表面等離子共振技術(shù)在蛋白-蛋白相互作用的應(yīng)用
瀏覽次數(shù):5734 發(fā)布日期:2010-4-30
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應(yīng)用領(lǐng)域
結(jié)合特異性、抗體選擇、抗體質(zhì)控、疾病機(jī)制、藥物發(fā)明、生物治療、生物處理、生物標(biāo)記物、配體垂釣、基因調(diào)控、細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)、親和層析、結(jié)構(gòu)-功能關(guān)系、小分子間相互作用等
檢測(cè)原理
表面等離子共振(SPR)是一種光學(xué)現(xiàn)象,可被用來(lái)實(shí)時(shí)跟蹤在天然狀態(tài)下生物分子間的相互作用。這種方法對(duì)生物分子無(wú)任何損傷,且不需任何標(biāo)記物。
先將一種生物分子(靶分子)鍵合在生物傳感器表面,再將含有另一種能與靶分子產(chǎn)生相互作用的生物分子(分析物)的溶液注入并流經(jīng)生物傳感器表面。生物分子間的結(jié)合引起生物傳感器表面質(zhì)量的增加,導(dǎo)致折射指數(shù)按同樣的比例增強(qiáng),生物分子間反應(yīng)的變化即被觀察到。這種反應(yīng)用反應(yīng)單位(RU)來(lái)衡量:1 RU = 1pg 蛋白/mm2 = 1 x 10-6 RIU(折射指數(shù)單位)。
分析物在被注入的過(guò)程中,由對(duì)流和擴(kuò)散流經(jīng)相互作用表面而與靶分子形成復(fù)合物,導(dǎo)致分析物濃度改變。微射流系統(tǒng)內(nèi)nL數(shù)量級(jí)流動(dòng)通道的應(yīng)用,使得這種濃度的改變降至最低點(diǎn),以確保高傳質(zhì)系數(shù)(Mass Transport Coefficient,km)。為保證分析物的傳質(zhì)性不被限制,鍵合在生物傳感器表面的靶分子濃度必須較低。當(dāng)分析物被注入時(shí),分析物-靶分子復(fù)合物在生物傳感器表面形成,導(dǎo)致反應(yīng)增強(qiáng)。而當(dāng)分析物被注入完畢后,分析物-靶分子復(fù)合物解離,導(dǎo)致反應(yīng)減弱。通過(guò)結(jié)合式相互作用模型擬合這種反應(yīng)曲線,動(dòng)力學(xué)常數(shù)便可被確定。而非特異性結(jié)合和總折射指數(shù)移相等效應(yīng)則可通過(guò)參照曲線減除功能予以驅(qū)除。
生物傳感器和微射流系統(tǒng)
SensiQ的SPR生物傳感器運(yùn)用了Texas Instruments公司研發(fā)的光學(xué)傳感器設(shè)計(jì),以及Kretschmann SPR幾何學(xué)構(gòu)建,靈敏度高,光學(xué)靜穩(wěn)。生物傳感器一次性使用,其羧基化表面適合于多種優(yōu)化鍵合方案。生物傳感器的安裝快捷,幾秒鐘便可完成,使用也非常簡(jiǎn)便。功能化的生物傳感器即便在儲(chǔ)存一段時(shí)間后仍可繼續(xù)使用。
SensiQ的雙通道nL數(shù)量級(jí)的流動(dòng)池設(shè)計(jì),利于實(shí)時(shí)的參照曲線減除,并保證分析物在生物傳感器的相互作用表面具有高傳質(zhì)性(Mass Transport)。最大地降低死體積和樣品散射,對(duì)于真實(shí)的和量化的動(dòng)力學(xué)和親和性數(shù)據(jù)的獲取至關(guān)重要。耐用的射流設(shè)計(jì)便于維修,明顯減少了停機(jī)時(shí)間。
表面等離子共振技術(shù)
表面等離子共振(SPR)是一種光學(xué)現(xiàn)象,可被用來(lái)實(shí)時(shí)跟蹤在天然狀態(tài)下生物分子間的相互作用。這種方法對(duì)生物分子無(wú)任何損傷,且不需任何標(biāo)記物。
先將一種生物分子(靶分子)鍵合在生物傳感器表面,再將含有另一種能與靶分子產(chǎn)生相互作用的生物分子(分析物)的溶液注入并流經(jīng)生物傳感器表面。生物分子間的結(jié)合引起生物傳感器表面質(zhì)量的增加,導(dǎo)致折射指數(shù)按同樣的比例增強(qiáng),生物分子間反應(yīng)的變化即被觀察到。這種反應(yīng)用反應(yīng)單位(RU)來(lái)衡量:1 RU = 1pg 蛋白/mm2 = 1 x 10-6 RIU(折射指數(shù)單位)。
分析物在被注入的過(guò)程中,由對(duì)流和擴(kuò)散流經(jīng)相互作用表面而與靶分子形成復(fù)合物,導(dǎo)致分析物濃度改變。微射流系統(tǒng)內(nèi)nL數(shù)量級(jí)流動(dòng)池的應(yīng)用,使得這種濃度的改變降至最低點(diǎn),以確保高傳質(zhì)系數(shù)(Mass Transport Coefficient,km)。為保證分析物的傳質(zhì)性不被限制,鍵合在生物傳感器表面的靶分子濃度必須較低。當(dāng)分析物被注入時(shí),分析物-靶分子復(fù)合物在生物傳感器表面形成,導(dǎo)致反應(yīng)增強(qiáng)。而當(dāng)分析物被注入完畢后,分析物-靶分子復(fù)合物解離,導(dǎo)致反應(yīng)減弱。通過(guò)結(jié)合式相互作用模型擬合這種反應(yīng)曲線,動(dòng)力學(xué)常數(shù)便可被確定。而非特異性結(jié)合和總折射指數(shù)移相等效應(yīng)則可通過(guò)參照曲線減除法予以驅(qū)除。
實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
親和分子對(duì)包括:
蛋白質(zhì)–蛋白質(zhì)(Protein–Protein)
多肽–受體(Peptide–Receptor)
抗體–抗原(Antibody–Antigen)
膜受體–配體(Membrane Receptor–Ligand)
凝集素–聚糖/糖蛋白(Lectin–Polysacharride/Glycoprotein)
蛋白質(zhì)–小分子(Protein–Small Molecule)
蛋白質(zhì)–核酸(Protein–Nucleic Acid)
細(xì)胞–配體(Cell–Ligand)
任何一對(duì)親和分子,一個(gè)(靶分子)被鍵合在生物傳感器表面,另一個(gè)(分析物)被置于溶液中。當(dāng)含有分析物的溶液流經(jīng)靶分子鍵合的生物傳感器表面時(shí),親和性復(fù)合物生成。
SensiQ配備雙通道流動(dòng)注射分析式微射流系統(tǒng),內(nèi)有85nL流動(dòng)池。SensiQ使用一次性的SPR生物傳感器,裝卸簡(jiǎn)便。生物傳感器表面包被有單層的羧基化寡聚環(huán)氧乙烷(Carboxylated Oligoethyleneoxide)基質(zhì),可鍵合多種生物分子,并有效地阻止非特異性結(jié)合及變性。靶生物分子的這種既被鍵合在固相生物傳感器表面,又存在于液相中的方式,增進(jìn)了兩種親和分子間的接觸性,同時(shí)避免了由于人為因素所造成的動(dòng)力學(xué)分析的復(fù)雜化。
SensiQ備有多種鍵合方案用于改進(jìn)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì),以支持生物分子的附著。最常用的偶聯(lián)方式是用EDC/NHS進(jìn)行胺偶聯(lián)。其它鍵合方式,例如順丁烯二酰亞胺-硫醇(Maleimide-thiol),還原胺化,酰肼-醛(Hydrazide-aldehyde),親和力捕獲等,亦可使用。SensiQ雙通道檢測(cè)中的一個(gè)通道可用于生成適當(dāng)?shù)膮⒄涨。當(dāng)表面化學(xué)物固定好以后,加入最多250 µl的樣品,緩沖液流經(jīng)生物傳感器表面時(shí)產(chǎn)生穩(wěn)定的基線。樣品注入和計(jì)時(shí)通過(guò)自動(dòng)化控制完成。通過(guò)實(shí)驗(yàn)設(shè)置向?qū)Чδ埽脩艨捎涗浂啻巫⑸渲芷,并具備高重?fù)性。
控制軟件
SensiQ的控制軟件在原始反應(yīng)曲線生成時(shí),同時(shí)并實(shí)時(shí)獲取和展示兩個(gè)通道內(nèi)的數(shù)據(jù)。參照通道內(nèi)的數(shù)據(jù)被減除,以補(bǔ)償熱漂移、非特異性結(jié)合、總折射指數(shù)移相等效應(yīng),從而得到清晰高質(zhì)的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)?刂栖浖诜磻(yīng)曲線上簡(jiǎn)單加入報(bào)告點(diǎn),用來(lái)確定樣品注入后產(chǎn)生的結(jié)合反應(yīng)。報(bào)告點(diǎn)的添加可在實(shí)驗(yàn)中的任何時(shí)候由人工進(jìn)行,或由程序預(yù)設(shè)在固定的實(shí)驗(yàn)周期之中。列于表格中的所有報(bào)告點(diǎn),連同相關(guān)的事件紀(jì)錄,均有案可查。數(shù)據(jù)文件被儲(chǔ)存后可被控制軟件重新打開(kāi)并編輯。
SensiQ控制軟件的簡(jiǎn)單明了的用戶界面,使得實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和進(jìn)行高效省時(shí)。實(shí)驗(yàn)向?qū)Чδ芎?jiǎn)化設(shè)置過(guò)程,提高實(shí)驗(yàn)重復(fù)性。
QDATTM分析軟件
反應(yīng)曲線的分析以及其后的動(dòng)力學(xué)和親和性數(shù)據(jù)測(cè)算通常繁瑣費(fèi)時(shí)。SensiQ的QDATTM分析軟件極大地簡(jiǎn)化了數(shù)據(jù)分析過(guò)程,為研究人員的動(dòng)力學(xué)和親和性測(cè)定提供了簡(jiǎn)單、省時(shí)、可信的手段。
QDATTM是在Biologic Software公司應(yīng)用廣泛的Clamp and Scrubber架構(gòu)之上開(kāi)發(fā)的最新一代分析軟件,可在幾分鐘內(nèi)成功分析采集到的高質(zhì)量數(shù)據(jù)。QDATTM的簡(jiǎn)明友好界面帶領(lǐng)用戶通過(guò)一系列步驟,幾秒鐘內(nèi)便完成信息的測(cè)算。QDATTM的模型擬合運(yùn)用數(shù)字整合及優(yōu)化的曲線擬合算法,迅速地估算最佳擬合參數(shù)值,確保相互作用模型和數(shù)據(jù)集的擬合,以測(cè)定動(dòng)力學(xué)和親和性常數(shù),以及濃度分析。QDATTM同時(shí)提供了簡(jiǎn)單殘差圖和殘差標(biāo)準(zhǔn)差,用來(lái)定量評(píng)估擬合的程度。QDATTM的動(dòng)力學(xué)擬合模型包括準(zhǔn)一級(jí)結(jié)合模型(Pseudo-first-order Binding Model)和準(zhǔn)一級(jí)傳質(zhì)結(jié)合模型(Pseudo-first-order Binding Model with Mass Transport)。
技術(shù)參數(shù)
一次性生物傳感器是
流動(dòng)池?cái)?shù)量2
流動(dòng)池選擇1,或2,或1和2
流動(dòng)池面積2.2 mm2
流動(dòng)池容積85 nL(高傳質(zhì)率)
樣品加入手動(dòng)(注射器)
樣品注入自動(dòng)電腦控制人工電腦控制
樣品雙通道同時(shí)注入是
樣品注入體積10–250 μL
樣品注射泵內(nèi)置式外接式
樣品流動(dòng)速率5–150 μL /分自定(< 250 μL /分)
內(nèi)部死體積< 1.5 μL
實(shí)時(shí)參照曲線減除是
折射指數(shù)范圍1.32–1.401.33–1.40
短期背景噪音< 0.25 RU< 1 RU
長(zhǎng)期背景噪音< 0.30 RU/分(當(dāng)環(huán)境變化 < 3°C /小時(shí))
溫度控制15–40°C室溫
尺寸(W x H x D)35.0 x 34.2 x 38.8 cm22.9 x 15.2 x 27.9 cm
重量15.9 kg3.6 kg
電源100–240 V,50/60 Hz
工作范圍
分子量低限< 200 Da< 250 Da
ka(結(jié)合速率常數(shù)) 1 x 107 M–1s–1
kd(解離速率常數(shù))10–6–10–1 s–1
KD(kd / ka)10–4–10–10 M
濃度< 10–10–10–3 M
傳感器表面化學(xué)
胺基偶聯(lián)固定(COOH1和COOH2芯片)
由于胺基基團(tuán)的普遍性,所以通過(guò)胺基偶聯(lián)固定配體適用于絕大部分的生物分子。到目前我們發(fā)現(xiàn)這種方法將配體隨機(jī)固定,通常得到高質(zhì)量的結(jié)果。因此通過(guò)沒(méi)必要直接固定特定位點(diǎn)。
最常用的方法是使用NHS和EDC含水混合物活化羧基產(chǎn)生胺基活性脂。這個(gè)流程有以下的幾個(gè)好處:
n 無(wú)需衍生作用,無(wú)需標(biāo)簽,可以固定絕大多數(shù)生物分子
n 產(chǎn)生大量穩(wěn)定的共價(jià)鍵,以防止配體從表面濾掉
n 在廣泛的pH值中是非常有效的
n 生物分子無(wú)需暴露在惡劣的條件中
n 很容易控制固定條件,可以防止與表面過(guò)度交叉連鎖
n 化學(xué)試劑制備,凍存數(shù)月
親和力捕獲表面組氨酸標(biāo)簽蛋白(HisCap和HisHiCap芯片)
ICx Nomadics公司的HisCap芯片使聚組氨酸標(biāo)簽蛋白的固定穩(wěn)定、可逆,也讓表面等離子共振(SPR)實(shí)驗(yàn)更加簡(jiǎn)單。連有固定蛋白的基線非常穩(wěn)定,可以做動(dòng)力學(xué)分析實(shí)驗(yàn)。
HisCap芯片:
n 提供一個(gè)直接固定His-tagged蛋白的最便利的手段。
n 也可以適用于任何帶有足夠數(shù)量的組氨酸殘基的蛋白。
HisCap芯片采用Hoffman-LaRoche研發(fā)建立的NTA-Ni技術(shù)來(lái)附著蛋白質(zhì)。在這種技術(shù)中,感興趣蛋白質(zhì)的組氨酸的側(cè)鏈咪唑與表面附著的NTA-Ni復(fù)合物共協(xié)作,如圖所示。只要蛋白質(zhì)有足夠的組氨酸,這種技術(shù)就非常有效。典型的組氨酸標(biāo)簽是6個(gè)組氨酸,但是3個(gè)也可以。
HisCap芯片優(yōu)勢(shì):
n 在實(shí)驗(yàn)室的重組蛋白工作中,His-tagging是一個(gè)長(zhǎng)期建立的標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)。
n 利用HisCap芯片捕獲His-tagged蛋白產(chǎn)生穩(wěn)定的基線。
n 在溫和的條件,可以再生芯片。例如EDTA或者咪唑。
n 可重復(fù)使用HisCap芯片。
囊泡捕獲膜受體相互作用(VesCap芯片)
利用ICX囊泡捕獲(VesCap)芯片可以研究分子與細(xì)胞膜、脂質(zhì)體的相互作用,進(jìn)行實(shí)時(shí)、無(wú)標(biāo)記的實(shí)驗(yàn)。在VesCap芯片中,脂雙層好像在自然細(xì)胞環(huán)境中,自身構(gòu)造中的各種細(xì)胞膜組分可以在細(xì)胞膜真實(shí)模型中自由混合。我們還不能確認(rèn)囊泡溶入單膜雙層,但是這在二維表面是極其可能。
n 一個(gè)好的實(shí)驗(yàn)?zāi)P蛻?yīng)包含藥物、毒素以及在細(xì)胞信號(hào)中所涉及的周邊膜關(guān)聯(lián)蛋白質(zhì)
n 膜蛋白和伴生蛋白只在真實(shí)的細(xì)胞膜中相互作用
n 可以固定著床在脂質(zhì)體的受體/配體
VesCap芯片性質(zhì):
n 脂雙層和膜蛋白的自身結(jié)構(gòu)依保持不變。在傳感器表面的囊泡捕獲是非共價(jià)的,允許任意方向上的膜組分自由融合。
n PEG-正葵胺層展示出一個(gè)簡(jiǎn)單的二維相互作用平面。
n 附著在表面的囊泡、脂類(lèi)體的制備很簡(jiǎn)單。
n VesCap化學(xué)特別適合一個(gè)過(guò)度表達(dá)表面受體的細(xì)胞系
n VesCap芯片的再生很簡(jiǎn)單。表面活化劑和溶劑的組合清除VesCap芯片表面所有的囊泡,從而再生VesCap芯片。
親和素-生物素固定(BioCap和AvCap芯片)
通過(guò)親和素-生物素為基礎(chǔ)的方法固定生物分子,操作簡(jiǎn)單、效果出色,在今天仍然廣受研究人員的歡迎。利用了這個(gè)技術(shù),BioCap芯片和AvCap芯片可靠固定配體。示意圖如下描繪了這兩種固定方法。主要優(yōu)勢(shì)在于:
n 不依賴于蛋白質(zhì)的等電點(diǎn)
n 只需要少量配體
n 可商業(yè)獲取,廣泛的生物素試劑
n 生物素試劑盒操作簡(jiǎn)單
n 固定只需要簡(jiǎn)單的注射
n 當(dāng)所需的Rmax達(dá)到時(shí),停止注射可以精確的控制固定結(jié)合物的濃度
n 相對(duì)于COOH芯片,表面具有很低的靜電電荷
n 一個(gè)生物素反應(yīng)通常產(chǎn)生足夠產(chǎn)物,可以無(wú)限量的固定。