“深度血液”輔助血液生物標(biāo)志物開發(fā)
瀏覽次數(shù):893 發(fā)布日期:2022-11-8
來源:中科新生命
什么是生物標(biāo)志物
血液是臨床最普遍的樣本類型,血液生物標(biāo)記物被用于對患者進(jìn)行分類和支持治療決策。然而,現(xiàn)有的生物標(biāo)記物遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠全面,往往缺乏特異性,新的生物標(biāo)記物的開發(fā)速度非常緩慢;谫|(zhì)譜(MS)的蛋白質(zhì)組學(xué)已經(jīng)成為生物研究中的一項(xiàng)強(qiáng)大技術(shù),它現(xiàn)在可以對血漿蛋白質(zhì)組進(jìn)行深度檢測。
生物標(biāo)志物的篩選方法
傳統(tǒng)的“三角法”通過在小隊(duì)列中發(fā)現(xiàn)候選生物標(biāo)志物,然后在更大的驗(yàn)證隊(duì)列中進(jìn)行下一步的驗(yàn)證和確證。此外,
Matthias Mann等研究者還提出了一種“
矩陣法”,基于大隊(duì)列蛋白質(zhì)組篩選和驗(yàn)證同時(shí)分析,避免了傳統(tǒng)法樣本個(gè)體差異的缺陷,省時(shí)省力且更科學(xué)地解決問題。
DOI: 10.15252/msb.20156297
血液生物標(biāo)志篩選難點(diǎn)
血液由于其蛋白分布動(dòng)態(tài)范圍廣(跨越12個(gè)數(shù)量級)、蛋白含量分布不均勻(高豐度占比>90%),且質(zhì)譜的靈敏度有限的原因(目前不做處理的質(zhì)譜檢測范圍仍然高及中豐度蛋白為主),因此血液蛋白組學(xué),尤其是發(fā)揮功能性作用的低豐度蛋白的檢測存在著極大的挑戰(zhàn)。
DOI: 10.15252/msb.20156297
“深度血液”數(shù)據(jù)分享
1、超高鑒定深度
中科新生命新推出的深度血液4D-DIA蛋白組采用最新的
富集方法+DIA全息掃描+ Spectronaut 16權(quán)威分析軟件,實(shí)現(xiàn)了血液中低豐度蛋白的超高深度鑒定。實(shí)測項(xiàng)目,鑒定蛋白數(shù)超
3000+,中低豐度蛋白覆蓋率約占
95%~。
此外,“深度血液”與其他傳統(tǒng)血液蛋白組學(xué)的方法比較分析,也顯示出了其高深度的特色。如下圖所示,“深度血液”的鑒定深度遠(yuǎn)高于傳統(tǒng)血液蛋白組學(xué)——“去高豐度+DIA”和“去高豐度+TMT”,并且隊(duì)列樣本(n=40)覆蓋人類血漿蛋白質(zhì)庫中高達(dá)
72%的蛋白。
https://www.proteinatlas.org/humanproteome/blood+protein
2.兼具超高穩(wěn)定性、重復(fù)性與可靠性
“深度血液”采用DIA全息掃描模式,具有超高的穩(wěn)定性和重復(fù)性。中科新生命的實(shí)測數(shù)據(jù)顯示,三次技術(shù)的定性重復(fù)性達(dá)
90%,定量相關(guān)性達(dá)
0.9,在色譜穩(wěn)定性的評價(jià)中,多維度質(zhì)控均達(dá)到了高標(biāo)準(zhǔn)的水平,進(jìn)一步證實(shí)了結(jié)果的穩(wěn)定性和可靠性。
定性重復(fù)性達(dá) 90% 定量相關(guān)性達(dá) 0.9
3. 項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)豐富,高分文獻(xiàn)發(fā)表10篇有余
中科新生命至今已經(jīng)完成了
10000+樣本的質(zhì)譜檢測,且樣本類型涉及血液、動(dòng)植物組織、外泌體等多種類型,項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)豐富。近年來,中科新生命助力發(fā)表的DIA文獻(xiàn)已達(dá)
10篇有余,部分DIA客戶文獻(xiàn)請見下表。
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