用其他技術從克雷伯桿菌I-714中分離內毒素和外毒素比用兩相清除法更為困難。Adam等采用三硝基甲苯X-114進行兩相分離前后內毒素濃度相差100倍，最終的內毒素量為30EU/mg，脂多糖的生物活性丟失50%。Cotton等的結果與此相似，大約100倍的內毒素從質粒DNA中被清除，最終的內毒素含量是0.1EU/6ug DNA。此外，他們采用多黏菌素B作為吸附劑取得更好的效果。Liu等也使用三硝基甲苯X-114雙相抽提法（圖35-1）和親和吸附劑對重組蛋白質如心肌鈣蛋白Ⅰ肌紅蛋白和肌酸激酶同工酶的去內毒素污染進行了驗證。他們得出結論，相分離是最有效的方法，可以清除內毒素達98%~99%，最終的殘留量為2.5～25EU/mg不等，具體因蛋白質的不同而異。
 

由于總有一定量的去污劑殘留在蛋白質溶液中，這就需要用吸附活凝膠滲透層析法將其去除，而這又造成了10%～20%的產物丟失，且由于總要重復多次而費時費力。溫度的波動使得一次進行大規(guī)模的操作有困難，而且這樣又限制了那些生物多聚體分割成水相，特別是對于疏水的蛋白質和DNA來說。