深度空間代謝組學(xué)常見Q&A（技術(shù)介紹及樣本準(zhǔn)備）
空間代謝組學(xué)作為一種新技術(shù)，很多老師們開展實(shí)驗(yàn)前對(duì)于樣本準(zhǔn)備和前處理存在很多疑問，本文總結(jié)了開展項(xiàng)目和樣本前處理的常見問題供大家參考。
Q1 什么是空間代謝組學(xué)？
空間代謝組學(xué)（Spatial Metabolomics）基于質(zhì)譜成像（Mass Spectrometry Imaging，MSI）開發(fā)，能夠直接從生物組織中獲得大量已知或未知的內(nèi)源性代謝物和外源性藥物等分子的結(jié)構(gòu)、含量和空間分布信息，避免通過勻漿處理樣本，造成的代謝物空間信息丟失，實(shí)現(xiàn)空間水平高分辨率且能精準(zhǔn)定位組織中的代謝物分布。對(duì)組織中的代謝異質(zhì)研究、積累和調(diào)控機(jī)理至關(guān)重要。
Q2 空間代謝組的工作流程是什么？
圖1 空間代謝組學(xué)工作流程
中科新生命深度空間代謝組學(xué)提供由切片到分析的完整深度空間代謝組學(xué)解決方案，基于Bruker最新質(zhì)譜成像平臺(tái)TIMS-TOF flex MALDI 2搭建，同時(shí)可開展靶向檢測(cè)與非靶向探索兩種模式，結(jié)合多功能集成成像分析工作站可以滿足多元化分析檢測(cè)需求，小伙伴們僅需準(zhǔn)備好組織樣本即可開展實(shí)驗(yàn)。
Q3 什么樣本可以用來做空間代謝組分析？
理論上可以被制備成切片的組織樣本均可以開展空間代謝組學(xué)分析，在準(zhǔn)備過程中需要注意樣本中代謝物種類、含量和空間分布不受到非實(shí)驗(yàn)因素影響，所以通常使用新鮮組織樣本進(jìn)行空間代謝組學(xué)分析。另一方面大家比較關(guān)注FFPE類樣本，因?yàn)槠湓诿撍肮潭ǖ倪^程中代謝物伴隨各類溶劑大量流失，空間分布發(fā)生變化，導(dǎo)致最終檢測(cè)效果無法真實(shí)反應(yīng)表型，所以不推薦使用。
Q4 要制備一張高質(zhì)量的切片，送樣前處理應(yīng)該做什么？
最佳推薦方法是使用10%的CMC通過異戊烷+干冰速凍對(duì)組織進(jìn)行包埋。其中異戊烷與干冰一起使用可以達(dá)到比較理想的控溫效果，極大程度減少組織中因速凍產(chǎn)生的冰晶，可以在速凍保持代謝物狀態(tài)的同時(shí)，維持較好組織的形態(tài)。
圖2 推薦包埋流程
圖3 導(dǎo)電載玻片
Q1 什么是空間代謝組學(xué)？
空間代謝組學(xué)（Spatial Metabolomics）基于質(zhì)譜成像（Mass Spectrometry Imaging，MSI）開發(fā)，能夠直接從生物組織中獲得大量已知或未知的內(nèi)源性代謝物和外源性藥物等分子的結(jié)構(gòu)、含量和空間分布信息，避免通過勻漿處理樣本，造成的代謝物空間信息丟失，實(shí)現(xiàn)空間水平高分辨率且能精準(zhǔn)定位組織中的代謝物分布。對(duì)組織中的代謝異質(zhì)研究、積累和調(diào)控機(jī)理至關(guān)重要。
Q2 空間代謝組的工作流程是什么？
圖1 空間代謝組學(xué)工作流程
中科新生命深度空間代謝組學(xué)提供由切片到分析的完整深度空間代謝組學(xué)解決方案，基于Bruker最新質(zhì)譜成像平臺(tái)TIMS-TOF flex MALDI 2搭建，同時(shí)可開展靶向檢測(cè)與非靶向探索兩種模式，結(jié)合多功能集成成像分析工作站可以滿足多元化分析檢測(cè)需求，小伙伴們僅需準(zhǔn)備好組織樣本即可開展實(shí)驗(yàn)。
Q3 什么樣本可以用來做空間代謝組分析？
理論上可以被制備成切片的組織樣本均可以開展空間代謝組學(xué)分析，在準(zhǔn)備過程中需要注意樣本中代謝物種類、含量和空間分布不受到非實(shí)驗(yàn)因素影響，所以通常使用新鮮組織樣本進(jìn)行空間代謝組學(xué)分析。另一方面大家比較關(guān)注FFPE類樣本，因?yàn)槠湓诿撍肮潭ǖ倪^程中代謝物伴隨各類溶劑大量流失，空間分布發(fā)生變化，導(dǎo)致最終檢測(cè)效果無法真實(shí)反應(yīng)表型，所以不推薦使用。
Q4 要制備一張高質(zhì)量的切片，送樣前處理應(yīng)該做什么？
最佳推薦方法是使用10%的CMC通過異戊烷+干冰速凍對(duì)組織進(jìn)行包埋。其中異戊烷與干冰一起使用可以達(dá)到比較理想的控溫效果，極大程度減少組織中因速凍產(chǎn)生的冰晶，可以在速凍保持代謝物狀態(tài)的同時(shí)，維持較好組織的形態(tài)。
圖2 推薦包埋流程
如果實(shí)驗(yàn)中缺乏包埋條件，也可以選擇干冰或者液氮直接速凍，后續(xù)再由我司進(jìn)行包埋，但是這種方法可能會(huì)導(dǎo)致組織內(nèi)部產(chǎn)生較多冰晶。
*具體操作方法請(qǐng)聯(lián)系我們并索要《中科新生命深度的空間代謝組學(xué)送樣建議》
Q5 樣本可以保存多久？可以分批采樣嗎？
可以分批采樣，樣本在-80℃條件下可以長期保存，樣本盡可能保存于低溫冰箱深處并保持與空氣隔離，可以有效防止外部水汽在樣本表面凝結(jié)形成冰晶或者凍融導(dǎo)致樣本結(jié)構(gòu)形態(tài)產(chǎn)生變化。
Q6 可以直接送切片樣本進(jìn)行空間代謝組學(xué)分析嗎？
可以，自制切片可以節(jié)省溝通時(shí)間，加快實(shí)驗(yàn)周期。需要注意的是空間代謝組學(xué)樣本需放置于導(dǎo)電載玻片上，如自制切片請(qǐng)?zhí)崆奥?lián)系我們寄送導(dǎo)電載玻片，標(biāo)準(zhǔn)導(dǎo)電載玻片規(guī)格為2.5cm * 7.5cm，切片放置區(qū)域?yàn)橄聢D紅框標(biāo)定的定位孔內(nèi)。
*具體操作方法請(qǐng)聯(lián)系我們并索要《中科新生命深度的空間代謝組學(xué)送樣建議》
Q5 樣本可以保存多久？可以分批采樣嗎？
可以分批采樣，樣本在-80℃條件下可以長期保存，樣本盡可能保存于低溫冰箱深處并保持與空氣隔離，可以有效防止外部水汽在樣本表面凝結(jié)形成冰晶或者凍融導(dǎo)致樣本結(jié)構(gòu)形態(tài)產(chǎn)生變化。
Q6 可以直接送切片樣本進(jìn)行空間代謝組學(xué)分析嗎？
可以，自制切片可以節(jié)省溝通時(shí)間，加快實(shí)驗(yàn)周期。需要注意的是空間代謝組學(xué)樣本需放置于導(dǎo)電載玻片上，如自制切片請(qǐng)?zhí)崆奥?lián)系我們寄送導(dǎo)電載玻片，標(biāo)準(zhǔn)導(dǎo)電載玻片規(guī)格為2.5cm * 7.5cm，切片放置區(qū)域?yàn)橄聢D紅框標(biāo)定的定位孔內(nèi)。
圖3 導(dǎo)電載玻片
Q7 直接寄送組織類樣本后，如何開展切片實(shí)驗(yàn)?zāi)兀?/strong>
送樣后技術(shù)部會(huì)與您溝通時(shí)間，以在線實(shí)時(shí)的形式，共同完成切片與H&E染色，直到確認(rèn)上機(jī)檢測(cè)的切片。
中科優(yōu)品推薦
深度空間代謝組學(xué)：
· MALDI 2離子化策略—檢測(cè)更靈敏、覆蓋更全面；
· 離子淌度分離—離子利用更高效、鑒定更準(zhǔn)確
送樣后技術(shù)部會(huì)與您溝通時(shí)間，以在線實(shí)時(shí)的形式，共同完成切片與H&E染色，直到確認(rèn)上機(jī)檢測(cè)的切片。
中科優(yōu)品推薦
深度空間代謝組學(xué)：
· MALDI 2離子化策略—檢測(cè)更靈敏、覆蓋更全面；
· 離子淌度分離—離子利用更高效、鑒定更準(zhǔn)確
標(biāo)簽：
空間代謝組學(xué)
代謝組學(xué)
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