隨著科學(xué)的進(jìn)步，病原宏基因組測序（mNGS）被越來越多的人所認(rèn)可和接受，此技術(shù)可以對病原微生物做及時(shí)有效的分析，避免用藥失誤，錯(cuò)過最佳治療時(shí)間，做到精準(zhǔn)醫(yī)療。下面我們先來看幾個(gè)例子：

患者，女，24歲，右側(cè)腋窩疼痛1周，發(fā)熱5天入院，反復(fù)發(fā)熱，發(fā)熱原因一直未明，使用多種抗生素效果不好，后送檢病原宏基因組測序（mNGS），回報(bào)漢氏巴爾通體感染，更改抗生素后，患者癥狀緩解，一周后出院。

患者，男，61歲，以“肝癌術(shù)后8月，復(fù)發(fā)一月余”為主訴入院，該患者過往有結(jié)核病史，懷疑復(fù)發(fā)感染，使用多種藥物不見好轉(zhuǎn)。后經(jīng)送檢肺組織病原宏基因組測序（mNGS），回報(bào)結(jié)果考慮患者鳥-胞內(nèi)分枝桿菌感染，排除結(jié)核分枝桿菌感染，給予正確抗感染藥物治療，一周后患者各項(xiàng)指征趨于正常，體溫平穩(wěn)，未訴特殊不適，患者出院。

患者，女，41歲，高燒一周不退，體溫最高至40℃，頭暈、頭疼、咳嗽，肺部大面積感染，各種抗感染藥物治療無效。結(jié)合肺泡灌洗液NGS結(jié)果、查血結(jié)果等相關(guān)輔助檢查, 考慮重癥肺炎、鸚鵡熱衣原體感染。由于鸚鵡熱衣原體治療周期較長，因此醫(yī)生繼續(xù)使用之前的抗感染治療方案， 4天后患者體溫逐漸恢復(fù)正常，癥狀好轉(zhuǎn)，繼續(xù)治療一周后患者康復(fù)出院。

可見，對于不明原因的疾病，及早的進(jìn)行感染病原微生物高通量的檢測，是一種行之有效的辦法，為醫(yī)生早期診斷提供機(jī)會(huì)，為患者贏得治療的時(shí)間，又能減少醫(yī)療費(fèi)用。

那么，什么是病原微生物？
 

病原微生物是指可以侵犯人體，引起感染甚至傳染病的微生物，或稱病原體。病原體中，以細(xì)菌和病毒的危害性最大。 病原微生物指朊毒體、寄生蟲（原蟲、蠕蟲、醫(yī)學(xué)昆蟲）、真菌、細(xì)菌、螺旋體、支原體、立克次體、衣原體、病毒。
 

醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)中采集病原微生物用于mNGS的樣本有哪些類型？

樣本類型主要有靜脈血、腦脊液、肺泡灌洗液、痰液、胸水和腹水、咽部分泌物、局灶穿刺物、組織等多種類型。

圖片來源于網(wǎng)絡(luò)
 

病原微生物進(jìn)行測序前處理中關(guān)鍵的一步是什么？

采集完樣本后，首先要對病原微生物進(jìn)行測序前處理，前處理過程中關(guān)鍵的一步是核酸提取，因?yàn)椴≡�微生物核酸提取效果的好壞，�?huì)直接影響到后續(xù)測序的成敗。MP Biomedicals的FastPrep^®快速樣品制備儀在病原微生物核酸提取中具有優(yōu)秀的表現(xiàn)：

MP快速樣品制備儀系列產(chǎn)品上市十幾年以來，經(jīng)過客戶和市場的驗(yàn)證，已被上萬篇文章引用，在業(yè)內(nèi)具有良好的口碑。

下面我們來看下FastPrep^®快速樣品制備儀在醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)中的案例:

 

案例一：從感染TB的小鼠肺，肝和脾中分離活的TB

檢測目的：從感染的組織中分離完整的TB

應(yīng)用：細(xì)菌培養(yǎng)

樣本類型：小鼠/大鼠肺，肝，脾

實(shí)驗(yàn)儀器：FastPrep-24^TM  5G；裂解介質(zhì)M（肺），裂解介質(zhì)D（肝，脾）

實(shí)驗(yàn)步驟：小鼠肝，脾，裂解介質(zhì)D，6 m/s，研磨 30 ~60 sec

 

案例二：組織活檢感染的微生物診斷

檢測目的：從感染的活檢標(biāo)本中分離微生物

應(yīng)用：細(xì)菌培養(yǎng)

樣本類型：組織活檢

實(shí)驗(yàn)儀器：FastPrep-24^TM  5G；12×15 mL適配器；8~10顆 氧化鋯珠（裂解介質(zhì)M）

實(shí)驗(yàn)步驟：

1. 將1~2 g 的活檢樣本放入15 mL 裂解介質(zhì)M中；

2. 加入5 mL葡萄糖肉湯培養(yǎng)基；

3. 6.5 m/s，40 sec進(jìn)行研磨；

4. 研磨后，取出管子，棄掉珠子；

5. 接種培養(yǎng)基，將勻漿后的活檢樣本移入無菌玻璃器皿中儲(chǔ)存。

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相關(guān)文獻(xiàn)

RobinLombard, Emilie Doz, Florence Carreras, Mathieu Epardaud, Yves LeVern,Dominique Buzoni-Gatel, Nathalie Winter IL-17RAin Non-Hematopoietic Cells Controls CXCL-1 and 5 Critical to RecruitNeutrophils to the Lung of Mycobacteria-Infected Mice during the AdaptiveImmune Response，PLOS ONE |DOI:10.1371/journal.pone.0149455, 2016.