腸組織偏振參數(shù)像素分類(lèi),準(zhǔn)確率97%;Dong等將繆勒陣元和偏振參數(shù)組合成偏振基底參數(shù),篩選出敏感偏振特征參數(shù),用于識(shí)別乳腺癌組織微觀結(jié)構(gòu),準(zhǔn)確率82%-91%,還提出雙模態(tài)模型用于宮頸癌前病變特征識(shí)別,準(zhǔn)確率達(dá)90%。
從偏振圖像角度,利用深度學(xué)習(xí)(如卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò))或圖像組學(xué)技術(shù)提取特征,如Roa等用卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)和K-nearest neighbor對(duì)偏振基底參數(shù)圖像分類(lèi),輔助宮頸研究;McKinley等結(jié)合卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)與機(jī)器學(xué)習(xí)算法提取特征,用于識(shí)別腦腫瘤組織白質(zhì)纖維束;Yao等用多種方法對(duì)子宮內(nèi)膜偏振參數(shù)圖像特征識(shí)別,卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)識(shí)別準(zhǔn)確率最高;Chen等研究融合網(wǎng)絡(luò)用于識(shí)別多種癌變數(shù)據(jù),準(zhǔn)確率較高,且偏振在小樣本量時(shí)有輔助診斷優(yōu)勢(shì)。然而,監(jiān)督學(xué)習(xí)需大量精確標(biāo)注樣本,獲取高質(zhì)量標(biāo)注數(shù)據(jù)耗時(shí)費(fèi)力,且標(biāo)注質(zhì)量受多種因素影響,限制了監(jiān)督學(xué)習(xí)方法的效果。
二、無(wú)監(jiān)督學(xué)習(xí)與偏振像素聚類(lèi)通過(guò)分析這些聚類(lèi)特征,可提升病變識(shí)別和分類(lèi)準(zhǔn)確度(如癌變組織中特定類(lèi)別密度大于正常組織,其面積占比可區(qū)分病變區(qū)域且與細(xì)胞分化程度相關(guān)),還可用于區(qū)分不同癌變亞類(lèi)。對(duì)細(xì)胞核偏振像素進(jìn)一步聚類(lèi)拆分,可發(fā)現(xiàn)病變細(xì)胞核與正常細(xì)胞核偏振特征不同,該方法有助于分離微觀結(jié)構(gòu)特征信息,為病變?cè)\斷提供依據(jù),展示了無(wú)監(jiān)督微觀結(jié)構(gòu)拆分方法的潛力。
三、偏振超像素和偏振特征模板以肺癌病變?yōu)槔,偏振超像素(cái)U(kuò)展標(biāo)注流程包括:選取繆勒?qǐng)D像區(qū)域,用Mini Batch KMeans聚類(lèi)計(jì)算形成超像素集合(含質(zhì)心位置、標(biāo)準(zhǔn)差和像素?cái)?shù)指標(biāo));醫(yī)生對(duì)區(qū)域內(nèi)待測(cè)結(jié)構(gòu)小區(qū)域初始標(biāo)注,計(jì)算超像素中像素對(duì)標(biāo)注區(qū)域貢獻(xiàn)率,以貢獻(xiàn)率為權(quán)重;對(duì)區(qū)域內(nèi)像素及其權(quán)重作散點(diǎn)圖,經(jīng)平滑和閾值分割凸顯區(qū)域,醫(yī)生篩選保留正確標(biāo)注;迭代上述過(guò)程擴(kuò)展標(biāo)注至整個(gè)區(qū)域;將已知標(biāo)注區(qū)域擴(kuò)展到新區(qū)域,重復(fù)迭代直至所有待測(cè)結(jié)構(gòu)正確標(biāo)注,進(jìn)而形成偏振特征模板,輔助醫(yī)生識(shí)別病變區(qū)域、分析特征和解釋機(jī)制,減少醫(yī)生標(biāo)注工作量,提高標(biāo)注質(zhì)量。
總結(jié)與展望
繆勒矩陣包含豐富的復(fù)雜生物樣本光學(xué)性質(zhì)和微觀結(jié)構(gòu)特征信息,如樣本中散射顆粒的濃度、大小、形狀、取向、排列、表面形貌、內(nèi)部結(jié)構(gòu)等。因此,繆勒?qǐng)D像可通過(guò)偏振特征提供超分辨層次豐富的微觀結(jié)構(gòu)信息,幫助我們區(qū)分不同類(lèi)型和不同狀態(tài)的細(xì)胞和組織。
繆勒成像具有無(wú)標(biāo)記、無(wú)損傷、跨尺度、多模態(tài)和定量測(cè)量的能力,在復(fù)雜生物和醫(yī)學(xué)樣本的靜態(tài)和動(dòng)態(tài)測(cè)量中已顯示出誘人的應(yīng)用前景。偏振圖像的每個(gè)像素都是繆勒矩陣,包含樣本的局域光學(xué)性質(zhì)和微觀結(jié)構(gòu)特征信息。定量提取像素偏振特征并據(jù)此表征樣本的物質(zhì)和結(jié)構(gòu)特征是偏振成像應(yīng)用的核心問(wèn)題。
相比基于染色圖像分析的數(shù)字病理,基于監(jiān)督學(xué)習(xí)的偏振數(shù)字病理能夠提供更加豐富的微觀結(jié)構(gòu)特征信息,已突顯出其臨床定量輔助診斷的優(yōu)勢(shì)和潛力。結(jié)合偏振成像所具有的無(wú)標(biāo)記、無(wú)損傷潛力,有望發(fā)展一種利用偏振特征拆分并定量表征生物樣本亞細(xì)胞層次光學(xué)性質(zhì)與微觀結(jié)構(gòu)特征的新型偏振空間組學(xué)技術(shù)。
聲明:本文僅用作學(xué)術(shù)目的。文章來(lái)源于:姚悅, 裴浩杰, 李浩, 萬(wàn)嘉晨, 陶麗麗, 馬輝. 基于全偏振顯微成像的數(shù)字病理技術(shù)[J]. 中國(guó)激光, 2024, 51(9): 0907008.