可提供的所有試劑盒都有小容量(SV)和大容量(LV)的不同規(guī)格,可根據(jù)要處理的樣品量決定。 本文描述了2種MagNA Pure 96 DNA和病毒核酸試劑盒及其方法的特征和性能。
材料和方法
新的試劑盒及方法是用人EDTA血漿、枸櫞酸鹽血漿、血清和全血以及培養(yǎng)細(xì)胞(K562和HeLa)作為樣品材料開發(fā)和測(cè)試的。
全血不需要經(jīng)過預(yù)處理即可用于基因組DNA分離。 培養(yǎng)細(xì)胞小球在使用前要懸浮于PBS中。
在病毒核酸分離時(shí),使用前在樣品中添加不同量的DNA病毒(巨細(xì)胞病毒、EB病毒、細(xì)小病毒B19)和RNA病毒(甲型肝炎病毒、甲型H1N1流感病毒)。然后用移液管將樣品移入MagNA Pure 96儀器上的MagNA Pure 96處理盒中。所有樣品至少以8倍復(fù)制進(jìn)行試驗(yàn)。 根據(jù)實(shí)驗(yàn)需要,純化核酸的洗脫體積被設(shè)定為50μl、100μl或200μl。在LightCycler® 480儀器上采用吸光度(OD)測(cè)定、瓊脂糖凝膠電泳和/或參數(shù)特定的定量實(shí)時(shí)PCR和RT-PCR分析對(duì)洗脫液進(jìn)行分析。采用15μl各自混合母液和5μl各自洗脫液建立擴(kuò)增反應(yīng),運(yùn)行45個(gè)循環(huán)。
結(jié)果和討論
一般特征
試劑盒的組成:排列在試劑盤中的預(yù)裝式試劑容器,便于加載;分開放置、含磁珠(MGP)懸液的瓶子(圖1)。試劑盤和瓶子都在運(yùn)行前放入儀器抽屜中各自的位置。使用后容器可以方便地重新密封,并保存以待必要時(shí)進(jìn)行后續(xù)的運(yùn)行。MGP瓶具有特殊的瓶蓋,可以在儀器的針穿過后自動(dòng)重新密封。所有組件在室溫下都能保持穩(wěn)定。
MagNA Pure 96 DNA和病毒核酸小容量規(guī)格用于從200μl全血,或從5×105個(gè)培養(yǎng)細(xì)胞中分離基因組DNA。 它還可以從200μl血漿、血清或全血中分離病毒DNA或RNA。試劑盒包括3個(gè)預(yù)裝式試劑容器,每個(gè)容器最多可進(jìn)行192次反應(yīng)(即每個(gè)試劑盒進(jìn)行576次純化)。
MagNA Pure 96 DNA和病毒核酸試劑盒大容量規(guī)格用于從500μl或1000μl全血或從106個(gè)培養(yǎng)細(xì)胞中分離基因組DNA。 它能從500μl血漿、血清或全血,
或從1000μl血漿或血清中分離病毒DNA或RNA。試劑盒包括3個(gè)預(yù)裝式試劑 圖1:試劑盒組件。
容器, 每個(gè)容器最多可進(jìn)行96次反應(yīng)(500μl)或48次反應(yīng)(1000μl)
(即每個(gè)試劑盒分別進(jìn)行288或144次純化)。
如果需要的話,試劑盒可用于不同的優(yōu)化方法,包括外部溶解方法可供選用,從而允許在MagNA Pure 96儀器外進(jìn)行病毒滅活。對(duì)于所有方法,核酸從不同容量的樣品中都可以方便地洗脫,樣品的不同容量可以由用戶選擇。
基因組DNA
基因組DNA的分離及其后續(xù)分析顯示可重復(fù)性、產(chǎn)量、完整度和純度都很高。根據(jù)瓊脂糖凝膠分析,DNA片段平均顯著大于20 kb(圖2)。
圖2: 對(duì)血液中分離的
表1:典型的DNA產(chǎn)量和純度 | ||||
樣品類型 |
樣品量 |
DNA產(chǎn)量 (μg) |
DNA純度 (OD260/280) |
試劑盒類型 |
血 血 培養(yǎng)細(xì)胞 培養(yǎng)細(xì)胞 |
200 μl 500 μl 5 x 105 1 x 106 |
6.6 μg 16.5 μg 10.4 μg 22.0 μg |
1.9 2.0 2.0 2.0 |
SV LV SV LV |
病毒核酸
線性范圍
達(dá)到了純化病毒DNA和RNA的高產(chǎn)率。從較寬的濃度范圍分離病毒核酸是可能的(圖4)。
圖4: 線性范圍。 每份樣品中加樣濃度為10-106拷貝的Epstein-Barr病毒(EBV)DNA和甲型肝炎病毒RNA的分離。
內(nèi)部質(zhì)控和可重復(fù)性
MagNA Pure 96系統(tǒng)能在每次分離反應(yīng)中都包括一次內(nèi)部質(zhì)控(IC)。 IC從機(jī)載IC管中自動(dòng)移入每個(gè)孔中的溶解緩沖液中。在一次純化操作的所有96個(gè)孔中,采用稀釋的細(xì)小病毒B19質(zhì)粒作為IC,陰性血清作為樣品材料來檢查該功能。 IC的分離具有很高的可重復(fù)性(圖5)。
圖5: 內(nèi)部質(zhì)控品。從所處理樣品盒的所
有96個(gè)孔中分離出的細(xì)小病毒B19內(nèi)部質(zhì)
控品的PCR分析。
交叉污染試驗(yàn)
進(jìn)行這些試驗(yàn)是為了考查MagNA Pure 96儀器上可能孔間污染的程度。 細(xì)小病毒B19被選作這些試驗(yàn)的敏感參數(shù);檢測(cè)極限大約為每次PCR 2.5個(gè)拷貝。 然后以5×107拷貝/ml(=檢測(cè)極限以上106倍)向血漿加樣,用大容量方法(500μl樣品)和50μl洗脫體積在MagNA Pure 96儀器處理。
進(jìn)行3次“棋盤式”運(yùn)行(每次有48份陽性加樣血漿樣品和48份陰性未加樣血漿樣品排列成棋盤狀)。 在LightCycler® 480儀器上對(duì)洗脫液進(jìn)行分析。 在這些條件下未發(fā)現(xiàn)交叉污染(圖6)。
圖6: 交叉污染試驗(yàn)。48份陽性和48份陰性樣品排列成棋盤狀,經(jīng)過處理,進(jìn)行交叉污染分析。所有陰性樣品鑒定結(jié)果均為“陰性”,而所有陽性樣品和所有質(zhì)控品都顯示了預(yù)期的信號(hào)。 該試驗(yàn)重復(fù)了3次,均得到相同的結(jié)果。
產(chǎn)品 包裝大小 編號(hào) MagNA Pure 96高通量全自動(dòng)核酸分離純化系統(tǒng) 儀器、質(zhì)控品、軟件、所有配件 3×96次純化 05 195 322 001 05 467 497 001 05 467 454 001 05 467 543 001 05 467 535 001
“血漿用”和“通用”方法
在方法優(yōu)化期間發(fā)現(xiàn),有些樣品材料(即:血清、全血和枸櫞酸鹽血漿)在與“標(biāo)準(zhǔn)”材料EDTA血漿不同的工作流程下能得到更好的結(jié)果。因此,在“血漿用操作方法”之外,還提供另一種“通用操作方法”,后者能使這些樣品類型得到更好的結(jié)果(達(dá)到5個(gè)交叉閾值)。 選用“通用操作方法”這個(gè)名稱是因?yàn)檫@些方法對(duì)于血清、全血和枸櫞酸鹽血漿,優(yōu)于“血漿用操作方法”;而對(duì)于EDTA血漿,至少對(duì)所檢測(cè)的病毒(甲型肝炎病毒、甲型H1N1流感、EB病毒、巨細(xì)胞病毒)是與“血漿用操作方法”相等的。 由于結(jié)果可能隨個(gè)別實(shí)驗(yàn)設(shè)備和所檢測(cè)參數(shù)的不同而變化,因此在儀器的方法菜單中提供不同的方法供選擇,使用戶能選擇對(duì)實(shí)際應(yīng)用的最佳解決方案。
結(jié)論
新的MagNA Pure 96 DNA和病毒核酸試劑盒能從多種樣品材料中全自動(dòng)高效分離DNA和病毒核酸,具有高速和高產(chǎn)率。用戶可以根據(jù)特殊需要在幾個(gè)不同方法間作出選擇。此外,該試劑盒所能用處理的樣品容量范圍也很大。因此,對(duì)于檢測(cè)工作量大的實(shí)驗(yàn)室來說,新的試劑盒將成為有用的工具。
MagNA Pure 96 DNA和病毒核酸小容量試劑盒
MagNA Pure 96 DNA和病毒核酸大容量試劑盒
MagNA Pure 96細(xì)胞RNA小容量試劑盒
MagNA Pure 96細(xì)胞RNA大容量試劑盒
3×192次純化
3×192次純化
3×96次純化