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生信分析:解鎖Venn圖畫法

瀏覽次數:1819 發(fā)布日期:2021-10-20  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負

Venn圖,又稱韋恩圖或文氏圖,韋恩圖用于展示在不同的事物群組(集合)之間的數學或邏輯聯系,尤其適合用來表示集合(或)類之間的“大致關系”,它也常常被用來幫助推導(或理解推導過程)關于集合運算(或類運算)的一些規(guī)律。是一種用于直觀表示元素集合重疊的一種圖形。接下來和大家分享一下韋恩圖的制作方法。

1.在線Venn圖的解鎖
(1)jvennhttp://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html
第一步:(界面)打開鏈接是這樣的。

 


第二步:(數據輸入)左側輸入數據,這里也可以導入文件,輸入文件為文本文檔。在輸入對應組合名時,組合名不能超過11個字符。
 


第三步:(釋義與數據導出)在上圖紅框中輸入數據,即可得到兩個數據集的交集基因,如不需要柱狀圖,可通過將下圖紅框中設置為"NO",同時通過點擊黃框中的英文即可得到圖像及相應的文件。
 



(2)Draw Venn Diagramhttp://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/

第一步:(界面)打開首頁是這樣的。
 


第二步:(數據輸入)左側輸入數據,這里既可以導入文件,也可以直接輸入組合的列表,如果輸入框不夠,可以點擊"Add"添加新的輸入框。右側可填寫對應組合的名稱。
 


第三步:(數據導出)上傳數據,命名好組名并點擊"Submit",即可得到結果。最后,就是下載結果。
 




在線Venn圖小結
jvenn和Draw Venn Diagram兩個Venn圖網站各有優(yōu)缺點。jvenn只能畫少于6組的Venn圖且會限制組名的長度,Draw Venn Diagram能夠畫大于6組的圖像。


2、R語言代碼Venn圖的解鎖
(1)首先展示一個使用R的VennDiagram包繪制常規(guī)韋恩圖的方法,該包適用于2<=樣本數<=5的情形。通常韋恩圖所展示的樣本數量不會超過5,因為當樣本數量大于5時,繪圖結果將難以觀測。因此對于VennDiagram包來講,它所支持的樣本數量也是最多為5個。其實不止R的VennDiagram包,其它可繪制韋恩圖的R包或除R外的其它繪圖工具等,一般也不支持樣本數大于5個的情形。


第一步:Venn圖數據整理


 

第二步:Venn包加載及畫圖函數參數設置



結果展示:
 


(2)面對多于5個樣本的數據,大家可以使用叫"venn"的R包,它最多可支持7個樣本的韋恩圖。

 第一步:Venn圖數據整理


第二步:Venn包加載及畫圖函數參數設置


結果展示:


 

Veen圖數據下載鏈接:
https://pan.baidu.com/s/1eVfBudXRVX6QRvEjHUmy2A
提取碼:hwzt

來源:上海百趣生物醫(yī)學科技有限公司
聯系電話:021-61531195
E-mail:chengyichun@biotree.cn

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