Q1：如何規(guī)劃我的第一個(gè)單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)？

在早期規(guī)劃階段，您要考慮的因素很多，但樣本制備是一個(gè)重要的起點(diǎn)。您需要考慮的因素之一是處理的樣本類型。是組織、細(xì)胞懸液，還是全血？是否需要解離、富集或純化步驟？此外，您還要考慮每個(gè)實(shí)驗(yàn)條件所需的樣本數(shù)量，以及是否需要生物學(xué)重復(fù)�？s小到單個(gè)樣本，您應(yīng)當(dāng)考慮每個(gè)樣本需要多少個(gè)細(xì)胞才能獲得所需的結(jié)果，這也將為后續(xù)的樣本富集、純化和質(zhì)控方法提供信息。

圖1 單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)流程

Q2：單細(xì)胞測(cè)序是否需要生物學(xué)重復(fù)？

由于存在遺傳和環(huán)境因素的影響，個(gè)體間會(huì)存在差異，因此實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)需要引入生物學(xué)重復(fù)消除該差異。近年來，單細(xì)胞測(cè)序文章對(duì)生物學(xué)重復(fù)的要求也越來越高，例如人的樣本，其異質(zhì)性很高，建議每組盡量保證5個(gè)樣本的生物學(xué)重復(fù)。而動(dòng)物模型的樣本也盡量保證每組3個(gè)生物學(xué)重復(fù)。
 

Q3：每個(gè)樣本需要多少個(gè)細(xì)胞？

目前，對(duì)單細(xì)胞懸液需要先進(jìn)行質(zhì)檢和計(jì)數(shù)，一般要求細(xì)胞數(shù)目≥5萬，細(xì)胞存活率≥ 80%，將檢測(cè)合格的細(xì)胞經(jīng)洗滌、重懸制備成合適的細(xì)胞濃度 700~1200 cells/ul，以備進(jìn)行 10x Genomics Chromium™ X系統(tǒng)上機(jī)操作。

中科搭載10×Genomics最新的單細(xì)胞儀器平臺(tái)Chromium X有16個(gè)通道，每個(gè)通道最多可以捕獲2萬個(gè)單細(xì)胞。通常每個(gè)樣本捕獲6K-1w的細(xì)胞數(shù)目就可以基本滿足實(shí)驗(yàn)分析需求。是否需要更大的細(xì)胞量，還是需要根據(jù)老師實(shí)驗(yàn)?zāi)康膩頉Q定。

圖2 Chromium X芯片及細(xì)胞捕獲示意圖
 

Q4：單細(xì)胞測(cè)序?yàn)楹我�選擇10×Genomics？

在目前群雄逐鹿的單細(xì)胞市場(chǎng)中，為什么我們要選擇10×Genomic，原因如下：

A：10×Genomics單細(xì)胞技術(shù)助力科學(xué)家發(fā)表的文章數(shù)量遙遙領(lǐng)先。這也反映出廣大科研工作者對(duì)于10X平臺(tái)的認(rèn)可度遠(yuǎn)高于其他單細(xì)胞平臺(tái)以及10X單細(xì)胞結(jié)果的穩(wěn)定性、可靠性以及客觀性。

圖3 10×Genomics文章數(shù)量
 

B：更加全面的應(yīng)用，滿足科研工作者單細(xì)胞多組學(xué)的需求。從單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合空間組學(xué)，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合代謝組學(xué)以及單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合蛋白組學(xué)等多維度多角度闡述表型發(fā)生過程中的細(xì)胞和分子調(diào)控機(jī)制。
 

圖4 10×Genomics多組學(xué)產(chǎn)品圖
 

C：更高的通量，更低的成本�？v觀單細(xì)胞測(cè)序文章，測(cè)得的細(xì)胞量越來越多，10×推出的Chromium X可實(shí)現(xiàn)一次上機(jī)拿到上百萬個(gè)單細(xì)胞；而Fixed RNA試劑盒，可以將單細(xì)胞樣本進(jìn)行固定，通過多批次混樣，降低單個(gè)樣本的成本。

圖5 10×Genomics優(yōu)勢(shì)圖
 

Q5：樣本類型不適合運(yùn)輸怎么辦？

中科的單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)可以為老師提供上門消化上機(jī)服務(wù)。無論時(shí)間，無論地點(diǎn)，僅需老師與我們提前預(yù)約，并確定老師能提供實(shí)驗(yàn)所需儀器后，即可上門完成樣本的消化和上機(jī)實(shí)驗(yàn)。