前言
MIQE是描述評(píng)估qPCR實(shí)驗(yàn)所需的最小信息,該指南是稿件投稿時(shí)需要同時(shí)提交的一個(gè)清單。通過作者提供相關(guān)的實(shí)驗(yàn)條件和實(shí)驗(yàn)特點(diǎn),審稿人可以評(píng)價(jià)實(shí)驗(yàn)所用方法的可靠性。另外提供詳細(xì)的實(shí)驗(yàn)所用試劑、序列和分析方法,其他研究人員可以利用這些信息進(jìn)行重復(fù)實(shí)驗(yàn)。
對(duì)于核酸提取MIQE有明確要求兩點(diǎn)——實(shí)驗(yàn)組與對(duì)照組的定義及每一組的樣本數(shù)量。
無論采用手工法還是試劑盒,只要符合MIQE的要求并實(shí)現(xiàn)良好的可操作性和重現(xiàn)性,就是合理客觀的技術(shù)方法。MIQE在該部分操作中的要求又分為兩大塊——樣本描述和核酸提取方法。
樣本描述
▶ 樣本采集和處理的方法描述
▶ 樣本的來源描述(宏觀解剖還是激光顯微切割)
▶ 樣本是如何即時(shí)處理(保存條件及時(shí)間)
▶ 冷凍樣本的冷凍方法和時(shí)間
核酸提取
采取的提取方法:
1)手工法:小批量經(jīng)濟(jì)型
2)自動(dòng)化儀器:大批量高效型
按獲取的物質(zhì)可分為DNA和RNA:
◆ DNA:適合拷貝數(shù)變異、SNP分析等實(shí)驗(yàn)
◆ RNA:適合基因表達(dá)、長非編碼RNA等實(shí)驗(yàn)
圖源:網(wǎng)絡(luò),侵刪
按提取方法分為化學(xué)法和機(jī)械破碎法:
◆ 化學(xué)法:適合采用堿裂解法的樣本,質(zhì)粒提取、菌類的提取
◆ 機(jī)械破碎法:比較堅(jiān)硬有一定韌性的物質(zhì),動(dòng)植物組織
更推薦使用合適的商品化的核酸提取試劑盒,流程標(biāo)準(zhǔn)化程度更高,質(zhì)量更容易得到保證,這樣在方法描述時(shí)可以更簡單一些,直接引用試劑盒的生產(chǎn)廠家、貨號(hào)和名稱即可。
DNA酶或RNA酶的處理細(xì)節(jié):
基因表達(dá)實(shí)驗(yàn)中,RNA模板如果存在DNA污染,會(huì)嚴(yán)重干擾最后的結(jié)果。因此提取RNA時(shí)要加入DNA酶將DNA消化掉,工作濃度、處理溫度和時(shí)間要加以說明,同時(shí)也要加入RNase抑制劑提供保護(hù)。使用柱純化試劑盒提取RNA時(shí)也可以在柱上進(jìn)行DNA消化。同樣的,提取DNA時(shí)也要將RNA消化掉,盡管殘留RNA對(duì)DNA為模板的qPCR實(shí)驗(yàn)影響小得多。
Cielo™實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng)
☑ 數(shù)據(jù)可靠性:連續(xù)1000次實(shí)驗(yàn)后,結(jié)果高度一致。
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