1.打開電腦，輸入用戶名：waters密碼: administrator 進入電腦系統(tǒng)桌面；
2.打開液相各個模塊的電源（沒有順序）；
3.打開氮氣發(fā)生器的電源（或液氮瓶的開關(guān)），確證壓力指示在100 psi或0.7 MPa；打開氬氣減壓閥確證壓力指示在7 psi或0.05 MPa（如果是HDMS， 還需要打開氦氣減壓閥確證壓力指示在7 psi）；
4.打開質(zhì)譜電源開關(guān)（在質(zhì)譜背面板右側(cè)位置有四個黑色的可以上下搬動的開關(guān)，按照從下向上的順序依次將這四個開關(guān)搬到向上的位置，質(zhì)譜 電源就打開了）；
5.等待5分鐘（或是進入桌面的hyperterminal文件夾，雙擊其中的的hypertrm 圖標(biāo)，在name處輸入epc并點擊OK，接著在彈出的窗口中在Connect using 中選擇com1并點擊OK，在彈出的窗口中將Bits per second設(shè)為9600并點 擊OK，在彈出的窗口中直至出現(xiàn)Done executing startup script 'script.txt' 的信息，表明質(zhì)譜啟動完畢）；
6.雙擊桌面上的Masslynx V4.1 圖標(biāo)，打開Masslynx 軟件，等待在Masslynx 的主窗口狀態(tài)欄中部偏右的位置出現(xiàn)“Not Scanning”的信息；
7.打開MS Console窗口，左邊欄依次選中/Synapt G2 QTOF/Intellistart，在右 側(cè)窗口中點擊operate快捷圖標(biāo)；
注意：在點擊operate 圖標(biāo)后應(yīng)該能聽到外置真空泵發(fā)出很大的噪音，隨后聲音逐漸變��；
8.打開MS tune 窗口，單擊氬氣的控制開關(guān)，使氬氣關(guān)閉。然后等待直至 右下角紅色的方塊變?yōu)榫G色，表明儀器可以工作了； 注意：通常這個過程需要7-8個小時，長時間不用則需要兩天左右。也可以從MS tune/view/vacuum中觀察真空度得變化，當(dāng)TOF位置的真空度小1.2×10-6時，右下角紅色方塊會變成綠色；
9.開機結(jié)束。
二、每天開始試驗流程
1.打開MS tune窗口，點擊右下角operate 圖標(biāo)，右側(cè)方塊變綠色后儀器可以 使用；
2.在Inlet Method窗口中編輯液相方法并保存；
3.在Inlet Method窗口中，使用Start up System功能平衡液相系統(tǒng)；
4.在MS tune窗口中設(shè)置質(zhì)譜的參數(shù)，主要是MS tune/ESI 界面中各種電壓，氣體和溫度；
5.在MS Console\Synapt G2\Intellistart窗口中完成：Create calibration和Lockspray Setup兩項內(nèi)容，結(jié)果均應(yīng)為Pass；
注意：
(1)Create Calibration，溫度恒定的前提下一個星期做一次，若溫度波動 大，則測試樣品前做一次；
(2)Lock Spray Source Setup，2-3天校一次；
(3)Detector Setup第一年一個月做一次，2500-4000V，以保證靈敏度，若 3-4個月未做，儀器會自動提醒并強制進行Detector Setup；
(4)Detector Setup的Positive與Negative都是單獨做，不能同時做。
6.在MS method窗口中編輯質(zhì)譜方法，確保調(diào)用最新的Lockspray方法和 Enable MS event；
7.在Masslynx的主界面上編輯進樣序列，確保Sample name，MS method，Inlet method，Bottle position and Injection volume 都選擇相應(yīng)的參數(shù)；
8.點擊進樣按鈕開始進樣。
三、重啟儀器過程
1.關(guān)閉所有的軟件，并重啟電腦，直至顯示windows桌面；
2.在質(zhì)譜背面板右側(cè)位置有一個銀色的可以上下搬動的按鈕，將其搬至向 下的位置（向上的位置為Auto，向下的位置為Pump Override，在搬動過 程中，需要將按鈕向外稍微用力才可以上下搬動）；
3.從上向下依次關(guān)閉質(zhì)譜背面板右側(cè)除了Vacuum位置的其它三個黑色的 開關(guān)；
4.等待15分鐘；
5.從下向上依次將質(zhì)譜背面板右側(cè)除了Vacuum 位置的其它三個黑色的開 關(guān)搬到向上的位置；
6.等待5分鐘（或是進入桌面的hyperterminal 文件夾，雙擊其中的的hypertrm 圖標(biāo)，在name處輸入epc并點擊OK，接著在彈出的窗口中在Connect using 中選擇com1并點擊OK，在彈出的窗口中將Bits per second設(shè)為9600并點 擊OK，在彈出的窗口中直至出現(xiàn)Done executing startup script 'script.txt' 的信息，表明質(zhì)譜啟動完畢）；
7.雙擊桌面上的Masslynx V4.1 圖標(biāo)，打開Masslynx 軟件，等待在Masslynx 的主窗口狀態(tài)欄中部偏右的位置出現(xiàn)“Not Scanning”的信息；
8.打開MS tune 窗口，單擊氬氣的控制開關(guān)，使氬氣關(guān)閉�？吹組S tune左 下角出現(xiàn)“Pump Override Activated”信息后，找到質(zhì)譜背面板右側(cè)位置 的一個銀色的可以上下搬動的按鈕，將其搬至向上的位置。這時“Pump Override Activated”信息將會消失；
9.點擊MS tune窗口右下角的operate按鈕，看到右下角紅色方塊變成綠色后 完成；
10. 重啟完畢。
四、關(guān)機過程
1.打開MS tune窗口，點擊Vacuum/Vent，在彈出的對話框中選擇Yes；
2.等待約5 分鐘（在這個過程中應(yīng)該能聽到分子泵降速的聲音，也可以觀察MStune\View\Vacuum, 六個Turbo speed 會逐漸下降，直至六個分子泵 的轉(zhuǎn)速均降至5以下，表明真空已經(jīng)關(guān)閉）；
3.關(guān)閉所有軟件和電腦；注意關(guān)閉軟件順序：先關(guān)閉子程序，最后關(guān)主軟件程序；
4.關(guān)閉液相所有模塊的電源；
5.關(guān)閉質(zhì)譜的電源（在質(zhì)譜背面板右側(cè)位置有四個黑色的可以上下搬動的 開關(guān)，按照從上向下的順序依次將這四個開關(guān)搬到向下的位置）；
6.關(guān)閉氮氣發(fā)生器的電源或是液氮罐的開關(guān)；
7.關(guān)閉氬氣減壓閥（如果是HDMS 還需要關(guān)閉氦氣減壓閥）；
8.關(guān)機結(jié)束。
五、日常維護及注意事項
1.流動相流動相：
(1)水相：2-3天換一次；
(2)有機相：一般不用換；
2.更換緩沖液后，需要重新校準(zhǔn)體積；
3.更換進樣針后，需要重新校準(zhǔn)針體積、針坐標(biāo)并清洗泵頭；
4.樣品盤更換：更換后一定要用軟件設(shè)定好并傳送至儀器硬件，以免進樣出錯：48孔2mL盤，藍色；96孔2mL盤，白色；
5.液相方法相關(guān)快捷鍵：方法編輯完畢并保存后，需要點擊快捷欄最后一個“Load”，將方法的初始條件傳送至液相，以便后續(xù)運行進樣程序；
6.注意監(jiān)察使用不同流動相（有機相及是否加緩沖液等）柱壓的正常范圍，以 便今后判斷問題之所在；
7.更換新柱子：斷開所有（任何檢測器）；用純甲醇或純乙腈沖柱子1小時以上（試劑流向Waste）；
8.編輯液相方法：未知樣品可以先跑一個大梯度：90%水至100%乙腈，然后再調(diào)整；
9. Standby：
(1)3-4天不用：Source Standby；
(2)一星期不用：Instrument Standby；
10.MS Tune在3-4天不用或一星期不用時，將Source溫度降至60℃或80℃；
11.清洗離子源：
(1)先降溫，再清洗；
(2)若不是很臟，則50%甲醇+50%水清洗；
(3)若很臟，清洗試劑依次為：
45%甲醇+45%水+10%甲酸；100%水；100%甲醇；d. N2吹干；
12.樣品制備：
(1)用流動相溶樣；
(2)用0.22μm樣品過濾膜過濾；
(3)放入Waters UPLC適用的樣品瓶；
13.色譜柱保存：
(1)在室溫條件下，如果超過四天不使用反相ACQUITY UPLC色譜柱 及ACQUITY UPLC BEH Amide色譜柱，請將柱子保存在100%乙腈 中；
(2)對于高溫條件下的應(yīng)用，在工作結(jié)束后即快速將色譜柱保存在100%乙腈 中以延長色譜柱的使用壽命；
(3)不要將色譜柱保存在緩沖鹽流動相條件下；
(4)如果流動相中含有緩沖鹽，先用10倍柱體積的液相色譜級水（大比例）沖洗色譜柱，之后用100%乙腈替換保存。如果沒有進行這一中間步驟直接換成100%乙 腈將會導(dǎo)致緩沖鹽析出；
14.在使用時應(yīng)當(dāng)嚴(yán)格按要求操作，注意保養(yǎng)維護，每次使用、維護完畢后，應(yīng) 當(dāng)詳細填寫使用記錄。