腸道菌群與疾病的因果關(guān)聯(lián)研究已成為近年來的熱點(diǎn)，多種疾病與腸道菌群失衡有關(guān)。腸道微生物參與宿主新陳代謝和免疫系統(tǒng)的調(diào)節(jié)，并與環(huán)境因子相互作用決定機(jī)體的健康和疾病狀態(tài)。

糞便提供包括來自宿主、微生物菌群以及互作之間等多維數(shù)據(jù)，為研究宿主與菌群之間的代謝變化提供最直接的信息，除此之外，相比其他樣本類型，糞便樣本的獲取是無創(chuàng)的，能夠整體反映不同狀態(tài)下的菌群代謝變化，下面我們一起來看看在糞便樣本收集過程中需要的注意的點(diǎn)吧，避免各位老師踩坑~

樣本量是我們對(duì)樣本的第一認(rèn)知，要保證足夠的樣本量來進(jìn)行不同的組學(xué)實(shí)驗(yàn)，大鼠糞便收集較為方便，單一組學(xué)收取2-3粒，而小鼠糞便小，需要收集≥5粒（6-10粒/單一組學(xué)），對(duì)于臨床人的糞便，建議單一組學(xué)在200mg以上，且盡量不要暴露在空氣中太長(zhǎng)時(shí)間，避免污染和降解。

對(duì)于人的糞便，要求用無菌糞便收集器或其他滅菌器皿收集糞便樣本，要注意即刻進(jìn)行樣本標(biāo)記并低溫保存（考慮到患者樣本可能無法取樣后直接分裝標(biāo)記，可以先在低溫條件下保存，盡快進(jìn)行分裝標(biāo)記），凍存收集的新鮮糞便之前，建議用無菌棒將樣品混勻，下面來看兩個(gè)結(jié)果：

Fig 1 不同部位的糞便樣本代謝PCA得分圖

如圖1PCA散點(diǎn)圖所示，在頂部、邊緣、中部和底部這4個(gè)不同的位置獲取的糞便樣本以及勻漿后的糞便樣本，代謝輪廓存在顯著差異，在所有樣本中是不一致的。

Fig 2 不同部位的糞便樣本微生物物種注釋柱狀圖

從圖2的發(fā)現(xiàn)表明，收集過程中糞便的均質(zhì)化是可取的，但并非必不可少。在糞便樣本的內(nèi)層和外層收集的樣本顯示出相似的微生物組成和豐度。

綜上，對(duì)于菌群研究來說，不同部位的糞便樣本幾乎沒有區(qū)別，但是對(duì)于代謝組學(xué)，建議用無菌棒將樣品混勻來進(jìn)行檢測(cè)！

03.一定要低溫保存！切不可反復(fù)凍融！

樣本收集好之后，可能不能立即的進(jìn)行檢測(cè)，需要將樣本先進(jìn)行保存，那么保存的條件是怎么樣的呢？怎么選擇合適的儲(chǔ)存條件呢？

如圖3所示，在室溫、4℃冷藏以及-20℃下的糞便樣本進(jìn)行檢測(cè)，發(fā)現(xiàn)4℃下儲(chǔ)存超過24小時(shí)后代謝物發(fā)生顯著變化，-20℃冷藏存儲(chǔ)在短時(shí)間內(nèi)是比較穩(wěn)定，建議保存時(shí)間不要超過24h，建議樣本放置在-80℃冰箱里冷凍保存，在運(yùn)輸過程中保證足量干冰冷凍運(yùn)輸，且凍融3次之后的樣本，代謝物的分布發(fā)生了及其顯著的變化，因此切記不可反復(fù)凍融樣本！

Fig 3 不同儲(chǔ)存時(shí)間的糞便樣本及凍融三次后的變化

最后，以臨床人糞便收集為例給大家簡(jiǎn)單的做一個(gè)總結(jié)吧，話不多說直接上流程圖！

祝各位老師樣本取樣順利，實(shí)驗(yàn)結(jié)果漂亮！一切順順利利多發(fā)文章！�。�

附上我司協(xié)助客戶發(fā)表的糞便樣本部分文獻(xiàn)，以便各位老師、同學(xué)在設(shè)計(jì)課題、文章撰寫等環(huán)節(jié)可參閱和引用（可點(diǎn)擊標(biāo)題閱讀原文）。

 

參考文獻(xiàn)：

1. Santiago Alba,Panda Suchita,Mengels Griet et al. Processing faecal samples: a step forward for standards in microbial community analysis.[J] .BMC Microbiol, 2014, 14: 112.

2. Gratton Jasmine,Phetcharaburanin Jutarop,Mullish Benjamin H et al. Optimized Sample Handling Strategy for Metabolic Profiling of Human Feces.[J] .Anal Chem, 2016, 88: 4661-8.

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