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組學大牛Matthias Mann利用DIA蛋白組發(fā)現急性髓系白血病治療新靶標

瀏覽次數:1257 發(fā)布日期:2022-4-29  來源:中科新生命

染色體易位(8;21)是急性髓系白血病(AML)中最常見的遺傳病變之一,重排后 AML1的DNA結合結構域與轉錄抑制因子ETO融合,導致AML1-ETO(AE)融合轉錄因子的表達。AE抑制正常AML1功能的轉錄活性,阻斷其分化并促進了自我更新。常規(guī)化療是AE陽性AML主要治療方式,但常規(guī)化療不能治愈,且大量患者容易復發(fā)。迄今為止,尚未找到針對白血病融合蛋白AML1-ETO藥物靶點。

2022年2月德國格拉夫瓦爾德大學的Florian H. Heidel和和馬克斯·普朗克生物化學研究所Matthias Mann等團隊合作在Blood(IF 22.1)雜志上發(fā)表題為“PLCG1 is required for AML1-ETO leukemia stem cell self-renewal”的研究成果,利用DIA蛋白組學轉錄組學發(fā)現由致癌融合蛋白AE驅動AML中磷脂酶C(PLC)信號通路發(fā)生變化,PLC家族中的PLC-gamma-1(PLCG1)鑒定為AE融合蛋白的特定靶標,確定PLCG1途徑是AML1-ETO 白血病的重要治療靶點。



研究材料
小鼠造血干細胞和祖細胞、AE陽性/陰性白血病患者CD34+細胞、AE-陽性SKNO1細胞、AE-陽性 Kasumi-1細胞

技術路線
· 步驟1:DIA蛋白組學分析小鼠AML1-ETO(AE)與MLL-AF9(MA9)誘導的AML白血病干細胞,確定差異蛋白;
· 步驟2:AE陽性/陰性白血病患者CD34+細胞蛋白組學驗證差異蛋白變化情況;
· 步驟3:檢測AML-1及轉錄因子與差異蛋白啟動子區(qū)域的結合;
· 步驟4:檢測差異蛋白對細胞功能的影響。

研究結果
1. 磷脂酶C信號在AML1-ETO LSCs中富集
首先,研究人員用表達AE或MLL-AF9的原代小鼠白血病干細胞進行了DIA蛋白質組學分析,共定量到3000多個蛋白,差異蛋白868個,功能分析發(fā)現磷脂酶C(PLC)通路和鈣依賴性細胞信號通路顯著上調。這一結果在原發(fā)性患者CD34+樣本的蛋白組學分析中得到進一步證實。與文獻已報道數據進行整合分析,發(fā)現在PLC家族中,只有PLCG1表達量在AE-AML中顯著升高,而且PLCG1在復發(fā)患者中表達量也是顯著升高。


圖1 PLC和Ca2+信號在AML1-ETO轉化的LSCs中富集

2. PLCG1是AML1-ETO的靶點
為了闡明AE-AML中PLCG1的高表達是否由AML1-ETO誘導,研究人員分析了AE-陽性SKNO1細胞、非AE細胞系(K562)和正常人CD34+細胞的AML1-染色質免疫共沉淀數據,發(fā)現只在AE-陽性SKNO1細胞的PLCG1啟動子區(qū)域檢測到與AML1特異性結合。AML1-ETO與不同的轉錄因子協(xié)同維持白血病細胞中PLGC1的高水平表達。研究人員進一步用多西環(huán)素(Dox)誘導的AML1-ETO人胚胎干細胞分化模型進行研究,發(fā)現PLCG1的表達與Dox同步且呈現Dox劑量依賴性。


圖2  PLCG1是AML1-ETO的靶點

3. AML1-ETO與非編碼元件的結合對PLCG1的表達至關重要
Chi-C實驗確定了幾個與PLCG1啟動子區(qū)域結合的基因組區(qū)域,為更一步驗證這些區(qū)域在AML1-ETO中的作用,研究人員采用CRISPR/Cas9技術,在AE-陽性 Kasumi-1和 SKNO-1細胞中,敲除PLCG1啟動子-128kb區(qū)域的與AE結合的500bp基因片段,發(fā)現PLCG1的mRNA表達量下降。進一步添加抑制劑阻止RNA聚合酶II招募于增強子區(qū)域,也發(fā)現PLCG1的表達量顯著降低。最后,研究人員采用CRISPR/ cas9敲除白血病活性所必須的轉錄因子,發(fā)現轉錄因子JUN、FOS和CREB的缺失將導致PLCG1 mRNA和蛋白表達量顯著降低,ChIP-seq實驗進一步發(fā)現AML1-ETO的缺失導致JUN與PLCG1啟動子的結合減少。以上結果說明,AML1-ETO與信號響應因子AP-1和CREB是AE細胞中PLCG1高表達所必須的。


圖3 AML1-ETO結合非編碼元件影響PLCG1的表達

4. AML1-ETO誘導的細胞功能依賴于PLCG1
為評估PLCG1的功能重要性,研究人員在skno1細胞、Kasumi-1細胞中分別采用CRISPR/ cas9技術對PLCG1基因敲除或用RNAi對PLCG1基因敲低,發(fā)現細胞增殖能力下降,且PLCG1的基因失活導致誘導分化的骨髓標記物如CD13和CD14的表達增加。研究人員進一步對PLCG1缺失Kasumi-1細胞進行轉錄組分析,發(fā)現與骨髓分化相關的基因上調,與增殖、干細胞干性和c-Myc靶標相關的基因下調,此外,被AML1-ETO抑制的基因在PLCG1敲低后顯著上調。這些結果表明,PLCG1缺失逆轉了人類AML細胞中AML1-ETO融合引發(fā)的基因表達變化。


圖4  AML1-ETO誘導的細胞功能依賴于PLCG1

5. AML1-ETO轉化細胞依賴于PLCG1
為了解PLCG1在AE白血病干細胞(AE-LSCs)中的作用,研究人員選用與臨床相關且侵襲表型更強的AML1-ETO9a (AE)和突變RAS (KRASG12D;K)(表示為AE/K)小鼠,建立了條件敲除小鼠模型。逆轉錄病毒表達導致Plcg1基因缺失,AE/K-LSCs (GFP+ LSK)細胞數目減少,并且AE誘導的體外無限增殖能力喪失。AE/K-LSCs中PLCG1的基因缺失也會損害次級受體宿主的白血病發(fā)展,然而在MLL-AF9 (MA9)轉化的白血病干細胞中PLCG1的基因缺失對干細胞數目和再次接種能力無影響。以上結果說明,AML1-ETO轉化的白血病干細胞生長依賴于PLCG1。




圖5  AML1-ETO轉化的造血干細胞依賴于PLCG1

6. PLCG1是維持AML1-ETO白血病干細胞所必需的
為了在體內證實以上推測,研究人員將亞致死劑量的AE/ k轉化的Plcg1F/F Mx-Cre+和Plcg1+/+ Mx-Cre+白血病干細胞注射到受體宿主中,并在移植后的連續(xù)時間點監(jiān)測,發(fā)現在注射pIpC誘導crec之前,兩組白血病干細胞具有相似定植能力。注射pIpC后,每個受體小鼠的AE/K Plcg1+/+細胞總數增加,直到發(fā)生明顯致命的白血病。Plcg1缺失導致受體宿主白血病發(fā)育喪失,白血病干細胞在外周血中數目下降,白血病干細胞出現分化誘導,細胞周期喪失,而對正常的造血干細胞無影響。連續(xù)注射5-氟尿嘧啶恢復造血功能,進一步證實只有AE驅動的AML白血病干細胞依賴于PLCG1維持自我更新能力。


圖6  PLCG1維持白血病干細胞的功能

7. Ca2+信號的藥理學干擾抑制AML1-ETO白血病干細胞的功能
到目前為止,還沒有針對PLCG1的特異性抑制劑。為了評估AE轉化細胞中依賴PLCG1的相關細胞功能,研究人員進行了深入的蛋白質組學分析,發(fā)現PLCG1缺失后412個蛋白顯著下調。GSEA分析發(fā)現PLCG1缺失后,下游Ca2+-信號通路變化極明顯。研究人員添加鈣調神經磷酸酶抑制劑環(huán)孢素A(CsA)后,發(fā)現AE陽性細胞增殖能力顯著降低,AE陽性白血病小鼠體內白血病癥狀減輕,導致二次受體宿主的疾病發(fā)病延遲,生存期延長,同時對AE陰性的MA9白血病小鼠無影響。此外CsA處理后,白血病干細胞數目減少,原代AE陽性AML細胞集落減少,而在正常造血干細胞中無影響。說明,靶向Ca2+-信號的藥物CsA,可以干擾AE驅動的白血病干細胞,進而影響AE-AML的發(fā)展與維持。


圖7  Ca2+-信號轉導影響AML1-ETO白血病干細胞的體內外功能
 
小編小結
本研究通過蛋白組學技術深入解析AML1-ETO型白血病的發(fā)病機理,發(fā)現PLCG1蛋白表達顯著變化。后續(xù)研究中發(fā)現在小鼠和人AML中PLCG1的基因失活抑制了AML1-ETO依賴的自我更新程序、白血病增殖和體內白血病維持。這些結果表明PLCG1通路可作為AML1-ETO陽性白血病干細胞的一個重要治療靶標。本研究為白血病臨床治療指出了新的方向。

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