在發(fā)酵過程中，由于發(fā)酵液有大量的蛋白質(zhì)，在通氣攪拌等條件下會產(chǎn)生泡沫，這是普遍存在的現(xiàn)象。
但如果泡沫增多，直到擴散到整個罐體，將會造成發(fā)酵液溢出發(fā)酵罐，從而增加染菌可能性。因此實驗室發(fā)酵罐中的消泡系統(tǒng)也是確保發(fā)酵正常進行的重要環(huán)節(jié)，是很有必要的一部分。

首先在前期就要確保罐內(nèi)的液體量不超過發(fā)酵罐內(nèi)部空間的四分之三，剩余空間一方面是給發(fā)酵通氣后上升液面有所余地，另一方面也是為了給消泡留有緩沖的時間。實驗室發(fā)酵罐通常采取機械消泡和消泡劑這兩種方法進行消泡。

一般的靶式消泡器，裝在發(fā)酵液面稍上的位置，跟隨攪拌軸轉(zhuǎn)動時，耙齒會將泡沫打碎。

但是這種方式消泡效果也很有限，只對發(fā)酵開始產(chǎn)生的大泡有作用，對于流狀泡沫更是不起作用，所以主要是輔助消泡劑搭配使用。

發(fā)酵罐罐蓋上通常會有一組消泡電極和接地柱形成的線路，當(dāng)泡沫上升至消泡電極位置時，消泡電極之間會形成電信號，發(fā)出預(yù)警開關(guān)信號系統(tǒng)，代表罐內(nèi)泡沫升高，需投放消泡劑。
當(dāng)預(yù)警信號維持若干秒時（此時間被稱為靈敏度），在確認(rèn)泡沫的持續(xù)存在之后，控制器會發(fā)出控制開關(guān)信號，運行消泡泵，從而投放消泡劑來解決問題。

以霍爾斯（HOLVES）實驗發(fā)酵罐為例，高敏感消泡電極在檢測到泡沫后，則會通過FOAM泵投放消泡劑，為了防止消泡劑投放過量，HF-Control系統(tǒng)會間歇投放，即投放一段時間，再停頓一段時間。

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