我們知道細胞內(nèi)的生命活動由眾多基因、蛋白質(zhì)、以及小分子代謝產(chǎn)物來共同承擔,而上游的(核酸、蛋白質(zhì)等)大分子的功能性變化最終會體現(xiàn)于代謝層面,如神經(jīng)遞質(zhì)的變化、激素調(diào)控、受體作用效應(yīng)、細胞信號釋放、能量傳遞和細胞間通訊等,所以代謝組處于基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和蛋白質(zhì)作用網(wǎng)絡(luò)的下游,所提供的是生物學(xué)的終端信息。如同我們在長江的上游建大壩或?qū)牡,這些項目的生態(tài)影響會在下游的河道和地域體現(xiàn)出來一樣,我們經(jīng)常說,基因組學(xué)和蛋白組學(xué)告訴你可能發(fā)生什么,而代謝組學(xué)則告訴你已經(jīng)發(fā)生了什么。
選擇代謝組學(xué)作為科研技術(shù)手段的優(yōu)勢有哪些?
代謝組學(xué)的研究領(lǐng)域有哪些?
代謝組學(xué)可以檢測的樣品種類有哪些?
代謝組學(xué)主要研究的是作為各種代謝路徑的底物和產(chǎn)物的小分子代謝物(分子量<1000)。其樣品主要是血漿或血清,尿液,唾液,以及細胞和組織的提取液。我們也和一些公司或單位(如煙草公司、茶葉公司、制酒公司、酸奶公司、醫(yī)院等)合作,做過植物,真菌,微生物提取物,腦脊液,淋巴液,昆蟲血淋巴,羊水,卵泡液,膝蓋滑液,眼淚,精液,胎盤,糞便及腸道內(nèi)容物提取液等。
一般代謝組學(xué)能檢測出多少物質(zhì)?
不同的質(zhì)譜平臺靈敏度及偏向性都不一樣,而且不同平臺之間具有互補性。一般來說GC/MS檢測血清樣品能準確定性的物質(zhì)約200個左右,檢測尿液樣品定性的物質(zhì)約200個左右,其他樣品(如肝臟,糞便,腸道內(nèi)容物)也在幾百這個數(shù)量級。如果采用全二維GC/MS,物質(zhì)的數(shù)量要更多,可達1千以上。LC/MS檢測物質(zhì)的數(shù)量要遠比GC/MS多,但能準確定性和定量的不多,視不同的平臺(TQ、QTOF等)能達到幾十至2-3百個物質(zhì)。
代謝組學(xué)研究的內(nèi)容和流程