深度空間代謝組學(xué)常見Q&A（五）---離子峰數(shù)

瀏覽次數(shù)：769　發(fā)布日期：2022-7-28　來源：中科新生命

各位看官大家好！新一期空間代謝組Q&A又來了！在上一期中，我們介紹了空間代謝組學(xué)中的分辨率（點擊閱讀）。這一期，我們將為大家介紹說明空間代謝組學(xué)中的離子峰數(shù)量問題。

1.空間代謝組和傳統(tǒng)LC-MS代謝組的離子峰數(shù)有什么差別？

一般情況下提到的空間代謝組學(xué)離子峰數(shù)，是分析整張切片過程中所有被檢測到的離子峰數(shù)量�？臻g代謝組圖像中的每個像素點由質(zhì)譜成像系統(tǒng)獨立檢測產(chǎn)生，所以每個像素點都會有自己的代謝組信息，選擇不同的區(qū)域（像素集）會對應(yīng)不同的離子峰數(shù)量。而傳統(tǒng)的LC-MS代謝組，一個樣本上機檢測到離子峰數(shù)量是固定的，兩者所有區(qū)別。

2.輸出的離子峰數(shù)量是否是越多越好？

不是，盡管檢測到的離子峰數(shù)量是評價空間代謝結(jié)果的重要指標(biāo)，但空間代謝組學(xué)檢測中很大一部分離子峰源自噪音和離子碎片，該類峰沒有實際意義，屬于無效峰，所以單純計算總離子峰數(shù)量沒意義，屬于冗余信息需要過濾處理。

圖無效離子峰對應(yīng)分子成像圖

3.如何過濾掉無效峰？

深度空間代謝組學(xué)基于質(zhì)譜成像數(shù)據(jù)主流分析軟件Metaboscape^TM對數(shù)據(jù)集進(jìn)行了過濾。其主要處理判斷原則是代謝物在組織和細(xì)胞中會存在豐度差異，但分布應(yīng)該具有普遍性。所以判斷一個離子峰是否有效，可以考慮其在整個區(qū)域中的分布、信號強度等信息，并建立閾值進(jìn)行篩選。經(jīng)過數(shù)據(jù)過濾處理，我們得以確保交付項目結(jié)果中均是有效離子峰的成像圖，從而避免老師們在數(shù)據(jù)分析時產(chǎn)生誤導(dǎo)。

圖某實測項目在不同閾值下離子峰數(shù)展示

4.深度空間代謝組過濾之后的離子峰數(shù)量是否符合分析要求？

目前深度空間代謝在過濾掉大量低質(zhì)量無效峰后，仍然表現(xiàn)了出優(yōu)異的通量。根據(jù)組織類型不同，過濾后的離子峰數(shù)最高近3000個，平均約1800個，是您值得信賴的空間代謝組學(xué)分析產(chǎn)品。

小結(jié)：空間代謝組學(xué)的數(shù)據(jù)是一種高維數(shù)據(jù)集，由大量空間坐標(biāo)和代謝組數(shù)據(jù)構(gòu)成，相當(dāng)于數(shù)萬個樣本進(jìn)行代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析，不可避免會產(chǎn)生冗余離子峰信息，所以評價和使用數(shù)據(jù)前，不僅要評價離子峰的數(shù)量，同時更要考慮離子峰質(zhì)量。

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