另外，雖然有幾種吸附步驟的混合使用，但在最終產(chǎn)物中仍有相當(dāng)量的內(nèi)毒素未能被清除。雖然在通過陽離子交換和肝素吸附劑等無菌層析后，蛋白質(zhì)的純化度可達(dá)到99%以上，但是最終產(chǎn)物中的內(nèi)毒素含量仍有14EU/ml。再如，在純化的鼠IgG1預(yù)備物（PI=5.5）中微生物污染是很少的，經(jīng)過立即無菌過濾后，內(nèi)毒素和 IgG1分別為100EU/ml和3EU/ml。此時再用其他方法（包括離子交換、疏水相互作用和蛋白質(zhì)A親和層析）再處理此IgG1溶液并未能進(jìn)一步去除所含的內(nèi)毒素。同樣，當(dāng)多黏菌素B或組胺酸用作層析柱時，在大劑量的樣品情況下，不能有效地將內(nèi)毒素減少到一個理想的限度以下。而在處理少量的樣品時則可以一定程度地減少內(nèi)毒素，但問題是會丟失相對大量的產(chǎn)物。

蛋白質(zhì)和內(nèi)毒素分子的特性對于蛋白質(zhì)和內(nèi)毒素的進(jìn)一步減少有獨特的影響。如針對堿性纖維母細(xì)胞生長因子（bFGF）的內(nèi)毒素選擇性吸附劑是以聚乙胺葡聚糖為基礎(chǔ)的，能成功地在負(fù)性層析模型中進(jìn)行。當(dāng)內(nèi)毒素被吸附的同時，bFGF的殘留可以避免。對IgG1來說，只有特殊的內(nèi)毒素選擇性吸附劑是成功的。

在制藥工業(yè)上有一些可選擇的方法可以得到低內(nèi)毒素含量的產(chǎn)物，這些方法之間的差異表現(xiàn)在內(nèi)毒素清除時魚和熊掌不能兼得的問題。因為藥用性蛋白質(zhì)的酸堿性不同，在制造過程中需要的合適環(huán)境也不同，所以不能采用完全相同的方法來去除其中的內(nèi)毒素。例如，離子交換層析對尿激酶或bFGF等堿性蛋白質(zhì)的去污染有用，而對酸性蛋白質(zhì)則因為吸附因素的作用將會同時伴有產(chǎn)物的丟失。小分子蛋白質(zhì)如肌球蛋白（相對分子質(zhì)量為18000）可用于超濾法去除大的內(nèi)毒素聚合物，而對大分子蛋白質(zhì)如免疫球蛋白（相對分子質(zhì)量為150000）來說，超濾則不起作用。此外，如果內(nèi)毒素和蛋白質(zhì)的相互作用使內(nèi)毒素單體通過細(xì)胞膜滲透到蛋白質(zhì)中，則此時超濾也是無效的。

由于產(chǎn)物多種多樣，人們期望用一個統(tǒng)一適用的內(nèi)毒素清除方法是不切實際的。另一方面，由于所采用技術(shù)的不同也說明，在純化步驟的改進(jìn)時，內(nèi)毒素分子的特殊性質(zhì)并不總是被完全考慮到的。