原位雜交核心技術(shù)要點剖析與多元應(yīng)用解析
瀏覽次數(shù):442 發(fā)布日期:2024-11-16
來源:威尼德生物科技
一、引言
原位雜交(In situ hybridization,ISH)是一種在細(xì)胞或組織水平上對特定核酸序列進(jìn)行定位和檢測的分子生物學(xué)技術(shù)。自其誕生以來,原位雜交技術(shù)在基因表達(dá)分析、染色體分析、病原體檢測等眾多領(lǐng)域發(fā)揮了不可替代的作用。對于博士階段的研究人員而言,深入理解原位雜交技術(shù)的核心要點和多元應(yīng)用,不僅有助于推動學(xué)術(shù)研究的進(jìn)展,還能為解決復(fù)雜的科學(xué)問題提供有力工具。隨著現(xiàn)代生命科學(xué)研究向著微觀和精準(zhǔn)化方向發(fā)展,原位雜交技術(shù)不斷革新和拓展,其在揭示基因功能、疾病診斷和發(fā)病機(jī)制研究等方面的潛力日益凸顯。
二、原位雜交技術(shù)原理
原位雜交技術(shù)基于核酸分子的堿基互補配對原則。標(biāo)記的核酸探針(可以是 DNA、RNA 或寡核苷酸)與組織或細(xì)胞內(nèi)待檢測的靶核酸(DNA 或 RNA)在原位進(jìn)行特異性雜交,形成雜交體。然后通過檢測標(biāo)記物來確定靶核酸的位置和表達(dá)水平。
(一)核酸探針
核酸探針是原位雜交技術(shù)的關(guān)鍵要素。根據(jù)其來源和性質(zhì)可分為多種類型,如基因組 DNA 探針、cDNA 探針、RNA 探針和寡核苷酸探針。
- 基因組 DNA 探針
通常是從基因組文庫中篩選出來的,包含了特定基因的全部或部分序列。其優(yōu)點是特異性高,但可能存在與非靶序列的交叉雜交。
- cDNA 探針
由反轉(zhuǎn)錄合成的互補 DNA 構(gòu)成,反映了基因的編碼序列,在檢測基因表達(dá)方面有較好的應(yīng)用,尤其是在 mRNA 水平的檢測。
- RNA 探針
也稱為核糖探針,具有較高的雜交效率和特異性。由于其是單鏈結(jié)構(gòu),與靶序列的雜交反應(yīng)更迅速和穩(wěn)定,但制備相對復(fù)雜,需要特殊的體外轉(zhuǎn)錄體系。
- 寡核苷酸探針
是人工合成的短鏈核酸,其長度一般在十幾到幾十個核苷酸。設(shè)計靈活,可以針對特定的基因序列進(jìn)行優(yōu)化,但特異性可能需要更精細(xì)的設(shè)計來保證。
(二)標(biāo)記物
標(biāo)記物用于對探針進(jìn)行標(biāo)記,以便于后續(xù)的檢測。常見的標(biāo)記物包括放射性同位素(如 ³²P、³H 等)和非放射性標(biāo)記物(如地高辛、生物素、熒光素等)。
- 放射性同位素標(biāo)記
具有高靈敏度的優(yōu)點,能檢測到低豐度的靶核酸。但存在放射性污染、半衰期限制以及操作復(fù)雜等缺點,在現(xiàn)代研究中的應(yīng)用逐漸減少。
- 非放射性標(biāo)記
地高辛標(biāo)記的探針通過與抗地高辛抗體結(jié)合,再利用顯色反應(yīng)或熒光檢測進(jìn)行可視化。生物素標(biāo)記的探針可與親和素或鏈霉親和素結(jié)合實現(xiàn)檢測。熒光素標(biāo)記則可直接通過熒光顯微鏡觀察,具有操作簡便、安全性高和多色檢測的優(yōu)勢。
三、原位雜交實驗步驟
(一)樣本制備
- 組織樣本
組織取材后需要進(jìn)行固定,常用的固定劑如甲醛等,其作用是保持組織的形態(tài)結(jié)構(gòu),同時防止核酸的降解。固定時間和溫度需要根據(jù)組織類型和大小進(jìn)行優(yōu)化。固定后的組織需要進(jìn)行脫水、石蠟包埋或冰凍處理。石蠟包埋組織適合長期保存和切片,但在處理過程中可能會對核酸有一定程度的損傷。冰凍組織則能更好地保持核酸的完整性,但保存條件要求較高。
- 細(xì)胞樣本
對于培養(yǎng)的細(xì)胞,可以直接在載玻片上進(jìn)行培養(yǎng),待細(xì)胞達(dá)到合適密度后進(jìn)行固定;蛘咄ㄟ^離心收集細(xì)胞,涂片后固定。細(xì)胞固定的方法與組織類似,但需要注意避免細(xì)胞在操作過程中的丟失和損傷。
(二)探針制備與標(biāo)記
- 探針合成
根據(jù)需要選擇合適類型的探針,如合成寡核苷酸探針可通過化學(xué)合成方法,按照設(shè)計好的序列進(jìn)行合成。對于 cDNA 探針和 RNA 探針則需要通過克隆、反轉(zhuǎn)錄或體外轉(zhuǎn)錄等方法來獲得。
- 標(biāo)記方法
如果使用放射性同位素標(biāo)記,如 ³²P 標(biāo)記的核苷酸可通過酶促反應(yīng)(如切口平移法、隨機(jī)引物法等)摻入到探針中。非放射性標(biāo)記可通過化學(xué)修飾的方法將標(biāo)記物連接到探針上,例如地高辛標(biāo)記的 dUTP 通過酶促反應(yīng)摻入到新合成的探針鏈中。
(三)雜交反應(yīng)
- 預(yù)處理
在雜交之前,需要對樣本進(jìn)行預(yù)處理,以增加探針的可及性。對于石蠟切片,需要進(jìn)行脫蠟、水化處理,然后用蛋白酶 K 消化,使靶核酸暴露。對于細(xì)胞涂片或冰凍切片,也需要進(jìn)行適當(dāng)?shù)耐ㄍ柑幚怼?/li>
- 雜交條件
雜交液的組成包括鹽離子濃度、緩沖液、甲酰胺等成分,其比例需要根據(jù)探針和靶序列的性質(zhì)進(jìn)行調(diào)整。雜交溫度通常在低于探針 - 靶序列解鏈溫度(Tm)20 - 30℃左右。雜交時間根據(jù)探針濃度和樣本類型而定,一般需要數(shù)小時至過夜。
(四)洗片
雜交后需要進(jìn)行洗片,以去除未雜交的探針。洗片的條件包括溫度、鹽濃度和洗滌時間等。一般采用逐漸降低鹽濃度的洗滌液進(jìn)行多次洗滌,以保證特異性雜交的探針保留,而非特異性結(jié)合的探針被去除。
(五)檢測與結(jié)果分析
- 放射性標(biāo)記探針的檢測
對于放射性標(biāo)記的探針,可通過放射自顯影的方法進(jìn)行檢測。將雜交后的樣本與 X - 光膠片緊密接觸,經(jīng)過一定時間的曝光后,顯影、定影,觀察膠片上的黑色斑點,其位置和強(qiáng)度反映了靶核酸的位置和表達(dá)水平。
- 非放射性標(biāo)記探針的檢測
地高辛標(biāo)記的探針可通過與抗地高辛抗體 - 酶(如堿性磷酸酶或辣根過氧化物酶)結(jié)合物反應(yīng),然后加入相應(yīng)的顯色底物,產(chǎn)生顏色反應(yīng)進(jìn)行觀察。生物素標(biāo)記的探針通過與親和素或鏈霉親和素 - 酶結(jié)合物反應(yīng)后顯色。熒光素標(biāo)記的探針可直接在熒光顯微鏡下觀察熒光信號,通過熒光強(qiáng)度和分布來分析靶核酸的情況。同時,利用共聚焦顯微鏡等先進(jìn)設(shè)備還可以進(jìn)行三維成像和更精確的定量分析。
四、原位雜交技術(shù)的影響因素
(一)探針質(zhì)量
探針的特異性、長度和純度對雜交結(jié)果有重要影響。特異性差的探針可能導(dǎo)致非靶序列的雜交,產(chǎn)生假陽性結(jié)果。探針長度不合適可能影響雜交效率,過長可能增加非特異性結(jié)合,過短則可能降低雜交穩(wěn)定性。
(二)樣本質(zhì)量
樣本固定不當(dāng)會導(dǎo)致核酸損傷或丟失,影響雜交效果。組織或細(xì)胞的取材過程如果操作不規(guī)范,也可能引入雜質(zhì)或損傷細(xì)胞結(jié)構(gòu),從而干擾雜交信號的準(zhǔn)確性。
(三)雜交條件
雜交溫度、時間和雜交液成分是關(guān)鍵因素。溫度過高或過低都會影響雜交效率和特異性。雜交時間不足可能導(dǎo)致雜交不完全,而時間過長可能增加非特異性結(jié)合。雜交液中鹽離子濃度、甲酰胺含量等的變化也會改變雜交的嚴(yán)格程度。
(四)洗片條件
洗片不充分會導(dǎo)致背景過高,而過度洗滌可能會洗去特異性雜交的探針,因此需要精確控制洗片的溫度、鹽濃度和時間等參數(shù)。
五、原位雜交技術(shù)的多元應(yīng)用
(一)基因表達(dá)分析
在發(fā)育生物學(xué)研究中,原位雜交可用于檢測特定基因在胚胎不同發(fā)育階段的表達(dá)模式,從而揭示基因在發(fā)育過程中的時空表達(dá)規(guī)律。在腫瘤研究中,可以檢測腫瘤相關(guān)基因在腫瘤組織和正常組織中的表達(dá)差異,為腫瘤的診斷和發(fā)病機(jī)制研究提供依據(jù)。
(二)染色體分析
原位雜交可用于染色體的基因定位、染色體數(shù)目和結(jié)構(gòu)異常的檢測。例如,熒光原位雜交(FISH)技術(shù)可以快速準(zhǔn)確地檢測染色體易位、缺失、重復(fù)等異常,在產(chǎn)前診斷和血液系統(tǒng)疾病診斷中具有重要價值。
(三)病原體檢測
在醫(yī)學(xué)診斷中,原位雜交可用于檢測病原體的核酸,如病毒(如人乳頭瘤病毒、巨細(xì)胞病毒等)、細(xì)菌(如結(jié)核桿菌等)和寄生蟲(如瘧原蟲等)在感染組織或細(xì)胞中的存在情況,為疾病的早期診斷和治療提供支持。
(四)神經(jīng)科學(xué)研究
在神經(jīng)科學(xué)領(lǐng)域,原位雜交可用于檢測神經(jīng)遞質(zhì)相關(guān)基因在神經(jīng)元中的表達(dá),研究神經(jīng)系統(tǒng)的發(fā)育、功能和神經(jīng)退行性疾病的發(fā)病機(jī)制。
六、結(jié)論
原位雜交技術(shù)作為一種強(qiáng)大的分子生物學(xué)技術(shù),其核心要點涵蓋了從探針設(shè)計與制備、樣本處理、雜交反應(yīng)到檢測分析等多個環(huán)節(jié)。通過深入理解和掌握這些要點,并合理優(yōu)化實驗條件,可以獲得準(zhǔn)確可靠的實驗結(jié)果。原位雜交技術(shù)在基因表達(dá)、染色體分析、病原體檢測和神經(jīng)科學(xué)等多個領(lǐng)域的廣泛應(yīng)用,為生命科學(xué)研究和醫(yī)學(xué)診斷提供了重要手段。隨著技術(shù)的不斷發(fā)展,原位雜交技術(shù)有望在更多領(lǐng)域發(fā)揮更大的作用,為解決復(fù)雜的科學(xué)問題和人類健康問題提供新的思路和方法。博士階段的研究人員應(yīng)充分利用這一技術(shù),推動自身研究的深入開展,為學(xué)科發(fā)展做出貢獻(xiàn)。在未來的研究中,還需要進(jìn)一步探索原位雜交技術(shù)與其他技術(shù)的結(jié)合,提高其檢測的靈敏度、特異性和通量,以滿足日益增長的科研和臨床需求。