早期的基因組DNA甲基化分析技術(shù)，如SssI甲基轉(zhuǎn)移酶分析法、氯乙醛反應(yīng)法、免疫學(xué)抗體技術(shù)等，已經(jīng)不能滿足現(xiàn)代表觀遺傳學(xué)研究的需求。今年來常用的基因組甲基化的方法有以下兩種。

1. 甲基化敏感擴(kuò)增多態(tài)性實(shí)驗(yàn)

甲基化敏感擴(kuò)增多態(tài)性實(shí)驗(yàn)技術(shù)被用于檢測雙向型真菌的DNA甲基化，它是在擴(kuò)增片段長度多態(tài)性技術(shù)的基礎(chǔ)上建立起來、基本程序是：提取高質(zhì)量的基因組DNA，分別用EcoRⅠ/HpaⅡ，EcoRⅠ/MspⅠ兩種酶組合對基因組DNA進(jìn)行雙酶切，并連上相應(yīng)的限制性內(nèi)切酶的接頭，然后以接頭序列設(shè)計(jì)的預(yù)擴(kuò)增引物，進(jìn)行PCR擴(kuò)增。擴(kuò)增產(chǎn)物稀釋后，再加入帶有選擇性堿基的引物，進(jìn)行第二次PCR擴(kuò)增，擴(kuò)增產(chǎn)物變性后在6%的序列膠上進(jìn)行電泳，最后采用銀染或同位素放射

自顯影方法處理序列膠，統(tǒng)計(jì)和分析DNA條帶。這種方法在研究動(dòng)植物基因組甲基化上有廣泛應(yīng)用。NSAP技術(shù)相對其他測定DNA甲基化程度的技術(shù)有如下優(yōu)點(diǎn)：

① 不需要知道被測DNA序列信息，在不同生物上具有通用性，可用于DNA序列背景知識(shí)未知的生物。

② 操作相對簡便，在AFLP技術(shù)體系的基礎(chǔ)上無需改進(jìn)，即可操作。

③ 可在全基因組范圍檢測CCGG位點(diǎn)的胞嘧啶甲基化變化。

MSAPjishu的局限性在于不能完成非CCGG位點(diǎn)的胞嘧啶甲基化。

2. 高效液相層析及相關(guān)方法

高效液相層析能夠定量測定基因組整體甲基化水平，其過程是：先將DNA樣品經(jīng)鹽酸或氫氟酸水解成堿基，水解產(chǎn)物通過色譜柱，將結(jié)果與標(biāo)準(zhǔn)品比較，紫外光測定吸收峰值，計(jì)算5rrC/(5rrC+5C)的積分面積得出基因組整體的甲基化水平。

此法相對HPLC，更為簡便、快速、經(jīng)濟(jì)。測定甲基化的敏感性較高。