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全新MagNA Pure 96核酸系統(tǒng)-兼顧快速和高產(chǎn)的解決方案

瀏覽次數(shù):4886 發(fā)布日期:2010-2-3  來源:羅氏
Michael Kirchgesser*, Agnes Aschenbrenner, Irene Huber, Sarah Müller, Heike Girgnhuber, Hubert Schuldlos, Anna Werner, Werner Malmberg, Robert Steiner, Martin Victor, Thomas Kirschbaum, Claudia Kappelsberger, Michael Knoll, and Peter Wenzig

德國匹茨堡,羅氏應(yīng)用科學(xué)部
*
通訊作者:

前言
MagNA Pure 96是最近進(jìn)入市場(chǎng)的一種全新儀器:它是一種全自動(dòng)、超高速的系統(tǒng),它能用于將高質(zhì)量核酸從各種樣品類型中高速分離,1小時(shí)以內(nèi)即可完成多至96個(gè)樣本的自動(dòng)純化,處理的樣品容量最高達(dá)到1 ml。該系統(tǒng)采用裝有預(yù)裝式即用型試劑的優(yōu)化試劑盒,并配有相應(yīng)的自動(dòng)分離方法。 這種試劑盒的配置基于沿用已久的磁珠技術(shù),后者成功用于不同的MagNA Pure系統(tǒng)已有多年。MagNA Pure 96試劑盒由配有不同預(yù)裝式密封緩沖液容器的試劑盤和含磁粉的專用瓶組成。

可提供的所有試劑盒都有小容量(SV)和大容量(LV)的不同規(guī)格,可根據(jù)要處理的樣品量決定。 本文描述了2MagNA Pure 96 DNA和病毒核酸試劑盒及其方法的特征和性能。

材料和方法
新的試劑盒及方法是用人EDTA血漿、枸櫞酸鹽血漿、血清和全血以及培養(yǎng)細(xì)胞(K562HeLa)作為樣品材料開發(fā)和測(cè)試的。
全血不需要經(jīng)過預(yù)處理即可用于基因組DNA分離。 培養(yǎng)細(xì)胞小球在使用前要懸浮于PBS中。

在病毒核酸分離時(shí),使用前在樣品中添加不同量的DNA病毒(巨細(xì)胞病毒、EB病毒、細(xì)小病毒B19)和RNA病毒(甲型肝炎病毒、甲型H1N1流感病毒)。然后用移液管將樣品移入MagNA Pure 96儀器上的MagNA Pure 96處理盒中。所有樣品至少以8倍復(fù)制進(jìn)行試驗(yàn)。 根據(jù)實(shí)驗(yàn)需要,純化核酸的洗脫體積被設(shè)定為50μl、100μl200μl。在LightCycler® 480儀器上采用吸光度(OD)測(cè)定、瓊脂糖凝膠電泳和/或參數(shù)特定的定量實(shí)時(shí)PCRRT-PCR分析對(duì)洗脫液進(jìn)行分析。采用15μl各自混合母液和5μl各自洗脫液建立擴(kuò)增反應(yīng),運(yùn)行45個(gè)循環(huán)。

結(jié)果和討論
一般特征
試劑盒的組成:排列在試劑盤中的預(yù)裝式試劑容器,便于加載;分開放置、含磁珠(MGP)懸液的瓶子(圖1)。試劑盤和瓶子都在運(yùn)行前放入儀器抽屜中各自的位置。使用后容器可以方便地重新密封,并保存以待必要時(shí)進(jìn)行后續(xù)的運(yùn)行。MGP瓶具有特殊的瓶蓋,可以在儀器的針穿過后自動(dòng)重新密封。所有組件在室溫下都能保持穩(wěn)定。

MagNA Pure 96 DNA
和病毒核酸小容量規(guī)格用于從200μl全血,或從5×105個(gè)培養(yǎng)細(xì)胞中分離基因組DNA。 它還可以從200μl血漿、血清或全血中分離病毒DNARNA。試劑盒包括3個(gè)預(yù)裝式試劑容器,每個(gè)容器最多可進(jìn)行192次反應(yīng)(即每個(gè)試劑盒進(jìn)行576次純化)。

MagNA Pure 96 DNA和病毒核酸試劑盒大容量規(guī)格用于從500μl1000μl全血或從106個(gè)培養(yǎng)細(xì)胞中分離基因組DNA。 它能從500μl血漿、血清或全血,
或從
1000μl血漿或血清中分離病毒DNARNA。試劑盒包括3個(gè)預(yù)裝式試劑        1:試劑盒組件。
容器, 每個(gè)容器最多可進(jìn)行96次反應(yīng)(500μl)或48次反應(yīng)(1000μl
(即每個(gè)試劑盒分別進(jìn)行288144次純化)。  

如果需要的話,試劑盒可用于不同的優(yōu)化方法,包括外部溶解方法可供選用,從而允許在MagNA Pure 96儀器外進(jìn)行病毒滅活。對(duì)于所有方法,核酸從不同容量的樣品中都可以方便地洗脫,樣品的不同容量可以由用戶選擇。

基因組DNA
基因組DNA的分離及其后續(xù)分析顯示可重復(fù)性、產(chǎn)量、完整度和純度都很高。根據(jù)瓊脂糖凝膠分析,DNA片段平均顯著大于20 kb(圖2)。



2: 對(duì)血液中分離的
DNA的瓊脂糖凝膠(顯示20個(gè)復(fù)本)。 21 kb位置的DNA帶顯示了分離DNA的高完整度。 (M=分子量標(biāo)記III

     
1總結(jié)了典型的DNA產(chǎn)率和純度。請(qǐng)注意產(chǎn)率顯著依賴于血細(xì)胞數(shù),因此變化可能達(dá)到2倍。 

1:典型的DNA產(chǎn)量和純度

樣品類型

樣品量

DNA產(chǎn)量 (μg

DNA純度 (OD260/280

試劑盒類型

培養(yǎng)細(xì)胞

培養(yǎng)細(xì)胞

200 μl

500 μl

5 x 105

1 x 106

6.6 μg

16.5 μg

10.4 μg

22.0 μg

1.9

2.0

2.0

2.0

SV

LV

SV

LV

LightCycler® 480儀器中進(jìn)行的PCR之前的稀釋實(shí)驗(yàn)所示(數(shù)據(jù)未顯示),DNA也被證明不含PCR抑制劑。用不同量的血液與樣品檢測(cè)了該程序的可量測(cè)性。結(jié)果見圖3。
                                





3: 可量測(cè)性。
 從不同量血液中分離的DNA的瓊脂糖凝膠分析顯示純化法的可量測(cè)性良好。



病毒核酸
線性范圍
達(dá)到了純化病毒DNARNA的高產(chǎn)率。從較寬的濃度范圍分離病毒核酸是可能的(圖4)。





4: 線性范圍。
每份樣品中加樣濃度為10-106拷貝的Epstein-Barr病毒(EBVDNA和甲型肝炎病毒RNA的分離。





內(nèi)部質(zhì)控和可重復(fù)性
MagNA Pure 96系統(tǒng)能在每次分離反應(yīng)中都包括一次內(nèi)部質(zhì)控(IC)。 IC從機(jī)載IC管中自動(dòng)移入每個(gè)孔中的溶解緩沖液中。在一次純化操作的所有96個(gè)孔中,采用稀釋的細(xì)小病毒B19質(zhì)粒作為IC,陰性血清作為樣品材料來檢查該功能。 IC的分離具有很高的可重復(fù)性(圖5)。





圖5: 內(nèi)部質(zhì)控品。
從所處理樣品盒的所
96個(gè)孔中分離出的細(xì)小病毒B19內(nèi)部質(zhì)
控品的
PCR分析。

 



交叉污染試驗(yàn)
進(jìn)行這些試驗(yàn)是為了考查MagNA Pure 96儀器上可能孔間污染的程度。 細(xì)小病毒B19被選作這些試驗(yàn)的敏感參數(shù);檢測(cè)極限大約為每次PCR 2.5個(gè)拷貝。 然后以5×107拷貝/ml=檢測(cè)極限以上106倍)向血漿加樣,用大容量方法(500μl樣品)和50μl洗脫體積在MagNA Pure 96儀器處理。

進(jìn)行3棋盤式運(yùn)行(每次有48份陽性加樣血漿樣品和48份陰性未加樣血漿樣品排列成棋盤狀)。 在LightCycler® 480儀器上對(duì)洗脫液進(jìn)行分析。 在這些條件下未發(fā)現(xiàn)交叉污染(圖6)。
 




6 交叉污染試驗(yàn)。48份陽性和48份陰性樣品排列成棋盤狀,經(jīng)過處理,進(jìn)行交叉污染分析。所有陰性樣品鑒定結(jié)果均為陰性,而所有陽性樣品和所有質(zhì)控品都顯示了預(yù)期的信號(hào)。 該試驗(yàn)重復(fù)了3次,均得到相同的結(jié)果。




血漿用通用方法
在方法優(yōu)化期間發(fā)現(xiàn),有些樣品材料(即:血清、全血和枸櫞酸鹽血漿)在與標(biāo)準(zhǔn)材料EDTA血漿不同的工作流程下能得到更好的結(jié)果。因此,在血漿用操作方法之外,還提供另一種通用操作方法,后者能使這些樣品類型得到更好的結(jié)果(達(dá)到5個(gè)交叉閾值)。 選用通用操作方法這個(gè)名稱是因?yàn)檫@些方法對(duì)于血清、全血和枸櫞酸鹽血漿,優(yōu)于血漿用操作方法;而對(duì)于EDTA血漿,至少對(duì)所檢測(cè)的病毒(甲型肝炎病毒、甲型H1N1流感、EB病毒、巨細(xì)胞病毒)是與血漿用操作方法相等的。 由于結(jié)果可能隨個(gè)別實(shí)驗(yàn)設(shè)備和所檢測(cè)參數(shù)的不同而變化,因此在儀器的方法菜單中提供不同的方法供選擇,使用戶能選擇對(duì)實(shí)際應(yīng)用的最佳解決方案。

結(jié)論
新的MagNA Pure 96 DNA和病毒核酸試劑盒能從多種樣品材料中全自動(dòng)高效分離DNA和病毒核酸,具有高速和高產(chǎn)率。用戶可以根據(jù)特殊需要在幾個(gè)不同方法間作出選擇。此外,該試劑盒所能用處理的樣品容量范圍也很大。因此,對(duì)于檢測(cè)工作量大的實(shí)驗(yàn)室來說,新的試劑盒將成為有用的工具。
 

產(chǎn)品

包裝大小

編號(hào)

MagNA Pure 96高通量全自動(dòng)核酸分離純化系統(tǒng)


MagNA Pure 96 DNA
和病毒核酸小容量試劑盒

MagNA Pure 96 DNA
和病毒核酸大容量試劑盒

MagNA Pure 96
細(xì)胞RNA小容量試劑盒

MagNA Pure 96細(xì)胞RNA大容量試劑盒

儀器、質(zhì)控品、軟件、所有配件

3×192
次純化

3×96次純化

3×192次純化

3×96
次純化

05 195 322 001

05 467 497 001

05 467 454 001

05 467 543 001

05 467 535 001

來源:羅氏診斷產(chǎn)品(上海)有限公司
聯(lián)系電話:800-820-8864 400-820-8864
E-mail:china.lifescience@roche.com

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