目前已開發(fā)多種工具可以進行PCR引物的設計,但大多數工具只考慮避免發(fā)夾結構形成、3'末端核苷酸的選擇、引物解鏈溫度等問題,并沒有考慮內在擴增子的特征以及沒有預測給定擴增子和引物對的PCR擴增效率。
Izaskun Mallona等人[1]使用了一種基于90個引物對組合的統(tǒng)計方法,擴增來自細菌、酵母、植物和人類的模板,擴增子大小在74到907bp 之間,以確定影響PCR效率的參數。最終開發(fā)了一個擬合數據的廣義加法模型,并構建了PCR Efficiency在線分析工具(http://130.60.24.89/efficiency.html),允許從給定序列開始獲得針對PCR 優(yōu)化的寡核苷酸,并可以預測出擴增效率。
有個這款小工具,還怕做不好PCR實驗嗎?現在快快試用我們的數字PCR系統(tǒng)和實時熒光定量PCR系統(tǒng),你們就知道預測工具好不好用了。
naica®微滴芯片數字PCR系統(tǒng)
naica®微滴芯片數字PCR系統(tǒng),以Sapphire芯片(全自動)或Opal(高通量)芯片為耗材,形成由25,000-30,000個微滴組成的單層二維陣列,該單層微滴陣列形成后直接進行PCR擴增實驗。反應完成后對微滴進行三通道成像,從而對起始核酸濃度進行絕對定量。僅需2.5小時即可獲取結果。
Azure Cielo™實時熒光定量PCR系統(tǒng)
Azure Cielo™實時熒光定量PCR系統(tǒng)來自于美國Azure Biosystems公司,配備高品質溫度模塊,采用光纖和CMOS的檢測系統(tǒng),高能LED的激發(fā),提供高靈敏和可靠的數據。
參考文獻:
[1] Izaskun M , Julia W , Egea-Cortines M . pcrEfficiency: a Web tool for PCR amplification efficiency prediction[J]. BMC Bioinformatics, 2011, 12(1):404.