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MeDIP-Seq及分析
MeDIP-Seq是基于免疫富集原理進(jìn)行的全基因組DNA甲基化研究方法,它是通過將基因組中的DNA甲基化區(qū)域富集后進(jìn)行二代高通量測序,從而檢測基因組上高CpG區(qū)域的甲基化位點(diǎn)。
服務(wù)類別:測序/合成總訪問:1499
最后更新:2015-7-14半年訪問:55
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  • 公司簡介
    MeDIP-Seq是基于免疫富集原理進(jìn)行的全基因組DNA甲基化研究方法,它是通過5'-甲基胞嘧啶(5mC)抗體將基因組中的DNA甲基化區(qū)域富集后進(jìn)行二代高通量測序,從而檢測基因組上高CpG區(qū)域的甲基化位點(diǎn)。研究者通過MeDIP-Seq技術(shù)可以快速準(zhǔn)確地尋找樣品間相對DNA甲基化差異區(qū)域,進(jìn)行不同細(xì)胞、組織及疾病樣本間的DNA甲基化修飾模式的差異分析,并可對發(fā)現(xiàn)的靶點(diǎn)區(qū)進(jìn)行甲基化特異性PCR驗(yàn)證,特別適用于大樣本量的疾病表觀研究。該方法可以高效、經(jīng)濟(jì)地比較大樣本量細(xì)胞、組織等樣品間的相對甲基化差異,且成本較低,適合多樣品DNA表觀遺傳學(xué)的研究。

技術(shù)優(yōu)勢

★ 高性價(jià)比:通過抗體富集高甲基化區(qū)域進(jìn)行測序,有效降低項(xiàng)目成本
★ 精確度高:基因組位點(diǎn)定位精確性可達(dá)±50bp
★ 可靠性高:直接對富集的甲基化片段進(jìn)行測序和定量,無交叉反應(yīng)和背景噪音。
★ 周期短:相比于Bisulfite sequencing技術(shù),能夠快速比較樣本間的相對甲基化差異。
★ 
可重復(fù)性高

技術(shù)路線

生物信息分析流程

研究內(nèi)容

標(biāo)準(zhǔn)信息分析

1. 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估與過濾(去接頭污染、去低質(zhì)量reads等)

2. 測序數(shù)據(jù)與參考基因組序列的比對

3. MeDIP測序數(shù)據(jù)的全基因組分布趨勢

3.1 測序數(shù)據(jù)在每條染色體上的分布

3.2 測序數(shù)據(jù)在全基因組上的覆蓋深度

3.3 測序數(shù)據(jù)在不同CpG密度區(qū)域中的分布

3.4 測序數(shù)據(jù)在不同功能元件上的分布

3.5 測序數(shù)據(jù)在不同GC含量區(qū)域的分布

4. 測序數(shù)據(jù)的Genome Browser可視化

5. 測序數(shù)據(jù)富集區(qū)域(Peak)統(tǒng)計(jì)分析

6. 基于Peak的差異甲基化基因的功能分析

高級信息分析

1. MeDIP與小RNA聯(lián)合分析

2. MeDIPmRNA表達(dá)數(shù)據(jù)聯(lián)合分析

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