羅氏全新NimbleDesign閃亮登場 玩轉(zhuǎn)探針設(shè)計(jì)So Easy
NimbleDesign 是羅氏NimbleGen推出多年的序列捕獲探針免費(fèi)在線設(shè)計(jì)軟件。其便捷的操作流程和強(qiáng)大的探針設(shè)計(jì)能力配合NimbleGen SeqCap EZ Choice/ Choice XL產(chǎn)品已幫助眾多研究者完成了針對人類基因組的測序前高品質(zhì)靶向序列富集。
全新一代NimbleDesign已于6月1日閃亮登場，除了一如既往的便捷高效以外，新一版的設(shè)計(jì)軟件帶來了更強(qiáng)大的功能。
圖1. NimbleDesign 主頁，注冊時(shí)請選擇China區(qū)域
√ 更多的物種覆蓋
除了人類基因組外，現(xiàn)在可以對小鼠進(jìn)行DIY探針設(shè)計(jì)，專注于模式生物的研究者也可以輕松的運(yùn)用NimbleDesign隨時(shí)自己動手設(shè)計(jì)捕獲探針。優(yōu)化的小鼠探針池確保對于小鼠基因組任意區(qū)段的高效捕獲。
√ 更便捷的設(shè)計(jì)流程
設(shè)計(jì)完成之前無需研究者預(yù)先定義Panel規(guī)格，讓捕獲產(chǎn)品設(shè)計(jì)流程變得更加輕而易舉。除了提交目標(biāo)區(qū)域起始坐標(biāo)之外，研究者可以通過上傳基因名稱或是通過搜索功能在線添加相關(guān)基因來完成設(shè)計(jì)，操作流程更加便捷。
√ 增加針對RNA序列進(jìn)行探針設(shè)計(jì)功能
除了針對基因組DNA進(jìn)行探針設(shè)計(jì)的應(yīng)用以外，全新的NimbeDesign還加入了針對RNA序列進(jìn)行靶向富集的SeqCap RNA探針設(shè)計(jì)功能。在RNA測序之前引入序列捕獲技術(shù)特異性的富集研究相關(guān)cDNA可以極大的提高對其檢測靈敏度，定量能力以及對微量表達(dá)轉(zhuǎn)錄本的拼接能力。NimbleDesign針對RNA序列進(jìn)行探針設(shè)計(jì)的能力配合NimbleGen的SeqCap RNA系列產(chǎn)品將使研究者在轉(zhuǎn)錄組層面的研究更加深入全面。
圖2. NimbleDesign 全新的功能選項(xiàng)
除了上述的新增功能之外，全新的NimbleDesign保持了一如既往的高品質(zhì)探針設(shè)計(jì)能力，針對每次捕獲可設(shè)計(jì)多達(dá)210萬種探針。高密度疊瓦式排布的探針確保目標(biāo)區(qū)域中的包括片段插入缺失等各種類型突變的一網(wǎng)打盡。NimbleDesign使用獨(dú)特的Repeat Mask算法，可針對目標(biāo)區(qū)域的更多序列直接進(jìn)行探針設(shè)計(jì)，以確保其高覆蓋率與覆蓋均一性。
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| 圖3. NimbleDesign 的自有算法可以更好的針對目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行探針設(shè)計(jì)，如上圖中對11號染色體上一個(gè)500 kb區(qū)域的探針設(shè)計(jì)，黑色區(qū)域顯示出兩種不同算法所能覆蓋到的區(qū)域，紅色區(qū)域顯示只有NimbleDesign 的設(shè)計(jì)能夠覆蓋的區(qū)域，從圖中可以看出，NimbleDesign的設(shè)計(jì)算法遙遙領(lǐng)先于其他軟件。 |
現(xiàn)在您只需花一分鐘時(shí)間注冊賬戶，即可開啟玩轉(zhuǎn)基因組靶向富集之旅。您可以全天候零距離的利用NimbleDesign根據(jù)研究需要，在人類和小鼠基因組，轉(zhuǎn)錄組的任意目標(biāo)區(qū)域靈活的設(shè)計(jì)探針。NimbleDesign高精度，高覆蓋率的探針設(shè)計(jì)，將讓您的靶向測序變得輕而易舉！
更多信息請?jiān)L問NimbleDesign網(wǎng)站https://design.nimblegen.com。
本文所有圖表，數(shù)據(jù)均來自于羅氏NimbleGen總部；NIMBLEGEN SEQCAP為羅氏注冊商標(biāo)；僅用于生命科學(xué)研究，不用于診斷。
相關(guān)公司：羅氏診斷產(chǎn)品（上海）有限公司
聯(lián)系電話：800-820-8864 400-820-8864
E-mail：china.lifescience@roche.com
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