早在2019年12月之前,新冠病毒可能已經(jīng)在人群“隱秘傳播”(cryptic spread)階段發(fā)生了一些關(guān)鍵突變。也就是說,這種新型病毒在人群中出現(xiàn)的時(shí)間可能比設(shè)想的更早,甚至不一定最早出現(xiàn)在武漢。
上述推測(cè)結(jié)論來自兩位病毒學(xué)專家:澳大利亞悉尼大學(xué)瑪麗·巴希爾傳染病和生物安全研究所的愛德華·霍爾姆斯(Edward C. Holmes)教授,以及中國疾控中心(CDC)傳染病預(yù)防控制所研究員、復(fù)旦大學(xué)附屬上海市公共衛(wèi)生臨床中心兼職教授張永振。當(dāng)?shù)貢r(shí)間3月26日,這兩位“老搭檔”聯(lián)合在頂級(jí)學(xué)術(shù)期刊《細(xì)胞》(CELL)上發(fā)表了一篇評(píng)論“A Genomic Perspective on the Origin and Emergence of SARS-CoV-2”
武漢華南海鮮市場的起源不確定性:幾年前探訪過市場
此前的觀察顯示,第一批報(bào)告的COVID-19病例和武漢的華南海鮮野生動(dòng)物市場有關(guān)聯(lián)。值得一提的是,張永振、霍爾姆斯等人曾在2014年親身探訪過該市場,霍爾姆斯提供的一張照片顯示,當(dāng)時(shí)該市場即出售野生動(dòng)物。
圖片來源:該照片由Edward C. Holmes提供,拍攝于2014年10月,當(dāng)時(shí)兩位作者一起參觀了市場。
他們?cè)谖恼轮刑岬,在此次疫情暴發(fā)的時(shí)候那里仍然可以買到多種哺乳動(dòng)物。然而,由于并非所有的早期案例都與市場有關(guān),新冠病毒出現(xiàn)的故事可能比最初推測(cè)的更為復(fù)雜。
中國疾控中心此前獲得了來自該市場“環(huán)境樣本”(比如物體表面)的基因組序列。系統(tǒng)發(fā)育分析表明,它們與從武漢最早的病人身上采集的病毒密切相關(guān)。
張永振等人表示,雖然這再次表明,華南海鮮市場在病毒出現(xiàn)中發(fā)揮了重要作用,但很難明確這些環(huán)境樣本中的病毒來自該市場的動(dòng)物還是當(dāng)時(shí)已在無意中傳播的人。“不幸的是,隨著市場的關(guān)閉,目前明顯缺乏直接的動(dòng)物樣本,這可能意味著很難、甚至不可能準(zhǔn)確地識(shí)別出任何動(dòng)物宿主。”
環(huán)境樣本的含有復(fù)雜的有機(jī)質(zhì)、無機(jī)鹽等雜質(zhì),需要用研磨珠對(duì)樣本進(jìn)行處理,并且利用IRT 技術(shù)對(duì)樣本的有機(jī)物、無機(jī)鹽進(jìn)行分離,才能保證樣本的正常擴(kuò)增。
寶予德HF extract高通量組織研磨儀是針對(duì)現(xiàn)代實(shí)驗(yàn)室應(yīng)用而設(shè)計(jì)生產(chǎn)的一款全面型應(yīng)用的研磨儀,它可對(duì)小量、大批次樣品,如植物、動(dòng)物組織細(xì)胞以及小量固體樣品、環(huán)境樣本進(jìn)行快速地干磨、濕磨及冷凍研磨。
環(huán)境樣本核酸提取前處理過程圖示:
經(jīng)研磨儀處理后的冠狀病毒檢測(cè)結(jié)果:
a:不經(jīng)研磨和IRT去抑制物處理擴(kuò)增結(jié)果
b:研磨儀處理,經(jīng)過IRT去抑制物進(jìn)行擴(kuò)增結(jié)果
由上可見:環(huán)境樣本需要經(jīng)過HF extract高通量研磨儀處理后,經(jīng)過IRT技術(shù)沉淀雜質(zhì),才能真正的檢測(cè)出結(jié)果,提高陽性率,避免漏檢。