細(xì)小病毒(PPV)核酸檢測試劑盒說明書
技術(shù)原理:
DNA的半保留復(fù)制是生物進(jìn)化和傳代的重要途徑。雙鏈DNA在多種酶的作用下可以變性解鏈成單鏈,在DNA聚合酶與啟動子的參與下,根據(jù)堿基互補(bǔ)配對原則復(fù)制成同樣的兩分子挎貝。
在聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn),DNA在高溫時(shí)也可以發(fā)生變性解鏈,當(dāng)溫度降低后又可以復(fù)性成為雙鏈。因此,通過溫度變化控制DNA的變性和復(fù)性,并設(shè)計(jì)引物做啟動子,加入DNA聚合酶、dNTP就可以完成特定基因的體外復(fù)制。( DNA高溫變性低溫復(fù)性)
發(fā)現(xiàn)耐熱DNA聚合同酶--Taq酶對于PCR的應(yīng)用有里程碑的意義,該酶可以耐受90℃以上的高溫而不失活,不需要每個(gè)循環(huán)加酶,使PCR技術(shù)變得非常簡捷、同時(shí)也大大降低了成本,PCR技術(shù)得以大量應(yīng)用,并逐步應(yīng)用于臨床。
特點(diǎn)優(yōu)勢:
1.用特異性:所有產(chǎn)品使用的引物均經(jīng)過詳盡的生物信息學(xué)分析,經(jīng)過GenBank及自建龐大數(shù)據(jù)庫的比對,確保所用的每一條引物均為種屬或血清型特異的基因序列區(qū)段,可實(shí)現(xiàn)對細(xì)菌種屬及血清型的特異檢測,特異性均達(dá)到100%。
2. 重現(xiàn)性:該系列所有產(chǎn)品均經(jīng)過大量實(shí)驗(yàn)菌株的驗(yàn)證,重現(xiàn)性為100%。
3. 靈敏性:該系列產(chǎn)品可實(shí)現(xiàn)對檢測菌的高靈敏檢測,當(dāng)樣品中細(xì)菌的濃度達(dá)到103cfu/ml時(shí),可實(shí)現(xiàn)對其的直接檢測,無需繁瑣的增菌過程。
4. 實(shí)用性:檢測范圍廣,涵蓋了對人體危害較為嚴(yán)重的17種呼吸道及腸道致病菌,可實(shí)現(xiàn)對臨床樣品及其他環(huán)境取樣的快速檢測,整個(gè)檢測過程為3-4個(gè)小時(shí)。
5. 優(yōu)勢1:序列資源豐富,除GenBank公布的序列外,公司還進(jìn)行了大量菌株的序列破譯,從理論上保證所選引物具有良好的保守性和特異性。
6. 優(yōu)勢2:該系列試劑盒均經(jīng)過大量的保守性及特異性實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,憑借公司擁有的豐富的菌種資源,每一種檢測試劑盒均經(jīng)過了20余種標(biāo)準(zhǔn)菌株和臨床菌株的保守性驗(yàn)證及40余種近緣標(biāo)準(zhǔn)菌株和臨床菌株的特異性驗(yàn)證,確保在使用過程中不會出現(xiàn)任何的假陽性及假陰性報(bào)告結(jié)果。
反應(yīng)五要素:
參加PCR反應(yīng)的物質(zhì)主要有五種即引物、酶、dNTP、模板和Mg2+
引物:引物是PCR特異性反應(yīng)的關(guān)鍵,PCR 產(chǎn)物的特異性取決于引物與模板DNA互補(bǔ)的程度。理論上,只要知道任何一段模板DNA序列, 就能按其設(shè)計(jì)互補(bǔ)的寡核苷酸鏈做引物,利用PCR就可將模板DNA在體外大量擴(kuò)增。設(shè)計(jì)引物應(yīng)遵循以下原則:
①引物長度: 15-30bp,常用為20bp左右。
②引物擴(kuò)增跨度: 以200-500bp為宜,特定條件下可擴(kuò)增長至10kb的片段。
③引物堿基:G+C含量以40-60%為宜,G+C太少擴(kuò)增效果不佳,G+C過多易出現(xiàn)非特異條帶。ATGC隨機(jī)分布,避免5個(gè)以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。
④避免引物內(nèi)部出現(xiàn)二級結(jié)構(gòu),避免兩條引物間互補(bǔ),特別是3'端的互補(bǔ),否則會形成引物二聚體,產(chǎn)生非特異的擴(kuò)增條帶。
⑤引物3'端的堿基,特別是最末及倒數(shù)第二個(gè)堿基,應(yīng)嚴(yán)格要求配對,以避免因末端堿基不配對而導(dǎo)致PCR失敗。
⑥引物中有或能加上合適的酶切位點(diǎn), 被擴(kuò)增的靶序列有適宜的酶切位點(diǎn), 這對酶切分析或分子克隆很有好處。
⑦引物的特異性:引物應(yīng)與核酸序列數(shù)據(jù)庫的其它序列無明顯同源性。
引物量:每條引物的濃度0.1~1umol或10~100pmol,以最低引物量產(chǎn)生所需要的結(jié)果為好,引物濃度偏高會引起錯(cuò)配和非特異性擴(kuò)增,且可增加引物之間形成二聚體的機(jī)會。
樣本采集、存放及運(yùn)輸:
1、樣本采集:各類型樣本按照常規(guī)方法采集;
2、存放:樣本在2~8℃條件下保存應(yīng)不超過72h,-70℃以下可長期保存,但應(yīng)避免反復(fù)凍融(zui多凍融3次);
3、運(yùn)輸:采用泡沫箱加冰密封進(jìn)行運(yùn)輸。
需要自備的器材:
1.用儀器:分析天平、離心機(jī)、熒光 PCR 擴(kuò)增儀、組織研磨器、-20 ℃冰箱、可調(diào)移液器(2 µL、20
µL、200 µL、1000 µL)。
2.耗材:熒光 PCR 專用反應(yīng)管、眼科剪、眼科鑷、生理鹽水、1.5 mL 經(jīng)焦碳酸二乙酯(DEPC)水
處理的滅菌離心管、吸頭(10 µL、200 µL、1000 µL)、滅菌雙蒸水。
組成及試劑配制:
1、酶標(biāo)板:一塊(96孔)
2、 標(biāo)準(zhǔn)品(凍干品): 2瓶,請臨用前15分鐘內(nèi)配制。每瓶以樣品稀釋液稀釋至0.5ml,蓋好后室溫靜置大約10分鐘,同時(shí)反復(fù)顛倒/搓動以助溶解,其濃度為200 U/L,然后做系列倍比稀釋(注:不要直接在板中進(jìn)行倍比稀釋),分別配制成200 U/L,100 U/L,50 U/L,25 U/L,12.5 U/L,6.25 U/L,3.12 U/L,樣品稀釋液直接作為空白孔 0 U/L。如配制100 U/L標(biāo)準(zhǔn)品:取0.3ml (不要少于0.3ml )200 U/L的上述標(biāo)準(zhǔn)品加入含有0.3ml樣品稀釋液的Eppendorf管中,混勻即可,其余濃度以此類推。
3、 樣品稀釋液:1×20ml。
4、 檢測稀釋液A:1×10ml。
5、 檢測稀釋液B:1×10ml。
操作流程:
1. 整個(gè)檢測過程應(yīng)嚴(yán)格按照本說明書要求分別在試劑準(zhǔn)備區(qū)、樣本處理區(qū)和PCR擴(kuò)增區(qū)進(jìn)行操作,各區(qū)實(shí)驗(yàn)服、儀器 、耗材應(yīng)獨(dú)立使用,不能混用;實(shí)驗(yàn)用吸頭采用帶濾芯吸頭;樣本處理區(qū)應(yīng)配有生物安全柜,樣本處理在生物安全柜中進(jìn)行操作;三個(gè)區(qū)應(yīng)該配有紫外線殺菌裝置。
2. 為避免RNA降解,樣本處理過程應(yīng)在0-4℃條件下操作,且完成實(shí)驗(yàn)后立即上機(jī)檢測;樣本處理過程中使用的器具耗材應(yīng)經(jīng)過無核酶處理。
3. 每次實(shí)驗(yàn)應(yīng)該設(shè)置陰、陽性對照。
4. 試劑盒所有試劑在使用前應(yīng)該在常溫下充分融化混勻,并應(yīng)瞬時(shí)離心。
5. 試劑盒內(nèi)所配陰性和陽性對照在一次使用前應(yīng)全部轉(zhuǎn)移至標(biāo)本準(zhǔn)備區(qū),并單獨(dú)存放。
6. 為防止熒光干擾,應(yīng)避免裸手直接接觸PCR反應(yīng)管,并應(yīng)避免在PCR反應(yīng)管上進(jìn)行任何標(biāo)記。產(chǎn)品僅供科研使用
7. 儀器 擴(kuò)增相關(guān)參數(shù)應(yīng)按照本說明書相關(guān)要求進(jìn)行設(shè)置;不同批號試劑不能混用。
8. ABI系列熒光定量PCR儀參數(shù)設(shè)置中不選ROX校正,淬滅基因選擇None。
9. 實(shí)驗(yàn)過程中產(chǎn)品的廢棄物應(yīng)該進(jìn)行無害化處理后方可丟棄。
注意事項(xiàng):
1、使用本試劑前請仔細(xì)閱讀本說明書全文。
2 、操作時(shí)應(yīng)盡量少說話,因口腔中也含有支原體,可能引起樣品污染,而造成假陽性;整個(gè)檢測過程中,反應(yīng)體系的配制、樣本處理及加樣、PCR擴(kuò)增應(yīng)分區(qū)域進(jìn)行,以避免交叉污染。
3 、實(shí)驗(yàn)時(shí),試劑盒組分中的試劑使用前應(yīng)充分融化并混勻(混勻時(shí)禁止激烈振蕩,只需要進(jìn)行上下倒置多次進(jìn)行混勻)。
4、 反應(yīng)管中加好所有的試劑后,應(yīng)盡快上PCR儀進(jìn)行擴(kuò)增,以免形成過多的二聚體。
5、細(xì)胞培養(yǎng)物中含有青霉素和鏈霉素等抗生物素不會影響本品的檢測結(jié)果。如果用戶需要進(jìn)一步提高檢測。