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全轉(zhuǎn)錄組測序可同時對同一樣本中的mRNA、miRNA、lncRNA及circRNA進(jìn)行測序分析。
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產(chǎn)品簡介
全轉(zhuǎn)錄組是特定組織或細(xì)胞在特定狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生所有RNA總和，包含編碼RNA和非編碼RNA，目前非編碼RNA研究主要集中在具有調(diào)控功能的small RNA（以miRNA為代表），長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA, lncRNA）和環(huán)狀RNA（circular RNA, circRNA）。全轉(zhuǎn)錄組測序可同時對同一樣本中的mRNA、miRNA、lncRNA及circRNA進(jìn)行測序分析，快速全面準(zhǔn)確地獲得與特定生物學(xué)過程相關(guān)的RNA及ceRNA調(diào)控機(jī)制，有助于深入挖掘生命現(xiàn)象背后的轉(zhuǎn)錄調(diào)控問題。
產(chǎn)品優(yōu)勢
1份總RNA，2種文庫，4種RNA分析，省時省量；
全面ceRNA關(guān)聯(lián)分析，深入探究轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制；
兩者、三者及四者聯(lián)合分析，發(fā)表多篇文章，性價比高；
標(biāo)準(zhǔn)分析+個性化分析+多組學(xué)聯(lián)合分析，專業(yè)全面；
同一批樣本，可比性更強(qiáng)。
技術(shù)路線
結(jié)果展示
差異表達(dá)RNA分析
全基因組范圍內(nèi)的差異分析可以發(fā)現(xiàn)多組樣品之間的差異mRNA、circRNA、miRNA及l(fā)ncRNA。根據(jù)每種RNA類型的數(shù)據(jù)，對差異分組之間進(jìn)行差異RNA篩選，然后通過餅圖展示同一差異組合不同類型RNA所篩選出的差異RNA數(shù)目。
關(guān)鍵基因KEGG通路整合分析
根據(jù)RNA之間復(fù)雜調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，基于隨機(jī)游走方式選擇網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵RNA中的基因進(jìn)行通路富集分析，選擇最顯著富集的前5個通路。提取這5個通路中基因與基因之間的關(guān)系整合成通路網(wǎng)絡(luò)，并將關(guān)鍵基因比對到通路網(wǎng)絡(luò)，更直觀展示RNA之間的調(diào)控關(guān)系。
差異基因相關(guān)靶向RNA分析
差異mRNA，差異lncRNA的所有靶基因，差異miRNA的所有靶基因，差異circRNA的所有來源基因的交集以Venn圖的形式展示，有助于快速篩選調(diào)控mRNA的非編碼RNA。
差異lncRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
基于ceRNA網(wǎng)絡(luò)，對每個差異組合提取三者都差異的關(guān)系對，采用Cytoscape繪制網(wǎng)絡(luò)圖，篩選與表型性狀相關(guān)的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
常見問題
1、Q：全轉(zhuǎn)錄組測序物種適用范圍是什么？
A：適用有完善參考基因組的真核生物。
2、Q：全轉(zhuǎn)錄組一般推薦數(shù)據(jù)量？
A：普通二倍體物種一般推薦16G+10M，多倍體物種可以測16G+20M。
3、Q：全轉(zhuǎn)錄組建庫方式有幾種？
A：有兩種建庫方案： 第一種方案：構(gòu)建2個文庫，1）去核糖體鏈特異性文庫：分析lncRNA、circRNA及mRNA；2）小RNA文庫：分析miRNA。 第二種建庫方案，構(gòu)建3個文庫，1）去核糖體鏈特異性文庫：分析lncRNA和mRNA；2）去核糖體去線性鏈特異性文庫：分析circRNA；3）小RNA文庫：分析miRNA。
全轉(zhuǎn)錄組是特定組織或細(xì)胞在特定狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生所有RNA總和，包含編碼RNA和非編碼RNA，目前非編碼RNA研究主要集中在具有調(diào)控功能的small RNA（以miRNA為代表），長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA, lncRNA）和環(huán)狀RNA（circular RNA, circRNA）。全轉(zhuǎn)錄組測序可同時對同一樣本中的mRNA、miRNA、lncRNA及circRNA進(jìn)行測序分析，快速全面準(zhǔn)確地獲得與特定生物學(xué)過程相關(guān)的RNA及ceRNA調(diào)控機(jī)制，有助于深入挖掘生命現(xiàn)象背后的轉(zhuǎn)錄調(diào)控問題。
產(chǎn)品優(yōu)勢
1份總RNA，2種文庫，4種RNA分析，省時省量；
全面ceRNA關(guān)聯(lián)分析，深入探究轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制；
兩者、三者及四者聯(lián)合分析，發(fā)表多篇文章，性價比高；
標(biāo)準(zhǔn)分析+個性化分析+多組學(xué)聯(lián)合分析，專業(yè)全面；
同一批樣本，可比性更強(qiáng)。
技術(shù)路線
結(jié)果展示
差異表達(dá)RNA分析
全基因組范圍內(nèi)的差異分析可以發(fā)現(xiàn)多組樣品之間的差異mRNA、circRNA、miRNA及l(fā)ncRNA。根據(jù)每種RNA類型的數(shù)據(jù)，對差異分組之間進(jìn)行差異RNA篩選，然后通過餅圖展示同一差異組合不同類型RNA所篩選出的差異RNA數(shù)目。
關(guān)鍵基因KEGG通路整合分析
根據(jù)RNA之間復(fù)雜調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，基于隨機(jī)游走方式選擇網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵RNA中的基因進(jìn)行通路富集分析，選擇最顯著富集的前5個通路。提取這5個通路中基因與基因之間的關(guān)系整合成通路網(wǎng)絡(luò)，并將關(guān)鍵基因比對到通路網(wǎng)絡(luò)，更直觀展示RNA之間的調(diào)控關(guān)系。
差異基因相關(guān)靶向RNA分析
差異mRNA，差異lncRNA的所有靶基因，差異miRNA的所有靶基因，差異circRNA的所有來源基因的交集以Venn圖的形式展示，有助于快速篩選調(diào)控mRNA的非編碼RNA。
差異lncRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
基于ceRNA網(wǎng)絡(luò)，對每個差異組合提取三者都差異的關(guān)系對，采用Cytoscape繪制網(wǎng)絡(luò)圖，篩選與表型性狀相關(guān)的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
常見問題
1、Q：全轉(zhuǎn)錄組測序物種適用范圍是什么？
A：適用有完善參考基因組的真核生物。
2、Q：全轉(zhuǎn)錄組一般推薦數(shù)據(jù)量？
A：普通二倍體物種一般推薦16G+10M，多倍體物種可以測16G+20M。
3、Q：全轉(zhuǎn)錄組建庫方式有幾種？
A：有兩種建庫方案： 第一種方案：構(gòu)建2個文庫，1）去核糖體鏈特異性文庫：分析lncRNA、circRNA及mRNA；2）小RNA文庫：分析miRNA。 第二種建庫方案，構(gòu)建3個文庫，1）去核糖體鏈特異性文庫：分析lncRNA和mRNA；2）去核糖體去線性鏈特異性文庫：分析circRNA；3）小RNA文庫：分析miRNA。
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