前言
PCR擴增不出來條帶的原因有很多,諸如引物設(shè)計有誤,DNA模板已降解,酶失活或者有雜酶污染,緩沖液條件不當,模板DNA的GC含量太高等等。大部分原因可以通過換試劑得到解決,但是對于高GC含量的樣本,擴增起來始終是有難度。
模板GC含量高就難以擴增的原因在于G、C之間形成三對氫鍵,解鏈所需能量較高,故模板較難打開,在常規(guī)變性溫度下,DNA模板變性不完全,同時由于單鏈的G+C豐富區(qū)易于自身互補配對形成穩(wěn)定的發(fā)夾環(huán)二級結(jié)構(gòu),而使PCR引物難以結(jié)合到模板上。
目前,研究學(xué)者建立了各種不同的方法來解決高GC含量DNA模板擴增困難的問題。常用的方法包括:
1、添加增強劑,如甘油、DMSO等,有助于打開復(fù)雜二級結(jié)構(gòu);
2、提高變性溫度,比如96度5分鐘然后再加熱啟動酶;
3、降落PCR,在PCR循環(huán)過程中逐步降低退火溫度,從而在初始階段提高退火溫度, 減少非特異性結(jié)合,提高特異性擴增;
4、提高PCR擴增儀的瞬時功率,利用更大的能量打開DNA的二級結(jié)構(gòu),從而提高PCR反應(yīng)的效率。
PCR技術(shù)不斷發(fā)展, 高功率PCR擴增儀已作為一項新型技術(shù),逐漸被應(yīng)用于解決GC含量高的DNA模板擴增難題。這種儀器通過提供更強的熱循環(huán)能力,能夠有效地打開DNA的二級結(jié)構(gòu),特別適合于高GC含量的樣本擴增。
艾普拜生物重磅推出精衛(wèi)自動PCR儀, 瞬時功率可達750W, 不僅提高了復(fù)雜樣本擴增實驗的成功率,還大大縮短了實驗時間,為研究人員提供了強而有力的科研工具。
精衛(wèi)自動PCR儀的優(yōu)勢:
1、更高效的熱循環(huán): 高功率可以減少達到變性溫度所需的時間,使模板能夠充分變性,為后續(xù)的引物結(jié)合和延伸步驟創(chuàng)造良好條件。
2、均勻的熱傳遞: 高功率 PCR 儀能夠提供更均勻的加熱,避免部分模板無法完全變性或引物結(jié)合不充分導(dǎo)致擴增不成功,提高反應(yīng)的穩(wěn)定性和重復(fù)性。
3、適應(yīng)高難度的PCR反應(yīng): 在一些特殊的 PCR 應(yīng)用中,如長片段DNA 、高 GC 含量的樣本擴增、復(fù)雜二級結(jié)構(gòu)等。
4、減少溫度波動: 對于高 GC 含量的模板,溫度的微小波動可能會影響 DNA 雙鏈的穩(wěn)定性和引物的結(jié)合效率,高功率 PCR 儀可以更好地維持溫度的穩(wěn)定性,保證高 GC 片段的順利擴增。
應(yīng)用案例:
儀器:Kingwell 96,高GC含量,反應(yīng)體系:10ul