此外，補體在免疫防御機制中也起著重要作用，如在腹膜炎時，腹膜通過激活細胞和體液免疫防御機制局部防御細菌入侵，而補體激活途徑的終產(chǎn)物C5b~9以及趨化因子C3a、C5a和C5～7在這種防御機制中起關鍵作用，它可通過TCC溶破靶細胞從而將入侵的細菌清除。同時，入侵細菌含有的內(nèi)毒素激發(fā)免疫防御機制可促使巨噬細胞產(chǎn)生細胞因子和促使補體激活，結果促使粒細胞從血管間隙移至腹膜腔，從而參與腹膜腔局部的殺菌作用。

許多關于內(nèi)毒素血癥，敗血癥休克以及其他疾病與補體激活關系的研究中均提示內(nèi)毒素可引起補體激活，釋放過敏毒素和末端C5b～9補體復合物。敗血癥休克和死于循環(huán)衰竭的患者入院時雖已有明顯的補體激活，但如果通過測定各種補體成分來預測是否發(fā)展為ARDS或MOF則是不可能的。

臨床實驗提示，補體激活及其激活產(chǎn)物如C5a在敗血癥相關的臟器衰竭和死亡中起重要作用。但目前尚缺乏靈長目動物的實驗，因此不能完全證明補體系統(tǒng)在敗血癥相關臟器衰竭中的最重要地位。因關于補體的作用目前尚無最后的結論，故在敗血癥休克患者中，目前亦無針對補體激活的特殊治療。所以，目前在內(nèi)毒素休克中最重要的治療是去除能激活補體的感染原，如應用足夠的抗生素治療及膿腫外科引流治療﹐從而減少補體的激活，使循環(huán)中的過敏毒素和末端C5b~9補體復合物水平下降。皮質(zhì)激素治療并不能改善預后。

目前動物實驗已發(fā)現(xiàn)抗C5a抗體可抑制中性粒細胞趨化因子，保護E.coli引起的動物ARDS和敗血癥休克。體外實驗顯示，抗B因子單克隆抗體可阻斷補體激活，從而保護內(nèi)毒素休克。但這些作用尚需進一步研究。