ATAC-seq最近幾年是比較火的一種測序技術(shù)。那ATAC-seq技術(shù)到底什么呢？ATAC-seq的全稱是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 運用測序手段研究轉(zhuǎn)座酶可接近的染色質(zhì)的一種技術(shù)。該技術(shù)通過轉(zhuǎn)座酶對某種特定時空下開放的核染色質(zhì)區(qū)域進行切割，進而獲得在該特定時空下基因組中所有活躍轉(zhuǎn)錄的調(diào)控序列。這項技術(shù)僅需少量細胞便可獲得實時全基因組活性調(diào)控序列信息，廣泛應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合分析、核小體定位、活性調(diào)控元件分布等研究，在表觀遺傳機制研究領(lǐng)域有廣闊的應(yīng)用前景。

那么對ATAC-seq研究到底火爆到什么程度呢？我們通過ATAC-seq技術(shù)相關(guān)的文章來看看。根據(jù)最新統(tǒng)計發(fā)現(xiàn)：利用ATAC-seq技術(shù)發(fā)表的文章的數(shù)量呈現(xiàn)出指數(shù)性增長；其中Cell以及旗下雜志302篇、Nature以及旗下雜志215篇、Science及其旗下雜志82篇�？上攵�知，ATAC-seq技術(shù)到底有多火。在這一大的研究背景下，我們云序生物作為一家專業(yè)的測序服務(wù)公司，又提供什么樣的ATAC-seq服務(wù)呢？

ATAC-seq相關(guān)文章發(fā)表數(shù)量

 

云序生物 - ATAC-seq一站式服務(wù)

1. 一站式服務(wù)流程

2.技術(shù)優(yōu)勢

快速：實驗流程精簡，耗時短

微量：細胞量少，適用于臨床樣本

準確：重復(fù)性好，與同類技術(shù)及同類測序平臺一致性高

全面：獲取信息量大（全基因組調(diào)控活性圖譜、全轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合圖譜）

3. ATAC-seq信息分析

標準分析：Peak檢測、Peak長度檢測、Peak深度分布、Peak相關(guān)基因、樣本間差異peak檢測、樣品間差異peak相關(guān)基因、樣品間差異peak相關(guān)基因的GO和KEGG富集分析

高級信息分析：核小體定位分析、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合分析（需客戶提供感興趣的TF名稱）、全基因組活性圖譜

聯(lián)合分析：ATAC-Seq與RNA-Seq關(guān)聯(lián)分析、ATAC-Seq與ChIP-Seq關(guān)聯(lián)分析

云序生物-ATAC-seq相關(guān)文章思路總結(jié)

1. ATAC-Seq與RNA-Seq關(guān)聯(lián)分析

ATAC-seq結(jié)果，研究了該時空條件下發(fā)生轉(zhuǎn)錄的基因以及順勢調(diào)控元件的一些序列，那么我們就可以對這些基因進行分析。聯(lián)合RNA-seq結(jié)果，看ATAC上測到的一些豐度高的DNA序列區(qū)域，是否對應(yīng)的轉(zhuǎn)錄本表達量也有增加，也可以找到對應(yīng)的轉(zhuǎn)錄本相關(guān)基因的上游調(diào)控序列，從而整體分析從DNA到RNA的轉(zhuǎn)錄過程，進而對基因功能分析，再結(jié)合實驗表型進行討論，從而理清楚表觀調(diào)控-表達-功能-表型這樣一個過程。

案例解析：

EGRINs (EnvironmentalGene Regulatory Influence Networks) in Rice That Function in the Response to Water Deficit, High Temperature, and Agricultural Environments OPEN.The Plant Cell,IF：8.228 

本篇文章是利用ATAC-seq與RNA-seq聯(lián)合分析的經(jīng)典案例。作者選擇5個不同的水稻品種，對它們分別進行熱處理和干旱處理以模擬高溫和缺水這2種脅迫環(huán)境。進一步通過對這種脅迫處理的5個水稻品種進行RNA-seq檢測RNA的表達差異和ATAC-seq檢測染色質(zhì)開放區(qū)域差異。最后聯(lián)合ATAC-seq數(shù)據(jù)和RNA-seq數(shù)據(jù)，以及轉(zhuǎn)錄因子的motif信息。構(gòu)建植物應(yīng)激的轉(zhuǎn)錄因子-靶基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖，并尋找關(guān)鍵的轉(zhuǎn)錄因子-靶基因模塊，預(yù)測了關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子活性。完成植物在應(yīng)**況下反應(yīng)相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子的研究。

ATAC-seq與RNA-seq聯(lián)合分析

2.ATAC-seq與ChIP-seq聯(lián)合分析

在ChIP實驗中，好多時候我們是用以研究轉(zhuǎn)錄因子所調(diào)控的那些基因。那么ATAC測序之后是否就不需要做ChIP實驗了呢？其實并不是，就像做轉(zhuǎn)錄組測序，可以知道基因表達量的上下調(diào)情況，但是我們?nèi)匀恍枰�通過qPCR來進行分子生物學(xué)驗證一樣。ATAC測序之后也需要做ChIP-seq來做進一步的驗證，通過ChIP的測序結(jié)果，來進一步對ATAC所預(yù)測到的一些轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域進行驗證。

案例解析：

Nfib Promotes Metastasis through a Widespread Increase in Chromatin  Accessibility.Cell，IF:31.398

該文章是通過比較原發(fā)性和肝轉(zhuǎn)移性的小細胞肺癌細胞之間的差異，從而研究人小細胞肺癌促進癌癥擴散轉(zhuǎn)移的背景機制。首先利用ATAC-seq，發(fā)現(xiàn)NFI家族轉(zhuǎn)錄因子富集在具有差異的染色質(zhì)開放位點中，預(yù)示著NFI家族轉(zhuǎn)錄因子在調(diào)控腫瘤細胞轉(zhuǎn)移中扮演著重要角色。進一步進行ChIP-seq，通過2種測序結(jié)果聯(lián)合分析，發(fā)現(xiàn)在染色質(zhì)高開放性位點區(qū)域伴隨著Nfib拷貝數(shù)量增多，且Nfib在侵襲性原發(fā)性腫瘤和轉(zhuǎn)移性腫瘤內(nèi)高表達，Nfib表現(xiàn)出維持染色質(zhì)及遠端調(diào)控區(qū)域開放和促進神經(jīng)基因表達的功能，說明Nfib對促進癌細胞增殖和遷移具有重要的作用。

ATAC-seq與ChIP-seq聯(lián)合分析

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