MeDIP-Seq是基于免疫富集原理進(jìn)行的全基因組DNA甲基化研究方法,它是通過5'-甲基胞嘧啶(5mC)抗體將基因組中的DNA甲基化區(qū)域富集后進(jìn)行二代高通量測序,從而檢測基因組上高CpG區(qū)域的甲基化位點(diǎn)。研究者通過MeDIP-Seq技術(shù)可以快速準(zhǔn)確地尋找樣品間相對DNA甲基化差異區(qū)域,進(jìn)行不同細(xì)胞、組織及疾病樣本間的DNA甲基化修飾模式的差異分析,并可對發(fā)現(xiàn)的靶點(diǎn)區(qū)進(jìn)行甲基化特異性PCR驗(yàn)證,特別適用于大樣本量的疾病表觀研究。該方法可以高效、經(jīng)濟(jì)地比較大樣本量細(xì)胞、組織等樣品間的相對甲基化差異,且成本較低,適合多樣品DNA表觀遺傳學(xué)的研究。
技術(shù)優(yōu)勢
★ 高性價(jià)比:通過抗體富集高甲基化區(qū)域進(jìn)行測序,有效降低項(xiàng)目成本
★ 精確度高:基因組位點(diǎn)定位精確性可達(dá)±50bp
★ 可靠性高:直接對富集的甲基化片段進(jìn)行測序和定量,無交叉反應(yīng)和背景噪音。
★ 周期短:相比于Bisulfite sequencing技術(shù),能夠快速比較樣本間的相對甲基化差異。
★ 可重復(fù)性高
技術(shù)路線
生物信息分析流程
研究內(nèi)容
l 標(biāo)準(zhǔn)信息分析
1. 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估與過濾(去接頭污染、去低質(zhì)量reads等)
2. 測序數(shù)據(jù)與參考基因組序列的比對
3. MeDIP測序數(shù)據(jù)的全基因組分布趨勢
3.1 測序數(shù)據(jù)在每條染色體上的分布
3.2 測序數(shù)據(jù)在全基因組上的覆蓋深度
3.3 測序數(shù)據(jù)在不同CpG密度區(qū)域中的分布
3.4 測序數(shù)據(jù)在不同功能元件上的分布
3.5 測序數(shù)據(jù)在不同GC含量區(qū)域的分布
4. 測序數(shù)據(jù)的Genome Browser可視化
5. 測序數(shù)據(jù)富集區(qū)域(Peak)統(tǒng)計(jì)分析
6. 基于Peak的差異甲基化基因的功能分析
l 高級信息分析
1. MeDIP與小RNA聯(lián)合分析
2. MeDIP與mRNA表達(dá)數(shù)據(jù)聯(lián)合分析
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上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司專注于新一代DNA高通量測序技術(shù)的應(yīng)用和推廣、生物信息分析、臨床診斷試劑盒研發(fā)和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究,是上海張江高科技園區(qū)、張江藥谷重點(diǎn)支持企業(yè),華東師范大學(xué)戰(zhàn)略合作單位。目前,美吉生物在上海、北京、廣州三個(gè)一線城市建立了實(shí)驗(yàn)基地,銷售網(wǎng)絡(luò)遍布全國各地。
美吉生物擁有世界一流的測序平臺,在ABI3730xl常規(guī)測序平臺的基礎(chǔ)上,先后引進(jìn)了羅氏454高通量測序平臺和Illumina高通量測序平臺,專業(yè)提供動(dòng)植物基因組測序、微生物基因組測序、宏基因組測序、轉(zhuǎn)錄組測序、小RNA測序、基因表達(dá)譜分析等技術(shù)服務(wù)。
美吉生物擁有一支實(shí)力雄厚的技術(shù)團(tuán)隊(duì),有從事分子生物學(xué)研究十多年、經(jīng)驗(yàn)豐富的技術(shù)骨干,也有創(chuàng)新進(jìn)取、拼勁十足的希望之星。技術(shù)團(tuán)隊(duì)經(jīng)驗(yàn)豐富,曾參與水稻、番茄、家蠶等多項(xiàng)大型基因組學(xué)項(xiàng)目,可以為您提供專業(yè)、合理、高性價(jià)比的實(shí)驗(yàn)方案。
生物信息學(xué)是國際前沿的新興學(xué)科,近年來發(fā)展迅猛。美吉生物擁有一支具有國際一流水平的生物信息分析團(tuán)隊(duì),不僅可以提供標(biāo)準(zhǔn)流程化的生物信息分析,還可以根據(jù)不同的課題需求,提供個(gè)性化的深度數(shù)據(jù)挖掘。
B2B(Bench to Bedside)的轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)模式,大大縮短了醫(yī)學(xué)科學(xué)從基礎(chǔ)研究到臨床應(yīng)用的時(shí)間,加速了人類進(jìn)入基因組醫(yī)學(xué)時(shí)代的步伐;趯ξ磥磲t(yī)學(xué)發(fā)展趨勢的充分理解,美吉生物和國內(nèi)多家著名三甲醫(yī)院聯(lián)合建立了轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心,開展轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究,以迎接基因組醫(yī)學(xué)時(shí)代的到來。
美吉生物秉承“專業(yè)、卓越”的企業(yè)理念,“以客戶為本,讓客戶滿意”的服務(wù)宗旨,一如既往地致力于提供高品質(zhì)、高效率的技術(shù)服務(wù),努力將公司打造成為國內(nèi)一流企業(yè)。因?yàn)榫礃I(yè),所以專業(yè);因?yàn)閷I(yè),所以選擇;選擇美吉,選擇滿意!