使用ProteOn XPR36系統(tǒng)進(jìn)行抗體篩選和優(yōu)化，Bio-Rad公司給出了一個(gè)完全不同于傳統(tǒng)方法的新工作流程，如下圖所示。
   第一步，橫向6個(gè)通道上標(biāo)記捕獲試劑，即可以和單抗結(jié)合的分子，如Anti-mouse IgG、Protein A/G等，如果篩選抗體Fab段，可以標(biāo)記Anti-(Fab’)₂。標(biāo)記完成后，通道旋轉(zhuǎn)90°變成縱向，進(jìn)入第二步。
    第二步是從細(xì)胞培養(yǎng)液中捕獲單抗，一次最多流過6個(gè)克隆。如果表達(dá)有單抗，儀器會顯示出一條向上的曲線，并且濃度越高，曲線上升得越快。如果定義了標(biāo)準(zhǔn)曲線，可以把濃度數(shù)值算出來。這一步完成后，抗體或抗體片段就結(jié)合在了捕獲試劑上。
    第三步，通道再轉(zhuǎn)回橫向，流過5個(gè)不同濃度的抗原分子加一個(gè)緩沖液作為陰性對照。這一步可以得出下圖右下方所示的6幅動力學(xué)反應(yīng)曲線，分別代表6個(gè)克隆的單抗和抗原反應(yīng)的結(jié)果，我們可以據(jù)此計(jì)算出6個(gè)抗體和抗原的動力學(xué)數(shù)據(jù)和親和力常數(shù)。
第四步，用磷酸或pH2.0的甘氨酸溶液再生，把抗原連同抗體一塊兒從捕獲試劑上洗下來，為檢測下一批單抗做準(zhǔn)備。