新一代測序(NGS)的創(chuàng)新正在幫助基因組學界提出和回答越來越復雜 的科學問題。在腫瘤學、微生物組研究、單細胞研究和其他新興的應用 領域,研究人員需要借助更高深度和更低成本的測序來推動樣本更多、 規(guī)模更大的研究。 Illumina 致力于為用戶提供創(chuàng)新的技術和系統(tǒng),以此來促進基因組、 轉錄組和表觀基因組領域的探索,支持這些研究的擴展。在過去的 20 年里,Illumina 引領了測序技術的變革,改善了整個工作流程的性能, 使之更簡便易用并降低了成本。NextSeq 2000(圖 1) 測序系統(tǒng)延續(xù)了這一傳統(tǒng)(表 1)。這些革命性的平臺提供了突破性的 系統(tǒng)設計、創(chuàng)新的測序化學技術、廣泛的文庫試劑兼容性,以及可快速 進行二級分析的機載生信分析軟件。 現(xiàn)在,我們有了可擴展的 Illumina NextSeq 2000 測 序系統(tǒng)平臺,為今后的研究提供保障。
圖 1:NextSeq 2000 測序系統(tǒng)——Illumina 最新的 NGS 系統(tǒng),具有創(chuàng)新的設計、 先進的測序化學體系、機載生物信息工具以及簡便的工作流程,可在臺式測序儀 上實現(xiàn)廣泛的應用。
借助開創(chuàng)性臺式系統(tǒng),挖掘更多信息
NextSeq 2000 測序系統(tǒng)利用光學系統(tǒng)、儀器設計和 試劑化學領域的最新進展,實現(xiàn)了微型化的測序反應體積,同時還提高 了產(chǎn)能,降低了每次運行的成本,F(xiàn)在,用戶可以在臺式測序系統(tǒng)上獲 得擴大研究規(guī)模和范圍所需的通量、質(zhì)量和成本。
更高的產(chǎn)出是最直觀的體驗
NextSeq 2000 測序系統(tǒng)采用了與 NovaSeq™ 6000 系 統(tǒng)類似的圖案化流動槽。該臺式測序平臺具備高度的靈活性和可擴展性, 在迄今為止的市售 NGS 平臺中,它應用了最高簇密度的流動槽,從而 降低了每 Gb 的測序運行成本。 為了充分利用這些高密度流動槽,NextSeq 2000 測序系統(tǒng)專門配備了新型超高分辨率光學系統(tǒng)。與傳統(tǒng)臺式系統(tǒng)相比,該 光學系統(tǒng)可生成分辨率和靈敏度更高的成像數(shù)據(jù)。微型化造就了可擴展 的彈性通量,同時其數(shù)據(jù)質(zhì)量與當前的 NextSeq 550 系統(tǒng)保持了相同 的高標準。
借助優(yōu)化的試劑化學組成實現(xiàn)高數(shù)據(jù)質(zhì)量和低運行成本
NextSeq 2000 系統(tǒng)以數(shù)十年的專業(yè)知識為基礎,采 用了行業(yè)領先的邊合成邊測序(SBS)化學技術,優(yōu)化后增強了簇亮度, 減少通道串擾,提高了信噪比。系統(tǒng)的優(yōu)化與可減少實際反應規(guī)格的改 良配方相結合,可使 NextSeq 2000 試劑用戶在獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù) 的同時,全面減少試劑的用量,避免浪費,同時也最大限度地減少物理 儲存需求。此外,更高的可靠性和流動槽穩(wěn)定性使流動槽的環(huán)境運輸成為了可能。
*300 Gb 產(chǎn)出的相關產(chǎn)品將在 2020 年年底上市;規(guī)格可能會有變化
整合的測序平臺和先進的生信分析系統(tǒng)共同造就了 強大而精簡的工作流程
在 Illumina,客戶體驗是每項創(chuàng)新的核心,我們一直在盡可能地使樣 本制備、測序和數(shù)據(jù)分析變得輕松容易。NextSeq 2000 測序系統(tǒng)提供了簡化的工作流程,結合了即裝即用的簡易操作和 先進的生信分析系統(tǒng)(圖 2 和圖 3),讓初級用戶和高級用戶都可以從中受益。
圖2:從文庫到分析的直觀工作流程 -NextSeq 2000 測序系統(tǒng)提供了簡便的工作流程,具有用戶友好的運行設置、廣泛的文庫試劑兼容性、即裝即 用的操作、集成的機載二級分析工具。
圖 3:靈活的生信分析套件 -NextSeq 2000系統(tǒng)在運行設置、運行管理和數(shù)據(jù)分析方面,有本地和云端兩個選項,能讓用戶以自己的方式運行測序。
基于卡盒的易用平臺
NextSeq 2000 測序系統(tǒng)利用了一種集成式卡盒,包 括試劑、流體和廢液容器,簡化了文庫上樣和測序的操作。操作過程非 常簡單,只需解凍試劑卡盒,將流動槽插入卡盒,然后把文庫加到卡盒 中,最后將組裝好的卡盒插入儀器。
除了使用方便,完全集成的卡盒設計還提高了整個測序運行的效率。通過使多種測序反應微型化,這種獨特的設計:
• 降低了測序成本
• 提高了可回收性并且最大程度地減少了浪費
靈活的運行設置選項
用戶可以在本地或云端設置運行。在本地設置時,用戶可以創(chuàng)建自己的 樣本表,或利用便捷的 Illumina 預設模板。在云端設置時,用戶可以 使用 BaseSpace™ Sequence Hub 中的 Run Planner 應用程序。運行設 置信息準備就緒后,會被導入NextSeq 2000 系統(tǒng)。 然后,用戶就可以選擇并啟動感興趣的運行了。與早期的臺式系統(tǒng)相比, 優(yōu)化的儀器軟件提供了一個更清晰的界面,具有易于閱讀的屏幕和易 于理解的運行指標,還改善了儀器和運行狀態(tài)的可視化功能。NextSeq 2000 系統(tǒng)能生成行業(yè)標準文件格式,供各種實驗室 信息管理系統(tǒng)(LIMS)使用,以實現(xiàn)安全、自動的樣本追蹤和信息管理。
精簡的分析,靈活的選項
NextSeq 2000 系統(tǒng)支持機載、本地和云端的分析軟件, 使用戶能夠以需要的方式靈活地分析數(shù)據(jù)。
利用機載 DRAGEN™Bio-IT 平臺進行快速分析
機載 DRAGEN(Dynamic Read Analysis for GENomics)Bio-IT 平臺可 提供準確的超快速二級分析方案。DRAGEN 平臺采用了優(yōu)化的硬件加 速算法,可用于各種基因組分析解決方案,包括 BCL 轉換、基因組定位、 序列比對、序列排序、重復標記和變異檢出。我們會為各種新興應用提 供相應的生信分析工具。機載解決方案中有多種 DRAGEN 生信分析工 具可供選擇(表 3),兩小時內(nèi)就能生成結果。DRAGEN 信息學使用了 一流的流程算法,可以幫助初級用戶和高級用戶突破數(shù)據(jù)分析的瓶頸, 減少他們對外部生信專家的依賴。用戶可以減少大量用來作生信分析的 時間和精力,更多地關注結果。
BaseSpace Sequence Hub 中的應用程序生態(tài)系統(tǒng)
想要使用云端分析解決方案的用戶,可以通過 BaseSpace Sequence Hub 實現(xiàn)這一目。BaseSpace Sequence Hub 是一個基因組云計算平 臺,能以用戶友好的形式直接為研究者提供簡化的數(shù)據(jù)管理和分析測序 工具。用戶可以在云端訪問多種生物信息學工具,并在全球范圍內(nèi)共享 數(shù)據(jù)。使用NextSeq 2000 系統(tǒng)生成的數(shù)據(jù)與行業(yè)標 準的格式兼容,可以方便地導入所選的解決方案。
表:NextSeq 2000系統(tǒng)中集成的一鍵式DRAGEN 信息學流程
流程a |
應用 |
關鍵功能 |
DRAGEN Enrichment 流程 |
• 全外顯子組測序
• 靶向重測序 |
• 序列比對 |
• 小型變異檢出 |
• 體細胞變異檢出b |
• SV/CNV 檢出 |
• 自定義清單文件 |
DRAGEN RNA 流程 |
• 全轉錄組基因表達
• 基因融合檢測 |
• 序列比對 |
• 融合檢測 |
• 基因表達 |
DRAGEN-GATKb |
DNA/RNA 靶向 panelb |
單細胞測序b |
*a. 更多DRAGEN信息學流程可在云端獲得,請訪問www.illumina.com/DRAGEN, 瀏覽完整列表
b. 正在開發(fā)中,將在2020年上市
以模塊化結構實現(xiàn)更簡單快捷的支持
NextSeq 2000系統(tǒng)以模塊化的方式構建,簡化了服 務和支持。機載傳感器可以監(jiān)控系統(tǒng)性能,如果檢測到任何可能的問題, 會主動向用戶發(fā)出警報。這會使服務工程師的故障排查和維修工作變得 更容易,從而節(jié)省時間,減少挫敗感。
以世界一流的服務來增強樣本控制并縮短停機時間
Illumina Proactive是安全的遠程儀器性能支持服務,旨在提前預測風 險故障、高效排查并防止平臺運行中的故障。該服務會通過維修預警和 提醒Illumina現(xiàn)場人員制定維修規(guī)劃,來最大程度地縮短意外停機的 時間,避免不必要的樣本損失。
測序能力大突破,支持服務保駕護航
Illumina提供世界一流的支持團隊來助您實現(xiàn)投資回報最大化、支持 系統(tǒng)的最佳性能并最大限度地減少故障率,該團隊由經(jīng)驗豐富的科學家 組成,他們精通文庫制備、測序和生信分析。這個團隊包括高素質(zhì)的現(xiàn) 場服務工程師(FSE)、技術應用科學家(TAS)、現(xiàn)場應用科學家(FAS)、 系統(tǒng)支持工程師、生物信息學家和IT網(wǎng)絡專家,他們非常了解新一代 測序以及全球的Illumina客戶開展的應用。您可通過電話獲得技術支 持(每周5天),或通過網(wǎng)絡獲得在線支持(24/7),我們在全球范圍 內(nèi)提供多種語言的技術支持。無論以哪種方式,我們的團隊都會在您需 要時為您效勞。 每臺購買的系統(tǒng)都包含一年的保修服務。另外還提供全面的維護、維修 和驗收解決方案。除此之外,Illumina還在全球各地的Illumina分部 區(qū)域提供現(xiàn)場培訓、持續(xù)支持、電話咨詢、網(wǎng)絡研討會和課程。為了助 您加速研究進程,我們?yōu)槟峁┧璧囊磺小?br />
加入全球最大的基因組學生態(tài)系統(tǒng)
Illumina擁有13,000多個活躍的平臺,為NGS解決方案樹立了標準。 加入這個群體后,您可以訪問一個龐大的生態(tài)系統(tǒng),該生態(tài)系統(tǒng)包含各 種應用、實驗方案和生信工具,由全球數(shù)千名研究人員和業(yè)界思想領袖 共同建立。
提高當前的測序效率,備以今后的規(guī)模需求
Illumina 在提供基因組學解決方案方面有著良好的記錄,能讓研究人員 能以符合其研究目標的通量、規(guī)模和價格開展研究。該系統(tǒng)有兩種類型 可供選擇,用戶可以選擇滿足其需求的數(shù)據(jù)產(chǎn)出選項。NextSeq 2000 系統(tǒng)提供了更高的通量選項,能滿足新興應用的需求,同時也能為當 前的應用帶來更好的運行效益。
總結
NextSeq 2000 測序系統(tǒng)徹底改變了臺式測序系統(tǒng)的 性能。借助改進的技術、前沿的測序化學、精簡的工作流程以及機載二 級分析,研究人員將享有前所未有的靈活性,能探索和發(fā)現(xiàn)更多信息。
了解更多
如欲深入了解 NextSeq 2000 系統(tǒng),請訪問
www.illumina.com/NextSeq2000
NextSeq 2000 的規(guī)格
儀器配置:
獨立、干燥的儀器,整合了 DRAGEN Bio-IT FPGA 二級分析
儀器控制計算機:
主機:儀器內(nèi)置的 2U 微服務器
內(nèi)存:288 GB
硬盤:3.8 TB SSD
操作系統(tǒng):Linux CentOS 7.6
操作環(huán)境
溫度:15° C–30° C
濕度:相對濕度 20%–80%,非冷凝
海拔:0–2000 米
僅供室內(nèi)使用
激光
波長:449 nm、523 nm、820 nm
安全性:1 級激光產(chǎn)品
尺寸
寬x深x高:60 cm x 65 cm x 60 cm
重量:141 kg
包裝尺寸 寬x深x高(包裝):92 cm x 120 cm x 118 cm
毛重:232 kg
電源要求
儀器輸入電壓:100 V 到 240 V 交流電
儀器輸入頻率:50/60 Hz
網(wǎng)絡連接帶寬
內(nèi)部網(wǎng)絡上傳速度:200 Mb/s/ 儀器
BaseSpace Sequence Hub 上傳速度:200 Mb/s/ 儀器
儀器操作數(shù)據(jù)上傳速度:5 Mb/s/ 儀器
產(chǎn)品安全與合規(guī)
NRTL 認證 IEC 61010-1 CE 認證 FCC/IC 批準
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