10月16日之前 |
10月16日之后 |
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第一天全天 |
基于微流控技術(shù)的單細(xì)胞分析 |
微流控技術(shù)與單細(xì)胞分析概述
基于微流控技術(shù)的單細(xì)胞樣品制備(稀有細(xì)胞微流控分選、 單細(xì)胞捕獲與分析、微芯片式細(xì)胞培養(yǎng))
單細(xì)胞的微流控檢測(基于親和反應(yīng)、基于細(xì)胞物理特性) 與分析技術(shù)
微流控細(xì)胞分析技術(shù)在生物醫(yī)學(xué)(腫瘤早期檢測、其他領(lǐng)域)
中的應(yīng)用 |
理論 |
第二天上午 |
單細(xì)胞測序技術(shù)與應(yīng)用 |
單細(xì)胞組學(xué)技術(shù)發(fā)展歷程和原理介紹。
單細(xì)胞測序技術(shù)在科研領(lǐng)域的應(yīng)用。
近年單細(xì)胞方向高分文章思路解析。
單細(xì)胞組學(xué)和多組學(xué)整合分析思路和案例介紹。 |
理論 |
第二天下午 |
Linux 及 R 語言入門與實操 |
常規(guī)基礎(chǔ) Linux 命令入門講解及實操訓(xùn)練。
R 語言簡介及安裝,RStudio 的安裝及使用說明。
R 語言語法介紹及常用命令。
數(shù)據(jù)處理功能及統(tǒng)計應(yīng)用。
R 語言畫圖實操。 |
實操 |
第三天上午 |
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析思路及流程 |
單細(xì)胞實驗處理、建庫及測序。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組比對、定量、分群及擬時間分析等分析思路。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組轉(zhuǎn)錄因子及功能通路解析。
單細(xì)胞組學(xué)技術(shù)在癌癥、發(fā)育、免疫及在植物、微生物等領(lǐng) 域的研究內(nèi)容及思路。 |
理論 |
第三天下午 |
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實操 |
常規(guī)單細(xì)胞組學(xué)數(shù)據(jù)比對。
10X 官方單細(xì)胞軟件Cellranger 講解及實操。
從基因表達(dá)矩陣開始到marker 基因篩選全過程講解及實操。
通過 Seurat 軟件進(jìn)行PCA 及tSNE 降維。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞鑒定及聚類分析。
通過 Seurat 及GSVA 等進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組差異分析。 |
實操 |
第四天上午 |
多組學(xué)整合分析和結(jié)果解讀 |
轉(zhuǎn)錄組,基因組,表觀分析介紹。
RNA 和 ATAC-seq 等多組學(xué)整合分析。
常規(guī) 10X 單細(xì)胞 ATAC 數(shù)據(jù)測序原理簡介、分析流程介紹。
單細(xì)胞免疫組庫測序技術(shù)及應(yīng)用。
組學(xué)分析常用數(shù)據(jù)庫介紹及使用。 |
理論 |
第四天下午 |
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組軌跡、通路、轉(zhuǎn)錄因子等分析及繪圖實操 |
通過 Monocle 軟件進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組擬時間分析。
通過 DAVID 及 metascape 網(wǎng)站進(jìn)行通路富集分析。
通過 SCENIC 軟件進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測分析。
tSNE,小提琴圖,熱圖,網(wǎng)絡(luò)圖,GO、KEGG 富集圖,GSEA 等圖形繪制。 |
實操 |