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外泌體多組學(xué)-EV生物標(biāo)志物在乳腺癌診斷和預(yù)后中的最新進(jìn)展

瀏覽次數(shù):788 發(fā)布日期:2023-2-21  來(lái)源:中科新生命

目前由于乳腺癌(BC)診斷臨床工具的單一化,不同體液的液體活檢已成為一種微創(chuàng)診斷策略,它可為早期診斷、積極監(jiān)測(cè)進(jìn)展和預(yù)后復(fù)發(fā)提供腫瘤標(biāo)記物的實(shí)時(shí)數(shù)據(jù)。細(xì)胞外囊泡(EV)是直徑為50–1000 nm的納米級(jí)膜結(jié)構(gòu),由細(xì)胞釋放到生物液體中。EVs含有蛋白質(zhì)、核酸和脂質(zhì),它們通過細(xì)胞間通訊在腫瘤發(fā)生和轉(zhuǎn)移中發(fā)揮關(guān)鍵作用。使用基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)和高通量測(cè)序技術(shù),研究小EV(sEV)的蛋白質(zhì)和miRNA是新的BC生物標(biāo)志物的潛在來(lái)源。本文闡述了sEV分離和表征的新技術(shù),總結(jié)了用于BC診斷、預(yù)后的sEV蛋白和miRNA生物標(biāo)志物,討論了當(dāng)前sEV生物標(biāo)志物研究的局限性以及未來(lái)的應(yīng)用前景。

 

重要結(jié)果
 

1. 在BC液體活檢中sEV作為生物標(biāo)志物來(lái)源的優(yōu)勢(shì)

目前,用于腫瘤診斷和預(yù)后最常見方式是組織活檢。然而,組織活檢很難獲得樣本,并且來(lái)自活檢樣本的腫瘤分子和遺傳信息多為早期檢測(cè),篩查和監(jiān)測(cè)存在局限性。為了克服傳統(tǒng)生物標(biāo)志物鑒定和驗(yàn)證手段的技術(shù)挑戰(zhàn),提出了基于體液活檢的分析,其重點(diǎn)是利用循環(huán)腫瘤細(xì)胞(CTCs),循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA),各類體液(包括血液,尿液和唾液)中的細(xì)胞外囊泡(EVs)作為腫瘤診斷和預(yù)后生物標(biāo)志物的來(lái)源。與組織活檢相比,體液活檢能夠追蹤異質(zhì)性,實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)腫瘤轉(zhuǎn)移和進(jìn)展,減少疼痛和副作用,并且獲得樣本的過程更快,更容易。

而在BC體液活檢領(lǐng)域中,許多研究人員已將重點(diǎn)轉(zhuǎn)向sEV,因?yàn)樗鼈冊(cè)谏矬w液中相對(duì)更豐富,細(xì)胞中的生物含量豐富,且形態(tài)穩(wěn)定。對(duì)于臨床應(yīng)用,第一個(gè)基于sEV的商業(yè)試驗(yàn)ExoDx™ 前列腺(IntelliScore)于2017年推出,由FDA批準(zhǔn),該測(cè)試能夠?qū)⑶傲邢侔┌Y患者的組織活檢采集量減少27%。這表明,來(lái)自體液活檢的sEV為生物標(biāo)志物的開發(fā)開辟了一條新的途徑,可以影響包括BC在內(nèi)的各種癌癥的診斷、預(yù)測(cè)和治療。
 

圖1 液體活檢在乳腺癌診斷中的應(yīng)用


2. sEV分離和表征

理想的sEV富集方法簡(jiǎn)單、高通量、快速、成本低、純度高。然而,由于生物樣本的復(fù)雜性和EV的異質(zhì)性,目前的分離方法都不符合這些標(biāo)準(zhǔn)?朔@些障礙的一種可能是結(jié)合兩種或多種分離技術(shù)。例如,據(jù)報(bào)道,與單獨(dú)使用體積排除色譜法(SEC)或超速離心(UC)相比,在BC細(xì)胞系中使用聚乙二醇(PEG)沉淀結(jié)合SEC,可在更短的時(shí)間內(nèi)富集20至200倍高濃度的sEV蛋白。此外,在BC患者的血清中進(jìn)行半個(gè)周期的UC后結(jié)合ExoQuick或Total Exosome Isolation試劑盒,可顯著提高產(chǎn)量,減少耗時(shí)?傊,繼續(xù)開發(fā)聯(lián)合分離技術(shù)可能是選擇和分離sEV的可行選擇,這有助于下游分析和臨床應(yīng)用。

從乳腺癌癥(BC)血樣和細(xì)胞系中分離出的sEV可以通過大小、形態(tài)、濃度和sEV標(biāo)記物來(lái)表征。sEV尺寸和濃度可以通過納米粒子跟蹤分析(NTA)和單粒子干涉反射成像傳感器(SP-IRIS)進(jìn)行分析。電子顯微鏡(EM)可以根據(jù)大小和形態(tài)對(duì)sEV進(jìn)行分類。納米流式細(xì)胞術(shù)(nFCM)、高靈敏度流式細(xì)胞儀(HSFCM)、高分辨率流式細(xì)胞(hFCM)和熒光活化囊泡分選(FAVS)可以使用各種sEV標(biāo)記物對(duì)sEV進(jìn)行亞群分類。sEV蛋白可以通過基于質(zhì)譜的分析(包括無(wú)標(biāo)記和基于標(biāo)記的定量)來(lái)分析。為了驗(yàn)證sEV蛋白和肽段標(biāo)記物,可以使用多重反應(yīng)監(jiān)測(cè)(MRM)、平行反應(yīng)監(jiān)測(cè)(PRM)、蛋白質(zhì)印跡(WB)和酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)(ELISA)。
 

圖2 小細(xì)胞外囊泡(sEV)檢測(cè)和表征

 

3. 在BC診斷、預(yù)后和化療耐藥中sEV蛋白生物標(biāo)志物的作用

從BC患者的細(xì)胞上清液和血液樣本中收集sEV。分離的sEV通過蛋白質(zhì)組學(xué)方法(如液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜(LC–MS/MS)和反相蛋白質(zhì)微陣列(RPPA))進(jìn)行分析,并通過sEV蛋白質(zhì)檢測(cè)方法(包括酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)(ELISA)和蛋白質(zhì)印跡(WB))進(jìn)行驗(yàn)證。鑒定了BC sEV樣品中的各種上調(diào)或下調(diào)蛋白,可用于BC診斷、預(yù)后和預(yù)測(cè)BC化療耐藥性。


圖3 sEV蛋白生物標(biāo)志物

 

4. 在BC診斷、預(yù)后和化療耐藥中sEV miRNA生物標(biāo)志物的作用

miRNA是長(zhǎng)度約為19-25個(gè)核苷酸的短單鏈非編碼RNA分子,可以通過直接與靶mRNA的3'非翻譯區(qū)結(jié)合來(lái)抑制基因功能。使用高通量測(cè)序(NGS)分析研究發(fā)現(xiàn),miRNA是sEV中最顯著的RNA種類,并鑒定出593種獨(dú)特的miRNA。在血液中,將miRNA封裝在sEV中可以提供穩(wěn)定的環(huán)境,促進(jìn)細(xì)胞間的遠(yuǎn)距離通信。因此,攜帶釋放到血液中的miRNA的腫瘤衍生sEV可能是疾病診斷、預(yù)后和治療管理的寶貴生物標(biāo)志物資源。

收集BC血漿和細(xì)胞上清液樣本,通過逆轉(zhuǎn)錄酶定量聚合酶鏈反應(yīng)(RT-qPCR)、高通量測(cè)序(NGS)和微陣列分析分析分離的含有miRNA的sEV。BC樣本獨(dú)特的sEV miRNA表達(dá)譜對(duì)BC的診斷、預(yù)后和預(yù)測(cè)化療耐藥具有價(jià)值。
 

圖4 sEV miRNA生物標(biāo)志物


結(jié)論

為了提高BC的診斷和預(yù)后,研究人員越來(lái)越關(guān)注體液活檢,因?yàn)槠淝忠u性有限,適合于腫瘤監(jiān)測(cè)。根據(jù)文章描述的證據(jù),監(jiān)測(cè)sEV衍生蛋白和miRNA的變化對(duì)于BC生物標(biāo)志物翻譯具有巨大的潛力和前景。

來(lái)源:上海中科新生命生物科技有限公司
聯(lián)系電話:021-54665263
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