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脂質(zhì)組學(xué)+機(jī)器學(xué)習(xí)預(yù)測人是否可能發(fā)展為精神病

瀏覽次數(shù):1479 發(fā)布日期:2021-5-24  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)


1.研究目的

通過脂質(zhì)組學(xué)尋找有高風(fēng)險(xiǎn)精神病的人(CHR)最終會(huì)發(fā)展為精神病的預(yù)測biomarker。

圖1A. 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
 
2.臨床樣本分組

HC:健康對(duì)照組(n=51);高風(fēng)險(xiǎn)精神病組(CHR),隨訪5年(n=263)。

CHRr:隨訪期間癥狀緩解

CHRp:隨訪期間癥狀持續(xù)

CHRt:發(fā)展為精神病

人群:通過危險(xiǎn)心理狀態(tài)評(píng)估(CAARMS)+全球功能評(píng)估分裂量表(GAF)發(fā)現(xiàn)了344位有高風(fēng)險(xiǎn)精神病的人,在第12和24個(gè)月重新評(píng)估一次,然后臨床隨訪5年,在隨訪期間,CHR組有50位發(fā)展為精神病。

 

3.作者假設(shè)

1. CHR組與健康組在脂質(zhì)組學(xué)中有差異。

2. 在CHR組中,基線期的脂質(zhì)水平會(huì)與隨訪期的3個(gè)亞組相關(guān),即癥狀持續(xù),向精神病轉(zhuǎn)化,癥狀緩解。

 

4.統(tǒng)計(jì)學(xué)分析內(nèi)容

1. PCA分析:分析是否有異常樣本。

2. 臨床指標(biāo)分析:使用線性回歸計(jì)算回歸系數(shù),篩選對(duì)組間脂質(zhì)差異有影響的臨床指標(biāo)。

3. 脂質(zhì)模型聚類:通過貝葉斯信息準(zhǔn)則對(duì)脂質(zhì)進(jìn)行聚類找出lipidomic clusters(LCs)。

4. sPLS-DA:Pairwise sparse partial least squares discriminant analysis,計(jì)算脂質(zhì)的VIP值。

5. 偏相關(guān)分析:脂質(zhì)與臨床指標(biāo)的相關(guān)性分析。

6. 回歸LR:建立LR回歸模型篩選HC組和CHR組中的差異變量。

7. GAF得分值的差異分析

為了區(qū)分脂質(zhì)水平在CHR組基線期和隨訪期的差異是否與GAF得分值有關(guān),將隨訪期得分GAF>65和GAF≤65分成兩組,分別對(duì)應(yīng)生活功能性的強(qiáng)弱,使用Welch’s t test分析差異性。

 

5.數(shù)據(jù)分析

1. 單變量+多元變量統(tǒng)計(jì)分析篩選差異脂質(zhì)

HC+CHR:sPLS-DA的AUC≥0.6,回歸系數(shù)>0.05,VIP>1,p-adjusted<0.1。

2. 回歸LR模型篩選

LR模型用來篩選CHR和HC,CHRt和CHRp+CHRr,CHRr和CHRp+CHRt的差異變量,AUC>0.6作為篩選標(biāo)準(zhǔn)。

 

6.結(jié)果

1. CHR組中的脂質(zhì)分布

樣本中共測到173個(gè)脂質(zhì),根據(jù)圖1B可知,BMI、性別和年齡對(duì)脂質(zhì)的差異貢獻(xiàn)較大,因此這幾個(gè)指標(biāo)在后續(xù)的回歸分析時(shí)將被考慮進(jìn)去。

圖1B. 與脂質(zhì)差異有關(guān)的臨床指標(biāo)
 
通過聚類分析得到了12個(gè)LCs,其中 LC2,9,10,11包括了TG類,LC1包括了CE,CER,PC,PI類, LC4包括了PC和SM類。由圖1C可知LC1,2,4,9,10,11在CHR組中顯著升高,結(jié)合LCs和臨床數(shù)據(jù)(圖1D)的LR模型可知,LC4和LC5在區(qū)分CHR和HC組上影響最大,而臨床數(shù)據(jù)影響較小。

圖1C. HC組和CHR組中LCs的差異分析;D. HC組和CHR組的回歸分析系數(shù)通過上述單變量及多元變量統(tǒng)計(jì)分析,在HC組和CHR組中共篩選出的差異脂質(zhì)一半都是TG類(圖2A),作者發(fā)現(xiàn)在CHR組中含量高的TG類碳鏈和雙鍵更少。與此相反的是幾個(gè)包含了長鏈的多不飽和脂肪酰TG類在CHR中含量較低(圖2B)。

因?yàn)樾詣e在LR模型結(jié)果中顯示對(duì)脂質(zhì)差異影響較大大,因此作者研究發(fā)現(xiàn)有13個(gè)脂質(zhì)在性別和組間差異都很明顯,大部分是SM類,它們在男性CHR組含量較低;相反,有4個(gè)TG類在男性CHR組更高(圖2C)。
圖2. (A)差異脂質(zhì);(B)TG類雙鍵和碳鏈長度的相關(guān)性;(C)與性別有關(guān)的差異脂質(zhì)
 

2. CHR各亞組中的脂質(zhì)分布

同樣的12個(gè)LCs用來比較3個(gè)CHR亞組和HC的脂質(zhì)分布。有5個(gè)LCs在隨訪期發(fā)生了顯著改變,其中有4個(gè)(LC1,LC2,LC9,LC10),在CHRp和CHRt中顯著升高(圖3A)。相對(duì)于不會(huì)發(fā)展為精神病的CHRs和CHRr組,脂質(zhì)在CHRt組中有一個(gè)下降的趨勢(圖3B)。在這些下降的脂質(zhì)中,與CHRr+CHRp比,PC(O-22:2/22:3) 和 PC(O-32:0)在CHRt中顯著下降,而與HC比SM(d34:2) and SM(d18:1/24:0)在CHRr中顯著增加。

圖3.(A)HC組和3個(gè)CHR亞組的脂質(zhì)分布;(B)在4組中發(fā)生顯著改變的脂質(zhì)

 

3. 可作為精神病發(fā)展預(yù)測的脂質(zhì)

然后,作者篩選出了在這幾組中顯著變化的脂質(zhì)是否能用來預(yù)測疾病的發(fā)展。

使用LR模型篩選出8個(gè)脂質(zhì)(Cer(d18:1/24:0), LPC(22:5), PC(38:4), PC(40:5), PC(O-32:0), SM(d18:1/24:0), SM(d36:0), and SM(d36:1))可以區(qū)分CHR和健康對(duì)照組(圖4A),5個(gè)脂質(zhì)(Cer(d18:1/24:0), LPC(22:5),PC(38:4), PC(40:5), and PC(O-32:0))可以區(qū)分CHRt和其他不會(huì)發(fā)展為精神病的CHR亞組(圖4B),6個(gè)脂質(zhì)(Cer(d18:1/24:0), LPC(22:5),PC(38:4), PC(40:5), PC(O-32:0), and SM(d18:1/24:0))可以區(qū)分出CHRr與癥狀不會(huì)緩解的CHR亞組(圖4C)。

 

7.討論

作者首先發(fā)現(xiàn)CHR組中很多脂質(zhì)的含量都高于HC組,然后運(yùn)用機(jī)器學(xué)習(xí)的方法開發(fā)了一個(gè)可以區(qū)分CHR以及不同臨床亞組的診斷特征。模型的高準(zhǔn)確性表明檢測血液中的脂質(zhì)或許可以幫助提高高風(fēng)險(xiǎn)人群的發(fā)病預(yù)測能力。并且作者還發(fā)現(xiàn)了一個(gè)新的臨床因素,即脂質(zhì)存在明顯的性別差異。

 
來源:上海百趣生物醫(yī)學(xué)科技有限公司
聯(lián)系電話:021-61531195
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