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將檢測和定量基因突變整合入一個強(qiáng)有力的體系,使用焦磷酸測序技術(shù),相較于其他基于測序的方案在分析靶向短鏈DNA序列時,PyroMark平臺表現(xiàn)更卓越。在表觀遺傳學(xué)研究中分析甲基化狀態(tài),焦磷酸測序技術(shù)可高重復(fù)性的定量甲基化頻率,包括單個或連續(xù)的CpG位點,并可檢測和定量甲基化水平的微小變化。
對于遺傳檢測應(yīng)用,焦磷酸測序技術(shù)可準(zhǔn)確定量等位基因的可變位點,且很容易解決雜合性問題。 對于微生物鑒定和抗性分型,焦磷酸測序技術(shù)能夠同時分析多個樣本的常見的藥物抗性突變的。
焦磷酸測序技術(shù)基于邊合成邊測序的原理,數(shù)分鐘內(nèi)可獲得定量數(shù)據(jù)。PyroMark Q96 ID是提供實時序列信息的完整體系,高度適用于檢測遺傳變異、遺傳定量和短鏈DNA測序。以下的產(chǎn)品可配合PyroMark Q96 ID儀器使用:PyroMark Q96 Vacuum Workstation、PyroMark CpG SW、PyroMark Assay Design SW、PyroMark IdentiFire SW、PyroMark Gold Q96 Reagents和PyroMark Control Oligo。同時提供樣本制備方案,可使用PyroMark Q96 Vacuum Workstation制備單鏈DNA。
步驟1:擴(kuò)增DNA片段,作為焦磷酸測序模板的單鏈?zhǔn)巧锼貥?biāo)記的。變性后,分離生物素標(biāo)記的單鏈PCR擴(kuò)增子,與測序引物雜交。雜交的引物和單鏈模板同各種酶一起孵育,包括DNA聚合酶、ATP硫酸化酶、熒光素酶、三磷酸腺苷雙磷酸酶以及底物腺苷酰硫酸(APS)和熒光素。
步驟2:第一個脫氧核苷三磷酸(dNTP)加入反應(yīng)中,在DNA聚合酶的作用下,dNTP結(jié)合到DNA鏈上與其互補(bǔ)的堿基位。每次結(jié)合都會釋放與核苷酸相等摩爾量的焦磷酸(PPi)。
步驟3:在有APS的條件下,ATP硫酸化酶將PPi轉(zhuǎn)化為ATP。在這個ATP的驅(qū)動下,熒光素酶將熒光素轉(zhuǎn)化為氧化熒光素,并產(chǎn)生可見光,可見光的量與ATP的量成正比。通過電荷耦合(CCD)相機(jī)即可檢測到熒光素酶催化反應(yīng)產(chǎn)生的可見光,并在原始數(shù)據(jù)輸出(Pyrogram)中顯示為一個峰,每個峰的高度(光信號)與結(jié)合的核苷酸數(shù)量成正比。
步驟4:三磷酸腺苷雙磷酸酶,是一種核苷酸降解酶,會降解未結(jié)合的核苷酸與ATP。完全降解后,加入另一個核苷酸。
步驟5:持續(xù)添加dNTP。α-硫代脫氧腺苷三磷酸(dATPαS)在反應(yīng)中用于替代天然脫氧腺苷三磷酸(dATP),這是因為DNA聚合酶可高效的應(yīng)用前者,而不被熒光素酶識別。當(dāng)該過程連續(xù)進(jìn)行時,就會形成互補(bǔ)的DNA鏈,可根據(jù)Pyrogram追蹤的信號峰確定核苷酸序列。
多功能PyroMark Q96 ID與表觀遺傳和遺傳分析流程無縫接合,且與QIAGEN先進(jìn)的樣本制備、亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化和PCR擴(kuò)增技術(shù)兼容。借助于高度可靠的儀器可在序列水平上對SNP、插入和缺失、CpG位點的檢測以及生成序列信息。簡化的工作流程可更快速地獲得結(jié)果。
從PCR產(chǎn)物到直接用于測序的單鏈模板,應(yīng)用PyroMark Q96 Vacuum Workstation可在15分鐘內(nèi)同時制備96個樣本。該工作站操作簡單,且手工操作時間少于5分鐘。
從PCR產(chǎn)物到直接用于測序的單鏈模板,應(yīng)用PyroMark Q96 Vacuum Workstation可在15分鐘內(nèi)同時制備96個樣本。該工作站操作簡單,且手工操作時間少于5分鐘。
在焦磷酸測序之前,形成了一個生物素標(biāo)記的PCR產(chǎn)物,該產(chǎn)物結(jié)合到覆蓋鏈酶親和素的瓊脂糖凝膠珠上。這些膠珠會被真空儀器捕捉并徹底清洗,隨后變性,得到適合于焦磷酸測序的單鏈DNA。該模板DNA放入含測序引物的焦磷酸測序反應(yīng)板中,隨后引物退火,再將該板放入PyroMark儀器中即可。PyroMark Gold試劑包含用于焦磷酸測序反應(yīng)的酶、核苷酸和底物,將這些試劑移入分配卡夾,按照軟件中提供的體積試被加入儀器中,用于焦磷酸測序。
焦磷酸測序技術(shù)對各個領(lǐng)域的研究應(yīng)用至關(guān)重要。PyroMark Q96 ID能夠靈敏的分析遺傳學(xué)和表觀遺傳學(xué)的變化,如檢測病原體中藥物抗性的發(fā)展,基因表達(dá)調(diào)控中表觀遺傳學(xué)DNA甲基化的作用、牲畜的特異表型的遺傳標(biāo)記,以及法醫(yī)檢材樣本中線粒體DNA的多態(tài)性。此外,由于焦磷酸測序技術(shù)整合了序列檢測和定量,提高了分析靈敏度,有助于發(fā)現(xiàn)新的信息。
PyroMark Q96軟件能夠全面分析您的結(jié)果。最近更新的軟件包含四個分析程序:AQ(等位基因定量)、SNP(分析SNP和InDel)、CpG(甲基化分析)和SQA(序列鑒定)。這四個不同類型的程序可在同一塊板上同時分析樣本。
PyroMark Assay Design Software 2.0實現(xiàn)輕松的PCR和測序引物的設(shè)計。這些產(chǎn)品是經(jīng)過優(yōu)化的,可用于所有的PyroMark儀器。